[发明专利]一种鉴别黑龙江流域江鳕和额尔齐斯河流域江鳕的分子标记和引物以及方法与应用

说明书

本发明一种鉴别黑龙江流域江鳕和额尔齐斯河流域江鳕的分子标记和引物以及方法与应用，属于水产动物分子遗传学。一种鉴别黑龙江流域江鳕和额尔齐斯河流域江鳕(Lota lota)的SNP分子标记的核苷酸序列为SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2，所述引物的核苷酸序列为：SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4。在基因层面上提供了一种黑龙江流域江鳕和额尔齐斯河流域的江鳕鉴定方法，有效的避免了外观形态难以区分、背景来源不明确及加工形态破坏等造成的难以鉴定区分的问题，具有简便、快速、高效、准确的优点。

技术领域

本发明属于水产动物分子遗传学技术领域，具体涉及一种鉴别黑龙江流域江鳕和额尔齐斯河流域江鳕的分子标记和引物以及方法与应用。

背景技术

江鳕(Lota lota)隶属鳕形目Gadiformes、鳕亚目Gadoidae、鳕科Gadidae、江鳕属Lota，俗称山鲶鱼。主要分布于北半球高纬度冷水江河和湖泊中，是鳕科鱼类中唯一的在淡水中生活的物种，在我国主要分布于黑龙江流域和额尔齐斯河流域。江鳕属大型鱼类，肉质细腻、无肌间刺蛋白和脂类含量丰富，其肝脏较大(占体重的6-9％)，可制作鱼肝油，是重要的冷水性经济鱼类。

由于黑龙江流域、额尔齐斯河流域的水系不具有连通性，两个流域内的江鳕无法进行有效的基因交流，随着地理隔离的时间延长，黑龙江流域江鳕和额尔齐斯河流域江鳕已经形成两个相对独立的系统发育类群和种质资源。种质资源是开展优良品种选育的基础，是推进生态保护修复和农业高质量发展的关键资源。随着天然水域不断受到人类活动的影响，如水利工程的修建、水污染等，江鳕野生资源急剧下降，为有效恢复两个流域江鳕野生种质资源数量，渔业渔政管理部门积极开展野生江鳕的增殖放流活动。为了避免增殖放流过程中，江鳕增殖放流亲本的来源不明，进而导致两个流域水系的野生种质发生混杂，现急需建立一种快速准确有效区分两个流域江鳕种质资源的方法。

发明内容

本发明的目的是为了建立一种准确且快速鉴别黑龙江流域江鳕和额尔齐斯河流域江鳕方法。

本发明提供了一种鉴别黑龙江流域江鳕和额尔齐斯河流域江鳕的SNP分子标记，其所述分子标记的核苷酸序列为SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2。

本发明提供一种鉴别黑龙江流域江鳕和额尔齐斯河流域江鳕的引物，所述引物的核苷酸序列为：SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4。

本发明提供一种鉴定黑龙江流域江鳕和额尔齐斯河流域江鳕的试剂盒，含有上述的引物。

本发明提供一种鉴别黑龙江流域江鳕和额尔齐斯河流域江鳕的方法，所述方法如下：

(1)提取待测样本的基因组DNA；

(2)以步骤(1)所述的基因组DNA为模板，以SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4为引物进行PCR扩增，获得PCR扩增产物；

(3)利用限制性内切酶NlaIII对PCR扩增产物进行酶切，获得酶切产物，对酶切产物进行电泳检测，如果电泳条带大小为111bp单条带的个体为黑龙江流域江鳕，如果电泳条带大小为30bp和81bp两条带或81bp一条带的个体为额尔齐斯河流域江鳕。

进一步地限定，步骤(2)所述PCR反应的条件为95℃变性2min，94℃变性30s，55℃退火30s，72℃延伸30s，共35个循环，再72℃延伸3min，4℃保温。

进一步地限定，步骤(2)所述PCR反应的体系为：DreamTaq 25μL 2×PCR MasterMix、19μL无DNA酶水、2μL 10μM引物SEQ ID NO:3、2μL 10μM引物SEQ ID NO:4和2μL50ng/μLDNA模板。

进一步地限定，步骤(3)所述酶切反应条件为：37℃水浴酶切30min，80℃水浴终止反应5min。