[发明专利]KEGG Pathway map组学维度信息的交互式展示方法、系统、终端、介质在审
申请号: | 202111598451.6 | 申请日: | 2021-12-24 |
公开(公告)号: | CN114283892A | 公开(公告)日: | 2022-04-05 |
发明(设计)人: | 产天龙;徐祎春;韩峻松;袁箐;赵英楠 | 申请(专利权)人: | 上海生物芯片有限公司 |
主分类号: | G16B45/00 | 分类号: | G16B45/00;G16B20/00 |
代理公司: | 上海光华专利事务所(普通合伙) 31219 | 代理人: | 倪静 |
地址: | 201203 上海市浦东新区中国*** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | kegg pathway map 维度 信息 交互式 展示 方法 系统 终端 介质 | ||
1.一种KEGG Pathway map组学维度信息的交互式展示方法,其特征在于,包括:
根据已知的目标组学在多个维度上的取值情况构建各维度的阈值范围,并将所述目标组学在各维度上的值转换为对应的颜色代码;
根据所述颜色代码,将各组学各维度的颜色映射图例组合绘制为原始图片;
基于KGML文件信息解析所述pathway通路图,以获取各所述目标组学的坐标信息;
根据所述目标组学的坐标信息以及各目标组学所对应的颜色代码,在未进行着色修改的所述原始图片上选择感兴趣的组学和感兴趣的维度进行着色修改后展示。
2.根据权利要求1所述KEGG Pathway map组学维度信息的交互式展示方法,其特征在于,所述目标组学的多个维度包括:表达水平、表达变化水平、显著性、甲基化程度、突变频率、磷酸化或泛素化水平、拷贝数变化、其他基因蛋白代谢修饰水平。
3.根据权利要求1所述KEGG Pathway map组学维度信息的交互式展示方法,其特征在于,所述目标组学在多个维度上的取值情况包括:连续值的变化情况和/或离散值的逻辑值分布情况;其中,连续值的变化情况主要由上下限制及中间的各阈值来表示,是指二色渐变或多色渐变的各阈值。
4.根据权利要求1所述KEGG Pathway map组学维度信息的交互式展示方法,其特征在于,绘制所述pathway通路图的方式包括:先根据各组学的各维度的阈值范围生成颜色渐变区域,再将各目标组学在各维度上的颜色标尺绘制于对应颜色渐变区域中的对应位置;其中,所述pathway通路图包括设有上下限值的二色渐变区域、设有上下限及中值的三色渐变区域、设有上下限及多个中间阈值的多色渐变区域。
5.根据权利要求1所述KEGG Pathway map组学维度信息的交互式展示方法,其特征在于,所述目标组学的坐标信息包括方框坐标信息、圆坐标信息、线条坐标信息;
其中,所述坐标信息还包括:目标组学所展示的方框或圆的区域内的坐标信息、边框坐标信息、区域内单词或数字的坐标信息;以及包括:目标组学所展示的线条的坐标以及计算出的线条外框线坐标;以及包括:将方框、圆或线条进行尺寸或粗细调整后得到的坐标信息。
6.根据权利要求5所述KEGG Pathway map组学维度信息的交互式展示方法,其特征在于,对于多组学或多维度的坐标信息,将方框或圆按照组学或维度数量进行均分,并分别得到每部分的坐标信息;将线段的长度按照组学或维度数量进行均分。
7.根据权利要求1所述KEGG Pathway map组学维度信息的交互式展示方法,其特征在于,所述对KEGG pathway map图片进行交互式展示的方式包括:
编辑html文件,增加自定义的弹窗信息及超链接;
将目标组学展示于html文件内;
添加文本框,编写JavaScript脚本,增加所述文本框内关键字筛选功能;
编写JavaScript脚本,添加勾选框与单选框,以供按需展示勾选目标组学的单一组学或维度信息并在图片中进行着色;
编写JavaScript脚本,保存图片上的修改结果和/或将图片初始化恢复原样功能。
8.一种KEGG Pathway map组学维度信息的交互式展示系统,其特征在于,包括:
代码模块,用于根据已知的目标组学在多个维度上的取值情况构建各维度的阈值范围,并将所述目标组学在各维度上的值转换为对应的颜色代码;
绘制模块,用于根据所述颜色代码,将各组学各维度的颜色映射图例组合绘制为原始图片;
坐标模块,用于基于KGML文件信息解析所述pathway通路图,以获取各所述目标组学的坐标信息;
着色模块,用于根据所述目标组学的坐标信息以及各目标组学所对应的颜色代码,在未进行着色修改的所述原始图片上选择感兴趣的组学和感兴趣的维度进行着色修改后展示。
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