[发明专利]用于食管癌分型的生物标志物及其应用

说明书

本发明涉及一种用于食管癌分型的生物标志物及其应用，涉及医学检测技术领域。该生物标志物包括GAS7、LRP1B、MAP2K4、FOXP1和WWOX等至少5种以上基因。利用上述生物标志物，对食管鳞癌和食管腺癌进行分型诊断，使用5个标志物时，诊断力AUC可达0.9447，使用10个标志物时，诊断力AUC可达0.9789，使用20个标志物时，诊断力AUC可达0.9714，使用所有标志物时，诊断力AUC可达0.9489，具有优异的诊断力，提供一个基于分子水平、用于两种病理亚型的判别方法，并且为病理诊断结果提供相互验证，确保病例诊断结果无误，方便后续精准治疗。

技术领域

本发明涉及医学检测技术领域，特别是涉及一种用于食管癌分型的生物标志物及其应用。

背景技术

食管癌是全世界第8常见的癌症，也是第6大死因，在中国，近年来食管癌的发病率有所下降，但死亡率一直位居第四位。食管癌是一种预后较差的恶性疾病，各分期食管癌总的5年生存率大概在14％左右。组织学上，食管癌被分为上皮和非上皮来源的肿瘤。食管癌90％以上都是鳞癌(SCC)或者腺癌。组织学类型上，我国食管癌以鳞状细胞癌为主，占90％以上，而美国和欧洲以腺癌为主，占70％左右，但是之后食管癌的病理型构成发生了变化，包括胃食管交接部癌(GEJ)的食管腺癌在西方国家和美国显著增加，目前已构成食管癌50％的病理类型。吸烟和重度饮酒是引起食管鳞癌的重要因素。

食管癌的治疗方案依赖于病理分型的判断。同时，除了常规的放化疗手段，食管癌治疗目前已经开始迈入精准医疗的时代：晚期突破治疗进展的患者，通常需要做基因变异检测并根据个体的状况，使用相对应的靶向药物，例如Her2抑制剂、EGFR抑制剂、PDL-1免疫治疗，mTOR抑制剂、AXL抑制剂、C-MET抑制剂。

有限的组织样品以及对日益增多的治疗靶向标志物的评估的需要大大提高了当前的诊断需求，组织学诊断再现性的研究已经显示了病理学家内和病理学家间的判定差异性：病理判定错误的结果、分化不良的肿瘤及矛盾的免疫组织化学结果等等，对当前食管癌的精准医疗准确性提出了挑战。

同时，最新2021年的全国实体瘤体细胞高通量测序(大panel)检测室间质评估报告显示，全国检测实验室合格率仅为49.2％，预计基因组或外显子测序的合格率会更低，这个数据极大的显示了，当前基于病理及基因检测对患者制定治疗药物建议的质量控制急需得到提升。

发明内容

针对上述问题，本发明提供一种用于食管癌分型的生物标志物，通过变异基因在食管癌的食管鳞癌vs腺癌不同表达图谱，得到可对食管鳞癌和食管腺癌进行分型诊断的生物标志物，提供基于分子水平、用于两种病理亚型的一个判别方法，并且为病理诊断结果提供相互验证，确保病例诊断结果无误，方便后续精准治疗。

为了达到上述目的，本发明提供一种用于食管癌分型的生物标志物，包括以下基因中的至少5种：TP53、NFE2L2、NOTCH1、RUNX1T1、LRP1B、ERBB4、MUC16、PTPRD、PREX2、ERBB2、CDKN2A、NBEA、APC、ARID1A、SMAD4、ROBO2、PTPRC、NRG1、RGPD3、TNFAIP3、PDGFRB、WWOX、SMAD4、SRC、MAFB、PTPRT、SETBP1、PML、IDH2、BLM、FES、CHD2、FLCN、MAP2K1、SMAD3、ASXL1、GAS7、MAP2K4、TCF12、SDC4、CRTC3、PTK6、SS18L1、GNAS、NFATC2、SALL4、LRP1B、FOXP1、SRGAP3、VHL、PIK3CA、RHOA、TBL1XR1、NCKIPSD、MITF、FANCD2、FBLN2、MLF1、ROBO2、SOX2、MB21D2、XPC、GMPS、SETD2、WWTR1、MAP3K13、TP63、TFRC、BAP1、MECOM、EPHA3、RAF1、MLH1、CTNNB1、IGF2BP2、ETV5、MUC4、CACNA1D、PPARG、MYD88、EIF4A2、BCL6、PBRM1、TGFBR2、ERBB4、LPP、ATR、CCR4。