[发明专利]检测西农萨能奶山羊DGAT1基因CNV标记的方法及其应用

说明书

本发明属于家畜分子生物学检测技术领域，公开了一种检测西农萨能奶山羊DGAT1基因CNV标记的方法及其应用，所述检测西农萨能奶山羊DGAT1基因CNV标记的方法包括：以西农萨能奶山羊基因组DNA为模板，以引物对P1以及引物对P2为引物，分别通过QPCR扩增DGAT1基因的CNV区域，然后根据定量结果鉴定西农萨能奶山羊DGAT1基因的拷贝数变异。本发明提供的奶山羊DGAT1基因拷贝数变异检测方法，不受年龄的限制，可用于母羊的早期选育，甚至在刚出生时就可进行选择；检测DGAT1基因拷贝数变异的方法准确可靠、操作简便；DGAT1基因拷贝数变异位点的检出，为奶山羊的分子标记辅助选择提供科学依据。

技术领域

本发明属于家畜分子生物学检测技术领域，尤其涉及一种检测西农萨能奶山羊DGAT1基因CNV标记的方法及其应用。

背景技术

目前，奶山羊作为畜牧行业奶制品以及肉制品的主要来源，而羊奶相比较于牛奶，具有价格优惠，产量大的特点。随着基因组学和生物信息学等学科的迅猛发展，动物育种理论和技术正在发生重大变化，奶山羊育种的方向由常规的表型选育向分子育种发展。目前，羊分子育种研究主要集中在以分子标记为基础的标记辅助选择方面。分子育种，即分子标记辅助选择(molecular mark-assist selection，MAS)，该技术是借助DNA分子标记对遗传资源或育种材料进行选择，对畜禽的综合性状进行品种改良。在畜禽育种中，通过对生长性状密切相关，并且与数量性状紧密关联的DNA标记的选择，达到早期选种和提高育种值准确性的目的，从而在畜禽育种中获得更大的遗传进展。

拷贝数变异(Copy Number Variations，CNVs)，作为一种新发现的基因组亚显微水平结构变异类型，是指基因组DNA中较大片段的缺失或重复现象，涉及的片段大小在50bp到数Mb之间，包括拷贝数增加(Copy number gain)和拷贝数减少(Copy number loss)。

DGAT1(二酰基甘油O-酰基转移酶1)在三酰基甘油合成中起基础作用。DGAT1可编码跨膜蛋白，是催化甘油三酯合成的最后和限制步骤的关键代谢酶。在奶牛中，已发现DGAT1位于对产奶量和组成份有重要影响的QTL中。在反刍动物中，多个DGAT1基因SNPs已被鉴定为对产奶性状和肉质具有重大影响的关键分子标记。但是，与DGAT1相关的CNV还未见报道。发明人前期研究首次利用山羊52K SNP芯片技术，在国外山羊中检测到了DGAT1基因区域存在CNV。但是，DGAT1 CNV在中国山羊中是否存在，以及其是否山羊的产奶性状存在影响尚未可知。

CNV常用的检测方法主要分为在全基因组范围内检测未知CNV和用于定点检测或验证已知CNV两类。基因组未知CNV常用的检测方法有芯片法和测序法，但是，这两种方法受检测平台的局限，而且价格昂贵；对于已确定的CNV的检测，通常是采用基于PCR技术和杂交技术的一些方法。其中，实时荧光定量PCR(QPCR)最为常用。根据QPCR所使用的荧光化学方法的不同，主要分为荧光染料嵌入法和荧光杂交探针法两类。PCR反应体系中加入过量的SYBR Green染料分子，能特异性地渗入DNA双链并发射荧光信号，而游离的染料分子则仅有很低的荧光本底几乎不发光，从而确保信号的增加与PCR产物的增加同步，可通过检测荧光信号的强度来反映基因组DNA的数量。通过对目的基因(具有拷贝数变异)及参考基因(无拷贝数变异)进行相对定量，根据2^-ΔΔCt方法统计检测样本候选基因的拷贝数。染料法的优点是实验成本低、无需设计合成探针、使用方便，可以检测目的片段的绝对拷贝数。因此，荧光染料嵌入法作为先前方法，普适度高，另一点它的实验成本低，受认同程度高。。

通过上述分析，现有技术存在的问题及缺陷为：亟需一种新的能够大样本检测DGAT1 CNV在中国山羊中的存在情况，并探索其对山羊的产奶性状是否存在影响。。

解决以上问题及缺陷的难度为：由于之前尚未在中国山羊中开展相关研究，且大样本进行试验检测的方法尚需探索。