[发明专利]一种东星斑抗病良种培育的基因组选择方法

说明书

本发明提供一种东星斑抗病良种培育的基因组选择方法，所述的方法是使用不同地理来源的东星斑幼鱼构建东星斑抗病参考群体，将具有抗病表型、但未纳入参考群体的个体作为验证群体；其中用于构建抗病参考群体的东星斑幼鱼是通过抗病力筛选后获得的；用挑选出的SNP位点和构建好的东星斑抗病参考群体预测验证群体的抗病性状基因组估计育种值，用抗病性状基因组估计育种值对备选亲本进行挑选，获得抗病力强的个体用于抗病良种培育。本发明所提供的基于全基因组选择技术的东星斑抗病良种培育方法可用于筛选抗病力强的亲本，选出的亲本可直接用于东星斑选育，为提高东星斑养殖群体的存活率提供了高效的技术手段。

技术领域

本发明属于水产遗传育种技术领域，具体涉及一种东星斑抗病良种培育的基因组选择方法。

背景技术

东星斑，学名豹纹鳃棘鲈(Plectropomus leopardus)，隶属鲈形目，鮨科，石斑鱼亚科，鳃棘鲈属。东星斑肉质细腻、味道鲜美，通体呈靓丽红色，具有很高的经济价值和观赏价值，为海水名贵养殖鱼类。由于市场需求量大，野生种群数量因过度捕捞大幅下降，导致东星斑成为市场上一种稀缺的鱼类。近年来，随着东星斑人工养殖技术的突破和发展，养殖范围和规模逐渐扩大。不过，由于高密度养殖模式盛行，加之东星斑养殖环境恶化和种质退化，养殖过程中病害频发，造成了巨大的经济损失。其中，由哈维氏弧菌(Vibrio harveyi)引起的“烂身病”成为了困扰养殖户的一大难题。例如海南地区曾在2011年爆发过以哈维氏弧菌为优势菌的细菌性疾病，病鱼大量死亡并出现尾部溃烂、全身发白等症状。通常养殖户应对疾病多以预防为主，出现疾病后往往采用全池泼洒抗生素，如土霉素、恩诺沙星和诺氟沙星等药物进行治疗。但大面积使用抗生素不仅影响水产品质量，还会造成食品安全问题、影响商品鱼价值，给消费者带来潜在的危害。因此，培育东星斑抗病良种，提高东星斑养殖群体自身的抗病力十分必要。

如何准确挑选具有育种潜力的个体进行繁育是培育良种的核心问题。在水产抗病育种中，若有可用的家系材料则采用人工感染特定病原测定家系抗病力，然后使用基于系谱信息的最佳线性无偏预测(P-BLUP)估算受试家系的育种值(EBV)。为避免病原垂直传播的风险，人工感染中存活的个体一般不用作繁育亲本，而是从育种值EBV高的家系中选择未感染的健康个体进行繁育。因此，选择效率不高，每年可获得的遗传进展有限；若没有可用的家系材料，则多依据表型和经验选择，导致选择效率大幅降低。

目前，东星斑的人工繁育主要依靠自然产卵和自然受精的方式进行，育苗场将数条性腺发育成熟的亲鱼置于同一网箱中，使其自然产卵和受精。由于缺少挑选具有育种潜力东星斑亲本的有效手段，因此难以培育抗病的东星斑良种。

发明内容

本发明的目的是提供一种东星斑抗病良种培育的基因组选择方法，即一种基于非家系群体的东星斑抗病良种培育的基因组选择方法，以克服传统选育中缺少家系材料、缺失系谱信息和选择准确性较低的问题。为培育东星斑抗病良种提供分子育种方法，提高东星斑养殖群体抗病力，推动东星斑抗病良种培育进程。

本发明所提供的东星斑抗病良种培育的基因组选择方法，所述的方法包括如下步骤：

1)使用不同地理来源的东星斑幼鱼构建东星斑抗病参考群体，将具有抗病表型、但未纳入参考群体的个体作为验证群体；

其中用于构建抗病参考群体的东星斑幼鱼是通过抗病力筛选后获得的；

2)对参考群体和验证群体进行全基因组重测序，捕获基因组范围内高质量单核苷酸多态性(SNP)位点；

3)通过比较基因组最佳线性无偏预测(G-BLUP)和BayesCπ两种方法预测抗病性状基因组估计育种值(GEBV)的准确性随SNP标记数减少的变化趋势来挑选预测验证个体GEBV的SNP数目和预测方法；

4)根据步骤3)得到的结果，选出用于计算东星斑验证群体GEBV的SNP标记，

所述的SNP标记包含了与东星斑抗病性状相关的SNP位点；