[发明专利]饲用微生物产品中菌种及风险基因的高通量检测方法

权利要求书

1.饲用微生物产品中菌种的高通量检测方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：

(1)提取待测样品中的微生物的基因组DNA；

(2)对步骤(1)提取得到的基因组DNA进行高通量测序；

(3)对步骤(2)的高通量测序结果进行数据分析，得到每种微生物的丰度，

(4)对步骤(3)所得的微生物的丰度进行结果展示：

S1.若菌种属于允许目录中的菌种，则输出菌种的名称和其丰度；

S2.若菌种不属于允许目录中的菌种，则判断菌种的丰度，

若菌种的丰度大于等于1.5％，则输出菌种的名称和其丰度；

若菌种的丰度小于1.5％，则输出所有丰度小于1.5％的菌种的丰度之和。

2.根据权利要求1所述的饲用微生物产品中菌种的高通量检测方法，其特征在于，步骤S2中，若菌种的丰度大于等于1.5％、且小于10％，则分配所述菌种第一标记符；若菌种的丰度大于等于10％，则分配所述菌种第二标记符。

3.根据权利要求1所述的饲用微生物产品中菌种的高通量检测方法，其特征在于，步骤(3)的数据分析包括以下步骤：

(3-1)数据转化：将步骤(2)的高通量测序结果转化为FASTQ格式；

(3-2)数据质控：删除无效序列；

(3-3)物种注释：将步骤(3-2)处理后的数据与物种数据库进行序列比对，进行种属分类；

(3-4)统计学分析：对步骤(3-3)序列比对的结果进行统计，计算得到每种微生物的丰度。

4.根据权利要求3所述的饲用微生物产品中菌种的高通量检测方法，其特征在于，步骤(3-2)中，无效序列包括单条序列中N碱基含量超过10％，或Q值小于5的碱基含量超过50％的序列。

5.根据权利要求1所述的饲用微生物产品中菌种的高通量检测方法，其特征在于，所述允许目录包括《饲料添加剂品种目录》。

6.根据权利要求1或5所述的饲用微生物产品中菌种的高通量检测方法，其特征在于，所述允许目录中的菌种包括地衣芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、两歧双歧杆菌、粪肠球菌、屎肠球菌、乳酸肠球菌、嗜酸乳杆菌、干酪乳杆菌、德式乳杆菌乳酸亚种、植物乳杆菌、乳酸片球菌、戊糖片球菌、产朊假丝酵母、酿酒酵母、沼泽红假单胞菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、短双歧杆菌、青春双歧杆菌、嗜热链球菌、罗伊氏乳杆菌、动物双歧杆菌、黑曲霉、米曲霉、迟缓芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、纤维二糖乳杆菌、发酵乳杆菌、德氏乳杆菌保加利亚亚种、产丙酸丙酸杆菌、布氏乳杆菌、副干酪乳杆菌、凝结芽孢杆菌、侧孢短芽孢杆菌、丁酸梭菌、约氏乳杆菌。

7.根据权利要求1所述的饲用微生物产品中菌种的高通量检测方法，其特征在于，提取饲用微生物产品中的微生物的基因组DNA包括以下步骤：

(1-1)取样品，用TE缓冲液清洗样品；

(1-2)裂解样品中的微生物；

(1-3)向步骤(1-2)所得的样品中加入核糖核酸酶，去除样品中的RNA；

(1-4)向步骤(1-3)所得的样品中加入蛋白酶，去除样品中的蛋白质；

(1-5)向步骤(1-4)所得样品中加入磁珠混合液，吸附细菌DNA，其中，磁珠混合液包括磁珠和PEG，磁珠与PEG的体积比为1：1～4，磁珠的终浓度为0.5～5mg/mL；

(1-6)清洗步骤(1-5)所得的DNA。

8.根据权利要求1所述的饲用微生物产品中菌种的高通量检测方法，其特征在于，步骤(1-2)中，向步骤(1-1)所得样品中加入生理盐水，震荡悬起沉淀，再加入40～60mg/mL溶菌酶混匀，37℃反应0.5～4.5h后，离心，弃清液，收集菌体。