[发明专利]胆汁cfDNA在胆囊转移性癌症诊疗中的用途

说明书

本发明涉及胆汁cfDNA在胆囊转移性癌症诊疗中的应用，属于医学分子生物学技术领域。辅助胆囊转移性癌症诊疗的新媒介是指胆汁cfDNA。本发明具有以下优势：本发明可以增加一种辅助乳腺癌、胰腺癌、肝癌和卵巢癌等多种实体瘤胆囊转移患者诊断的新媒介，以补充传统影像学诊断实体瘤胆囊转移敏感性不足的问题；此外，利用该媒介进行高通量测序，能够有效检测出实体瘤胆囊转移患者所携带的基因变异，从而有效提示患者靶向用药的选择，为患者带来更多靶向用药机会。

技术领域

本发明涉及基因检测领域，具体而言，本发明涉及胆汁cfDNA作为辅助胆囊转移性癌症患者诊疗的一种新媒介。该媒介可以辅助乳腺癌、胰腺癌、肝癌和卵巢癌等多种实体瘤胆囊转移患者诊断，同时根据检测结果提示预后以及为临床治疗方案的设计提供指导及理论基础。

背景技术

癌症转移，是指癌细胞离开最初出现的部位(原发病灶)，通过血液、淋巴系统或其他途径，扩散到全身另外的部位，并在合适部位长出新肿瘤的过程。据报道，超过50％的患者在诊断时已经出现了临床可检测到的转移性疾病，大约90％的癌症患者最终会死于癌症转移。相关研究发现，癌细胞的转移具有“器官亲和性”，一般都会转移到特定的目的地，而不会影响到其他的器官。比如，乳腺癌常见肺、骨、肝脏和中枢神经系统的转移，胰腺癌和肝癌更容易发生肺、骨和肝脏的转移，卵巢癌常见腹膜、子宫和直肠等部位的转移。尽管实体瘤几乎可以转移到任何器官，但具有显著临床表现的胆囊转移相对来说十分罕见，其诊断通常较晚，甚至部分患者在尸检时才被发现发生了该部位的转移。胆囊转移的非典型表现可能会误导医生的决策，实现胆囊转移的早期诊断可能会改变患者的用药方案和预后水平。因此，寻找具有高度敏感性和特异性的生物标志物，协助实体瘤胆囊转移的诊断和治疗方案的制定，成为临床重点关注和急需解决的难题。

液体活检作为体外诊断的重要分支，通过捕获和检测体液(血液、尿液、唾液、胸水等)中的生物标志物(血清肿瘤标志物、循环肿瘤细胞、循环游离DNA、外泌体等)来诊断和监测肿瘤等疾病。循环游离DNA(circulating free DNA，cfDNA)是目前研究最多、应用最成熟的液体活检技术，包含肿瘤细胞在坏死或凋亡过程中释放到体液中的DNA即循环肿瘤DNA(circulating tumor DNA，ctDNA)，其保留了肿瘤特异性基因特征和表观遗传学特征，如癌基因和抑癌基因的点突变、拷贝数变异、DNA甲基化和染色体重排等，通过其特异性特征可有效区分肿瘤细胞和正常细胞。ctDNA检测具有操作简单、侵害性小、易于监测等优势，它可以在疾病不同时期发挥作用，比如协助癌症的早期筛查和早期诊断、术后检测残留病灶及预测复发、指导晚期患者靶向用药、动态监测治疗反应及判断预后，从而实现个体化治疗。

发明内容

本发明发现胆汁cfDNA可作为一种辅助乳腺癌、胰腺癌、肝癌和卵巢癌等多种实体瘤胆囊转移患者诊疗的新媒介，利用该媒介进行高通量测序可以补充传统影像学诊断实体瘤胆囊转移患者敏感性不足的问题，检测敏感性优于血浆样本。此外，对该媒介进行高通量测序，能够有效检测出实体瘤胆囊转移患者所携带的基因变异，从而有效提示患者靶向用药的选择，为患者带来更多靶向用药机会。

检测胆汁cfDNA中基因变异的试剂在用于制备实体瘤胆囊转移诊断试剂中的用途。

所述的基因变异是指基因突变或者、基因拷贝数变异或者基因融合中的一种或几种。

所述的基因突变是单核苷酸变异、插入缺失突变，包括错义突变、无义突变、剪切突变、移码突变、非移码突变或者启动子突变等。

所述的基因变异来源于KRAS、ERBB2、CDKN2A、TP53、YAP1、ARID1A、MAP2K1、NOTCH1、PIK3CA或者RNF43基因。

一种实体瘤胆囊转移诊断装置，包括：

提取模块，用于对胆汁cfDNA进行提取；

文库制备模块，用于将提取模块中得到的cfDNA制备出高通量测序文库；