[发明专利]一种矫正同源重组缺陷评分的方法、装置和存储介质

说明书

本申请公开了一种矫正同源重组缺陷评分的方法、装置和存储介质。本申请方法包括获取待测样本的体系CNV和体系SNV；利用体系CNV和SNV，计算待测样本最优模型下的WGD值，及原始的LOH score值、TAI score值、LSTscore值；对发生WGD的待测样本，矫正LST score值＝(1‑k1×WGD值)×原始LST score值，矫正TAI score值＝(1‑k2×WGD值)×原始LST score值。本申请矫正同源重组缺陷评分的方法和装置，利用WGD值对TAI和LST进行矫正，解决了全基因组倍增样本TAI和LST评分偏高的问题，提高了同源重组缺陷状态评估灵敏度和准确性。

技术领域

本申请涉及同源重组缺陷评分方法技术领域，特别是涉及一种矫正同源重组缺陷评分的方法、装置和存储介质。

背景技术

研究数据表明，女性同胞中卵巢癌的发病例逐年增加，死亡率也在增加；大多数卵巢癌患者发现已经是晚期，5年生存率不足30％；因此，卵巢癌已经成为女性最致命的恶性肿瘤之一。但是，随着PARP抑制剂的来临，给卵巢癌患者带了新的希望。2014年后多个PARP抑制剂陆续获批上市，极大地提高了卵巢癌患者的生存率，提高了生存的效益。卵巢癌PARP抑制剂的生物标记物从BRCA基因拓展到HRD(同源重组缺陷)状态，意味着卵巢癌获益人群将从20％左右扩展到50％以上，这对改善患者生存预后有极大帮助。

DNA同源重组修复(Homologous Recombination Repair,HRR)是DNA双链损伤的重要修复方式。HRR是一条涉及到多个步骤的复杂的信号通路，其中关键蛋白为BRCA1和BRCA2。当HRR出现问题时，会导致不能对聚集的双链DNA损伤进行修复，进而导致细胞的死亡，这种缺陷简称HRD(Homologous Recombination Deficiency)，即同源重组修复缺陷。当发生同源重组修复缺陷时，在基因组层面主要的不稳定表现为：基因组杂合缺失(LOH)，端粒等位基因不平衡(TAI)，大片段迁移(LST)。利用捕获测序数据对LOH、TAI、LST三个指标进行检测，进而评估HRD状态，即同源重组缺陷评分，这种结合染色体层面的检测相对比较全面，PARPi获益人群更广泛。

然而，现有的同源重组缺陷评分方法无法解决对发生全基因组倍增(WGD，whole-genome doubling)的肿瘤样本存在LST、TAI两个指标评分偏高的问题，存在由于发生WGD的因素导致灵敏度低、准确率低等缺陷。因此，如何更灵敏、准确的获得同源重组缺陷评分，是同源重组缺陷状态评估亟待解决的问题。

发明内容

本申请的目的是提供一种新的矫正同源重组缺陷评分的方法、装置和存储介质。

为了实现上述目的，本申请采用了以下技术方案：

本申请的第一方面公开了一种矫正同源重组缺陷评分的方法，包括以下步骤，

体系CNV和体系SNV突变集获取步骤，包括获取待测样本的体系CNV突变和体系SNV突变；

全基因组倍增WGD值获取步骤，包括利用获得的体系CNV突变和体系SNV突变，计算待测样本最优模型下的WGD值；

同源重复缺陷评分步骤，包括利用获得的体系CNV突变和体系SNV突变，计算待测样本的原始LOH score值、原始TAI score值、原始LST score值；

矫正步骤，包括对发生WGD的待测样本(WGD＝1/2)，利用第一矫正系数k1矫正原始LST score值，利用第二矫正系数k2矫正原始TAI score值，

矫正后LST score值＝(1-k1×WGD值)×原始LST score值，

矫正后TAI score值＝(1-k2×WGD值)×原始TAI score值，