[发明专利]KEGG Pathway map组学维度信息的交互式展示方法、系统、终端、介质

说明书

本申请提供KEGG Pathway map组学维度信息的交互式展示方法、系统、终端、介质，本发明通过对KEGG Pathway Map中元素的填充色、边框和单词(或数字)进行颜色映射的方式同时批量展示单一或多组学元素的变化水平、表达水平、显著水平、各种修饰水平(如甲基化水平)或突变频率等信息；同时依据html规则与JavaScript脚本以网页版的形式交互式地突出展现某个组学、维度信息。本发明可以同时批量、交互式、清晰具体地在KEGG Pathway Map展示各组学、维度信息。

技术领域

本申请涉及生物信息及交互展示技术领域，特别是涉及KEGG Pathway map组学维度信息的交互式展示方法、系统、终端、介质。

背景技术

Kanehisa实验室于1995年开发了KEGG数据库(Kyoto Encyclopedia of Genesand Genomes(京都基因与基因组百科全书))。它拥有多个子数据库，包含基因组，生化反应，生化物质，疾病与药物，以及最常用PATHWAY通路信息。

在所有子数据库中最重要也是最常用的就是KEGG PATHWAY，它包括大量由科研人员根据已有研究文献，通过手动绘制的KEGG通路图，代表着代谢过程，环境信息过程，细胞过程，生物系统，人类疾病和药物开发。常规的生信分析中，比如转录组差异分析中，通常在KEGG Pathway Map将上调基因标记为红色，将下调基因标记为绿色。但这样只能展示基因的上下调情况，无法展示具体差异变化情况。另一方面，无法同时清楚的展示显著性的具体变化情况。

在涉及某些多组学联合分析时，诸如转录组与蛋白组，转录本与蛋白占据同一位置的方框或线段，无法直观表示维度信息(比如表达变化水平)。在涉及多维度信息展示时，由于KEGG官网只支持背景色(bgcolor)、前背景色(fgcolor)的自定义，无法展示三个维度信息，比如对基因同时展示甲基化水平、表达水平、拷贝数变化的情况。另一方面，由于KEGG官网给出的KEGG Pathway Map图片中基因、蛋白、代谢物的大小、粗细恒定。最终得到的部分KEGG Pathway Map图片中部分基因、蛋白、代谢物过小。所表达的信息在图中展示不够清晰。常规的生信分析中，通常将Pathway Map中各元素着色之后保存为静态图片，只能大致看到各组学、维度信息的情况。比如对于差异水平，图片中可以大致查看上下调情况。

发明内容

鉴于以上所述现有技术的缺点，本申请的目的在于提供KEGG Pathway map组学维度信息的交互式展示方法、系统、终端、介质，用于解决现有技术中常规的生信分析中，通常将Pathway Map中各元素着色之后保存为静态图片，只能大致看到各组学、维度信息的情况等问题。

为实现上述目的及其他相关目的，本申请的第一方面提供一种KEGG Pathway map组学维度信息的交互式展示方法，包括：根据已知的目标组学在多个维度上的取值情况构建各维度的阈值范围，并将所述目标组学在各维度上的值转换为对应的颜色代码；根据所述颜色代码，将各组学各维度的颜色映射图例组合绘制为原始图片；基于KGML文件信息解析所述pathway通路图，以获取各所述目标组学的坐标信息；根据所述目标组学的坐标信息以及各目标组学所对应的颜色代码，在未进行着色修改的所述原始图片上选择感兴趣的组学和感兴趣的维度进行着色修改后展示。

于本申请的第一方面的一些实施例中，所述目标组学的多个维度包括：表达水平、表达变化水平、显著性、甲基化程度、突变频率、磷酸化或泛素化水平、拷贝数变化、其他基因蛋白代谢修饰水平。

于本申请的第一方面的一些实施例中，所述目标组学在多个维度上的取值情况包括：连续值的变化情况和/或离散值的逻辑值分布情况；其中，连续值的变化情况主要由上下限制及中间的各阈值来表示，通常是指二色渐变或多色渐变的各阈值。