[发明专利]NECTIN家族和类NECTIN分子在低级别胶质瘤预后模型中的应用

说明书

本发明属于生物信息和生物医学技术领域，具体涉及NECTIN家族和类NECTIN分子在低级别胶质瘤预后模型中的应用。通过评估三个独立数据库中的表达谱，本发明确定了nectin和necls之间的四个预后相关基因CADM2、NECTIN1、NECTIN2和PVR，这些基因具有作为LGG治疗靶点和预后生物标志物的巨大潜力。此外，我们还讨论了参与新四基因风险评分的潜在通路，发现风险评分模型在LGG的免疫过程中发挥了重要作用。本发明提供了广泛的nectin和Necls分析，并为LGG的预后预测提供了一个四基因模型，为进一步研究CADM2、NECTIN1/2和PVR作为LGG的潜在临床和免疫靶点提供了思路，具有广阔的临床应用全景。

技术领域

本发明属于生物信息和生物医学技术领域，具体涉及NECTIN家族和类NECTIN分子在低级别胶质瘤预后模型中的应用。

背景技术

Nectin和类Nectin分子(Necls)是细胞粘附分子，参与细胞间粘附和重要的细胞活动。多项研究结果表明，Nectin和Necls在肿瘤发生和肿瘤免疫监测中发挥重要作用。然而，Nectin和Necls在低级别胶质瘤中的具体作用尚未明确。

低级别胶质瘤(LGG)是一种常见的中枢神经系统原发性恶性肿瘤，在生物学行为上具有高度异质性。尽管治疗涉及最大限度的手术切除和术后放疗和化疗，但大多数LGG病例最终进展为耐治疗的高侵袭性胶质瘤，预后并没有明显改善。因此，确定LGG的新预后因素非常重要。一些生物标志物，如异柠檬酸脱氢酶(IDH)突变和染色体臂1p和19q共缺失(1p/19q共缺失)已被纳入2016年世卫组织脑肿瘤分类中，以进一步细分患者类型。然而，LGG是一种具有复杂变异遗传背景的疾病，这些生物标志物不能充分区分患者的预后。因此，利用多个先进的分子平台识别新的预后生物标志物，以改善LGG的预后分类是迫切和非常重要的。

发明内容

针对上述问题，本发明通过提供一种新型的低级别胶质瘤患者总体生存率预后模型。

为了实现上述目的，本发明提供了如下技术方案：

本发明提供了一种低级别胶质瘤预后总体生存期的预测方法，其特征在于，所述方法包括如下步骤：

（1）获取单元：获取待测样本中与低级别胶质瘤患者预后相关的生物标志物的数据；

（2）处理单元：将（1）中获取的数据导入至预先建立的预后模型中，计算出的风险评分；

（3）预测单元：通过单因素与多因素Cox回归分析和生存分析对风险评分进行预后分析，获得待测样本低级别胶质瘤预后参数。

进一步地，步骤（1）中所述的与低级别胶质瘤患者预后相关的生物标志物的数据为NECTIN家族和类NECTIN的表达水平。

优选地，所述NECTIN家族和类NECTIN包括CADM2、NECTIN1、NECTIN2和PVR。

进一步地，步骤（2）中所述风险评分公式为：风险评分=−0.386*CADM2+−0.659*NECTIN1+0.538*NECTIN2+0.746*PVR。

进一步地，步骤（3）中所述预后参数预后生存风险分组，和/或指定年限的生存概率值。

优选地，所述指定年限的生存概率值包括：预后生存期为半年、一年和三年的概率值。

本发明还提供一种低级别胶质瘤预后总体生存期的预后模型的构建方法，其特征在于，所述方法包括如下步骤：

（1）从癌症基因组图谱TCGA，中国胶质瘤基因组图谱CGGA以及Rembrandt图谱中寻找NECTIN基因家族和类Nectin分子中与胶质瘤临床特征的关系；

（2）使用R包survival，在（1）所述的三个数据库中分别将患者按照基因的表达水平分为高、低两组，P 0 .05作为筛选预后相关基因的截止值，筛选出CADM2、NECTIN1、NECTIN2和PVR作为预后相关基因，用于构建预后模型；