[发明专利]基于计算机模拟筛选牡丹籽粕单体化合物中的FASN抑制剂实验方法

说明书

本发明属于药学分析技术领域，且公开了基于计算机模拟筛选牡丹籽粕单体化合物中的脂肪酸合酶(FASN)抑制剂实验方法，该计算机模拟筛选牡丹籽粕单体化合物中的FASN抑制剂实验方法具体操作步骤如下：S1、分子对接；S2、细胞活力检测；S3、蛋白质免疫印迹；S4、细胞凋亡检测。本发明通过借助分子对接方法筛选确定牡丹籽粕提取物中的四种单体化合物是否具有通过抑制FASN活性和表达而导致的抗肿瘤活性，尝试通过同源建模手段构建FASN的全酶二聚体结构，为FASN抑制剂的筛选提供了新思路与新方法，能够有效的规避大量的无效实验，提升实验操作的成功率、降低实验操作成本。

技术领域

本发明属于药学分析技术领域，具体是基于计算机模拟筛选牡丹籽粕单体化合物中的FASN抑制剂实验方法。

背景技术

乳腺癌是当今危害女性健康的常见恶性肿瘤，科学家们一直致力于寻找根除这种疾病方法，近年来，虽取得了长足的进步，极大地提高了乳腺癌患者的生存率，但是其内在发病机制仍尚未充分理解，乳腺癌预防、治疗和愈后的方法和有效性仍不理想，自20世纪90年代，乳腺癌等组织样本中发现的远高于正常水平的FASN表达和活性，使其开始作为潜在的癌症治疗靶点。

虽然近20年已有很多种FASN抑制剂被报道，但是真正高活性、低毒性，可以用于药品开发的FASN抑制剂仍然非常缺乏，本研究通过分子对接手段，虚拟筛选牡丹籽粕中的单体化合物，并通过后续的细胞实验验证化合物的活性，以此作为切入点寻找潜在FASN抑制剂具有广阔前景。

牡丹是传统中药，其籽粕中含有多种二苯乙烯类化合物，通过体外细胞实验，我们首次发现牡丹籽粕提取物对乳腺癌细胞内FASN的活性具有抑制作用，表明其中存在具有潜在的FASN抑制活性的单体化合物，本发明通过计算机模拟对牡丹籽粕中的二苯乙烯类化合物的FASN抑制活性进行了研究，由于分子量高达273kDa FASN构象的复杂性，此前的国内外研究多为针对FASN其中单一结构域的虚拟筛选，本发明通过同源建模手段构建人源FASN(hFASN)全酶结构，对牡丹籽粕中的二苯乙烯类单体化合物与FASN所有结构域进行分子对接，结合细胞实验的功能验证，发现了Epsilon-Viniferin、Suffruticosol A、AmpelopsinD具有抑制FASN的能力，是天然来源的FASN抑制剂，并可以通过抑制FASN从而诱导癌细胞产生凋亡，并为后续从天然产物库中应用计算机模拟筛选FASN抑制剂奠定了方法学的基础。

发明内容

本发明的目的是针对以上问题，本发明提供了基于计算机模拟筛选牡丹籽粕单体化合物中的FASN抑制剂实验方法，以解决背景技术中存在的问题。

为实现上述目的，本发明提供如下技术方案：基于计算机模拟筛选牡丹籽粕单体化合物中的FASN抑制剂实验方法，该计算机模拟筛选牡丹籽粕单体化合物中的FASN抑制剂实验方法具体操作步骤如下：

S1、分子对接；

S2、细胞活力检测-MTT法；

S3、蛋白质免疫印迹；

S4、细胞凋亡检测；

S1步骤中分子对接具体操作步骤如下：

在Linux系统环境下安装AutoDock、Openbabel软件；

1)准备受体pdb文件，使用PyMOL软件检查受体结构，去除可能包含的结晶水和小分子配体等结构；

2)AutoDock Tool将配体和受体文件批量转换为pdbqt文件；

3)将受体pdbqt文件分别放入顺序排列的文件夹中；

4)设置脚本内的配体和受体名称、盒子大小及坐标等相关参数即可进行AutoDock对接；

5)提取分子对接生成的log文件。