[发明专利]检测SARS-CoV-2突变位点的组合物、试剂盒、方法及其用途

说明书

本发明属于分子生物学检测领域；具体地，涉及SARS‑CoV‑2的检测；更具体地，涉及SARS‑CoV‑2突变株的主要突变位点的检测。与此同时，还提供了包括所述组合物的试剂盒，所述组合物的用途，以及用于检测SARS‑CoV‑2突变株并分型的方法。使用本发明的组合物能够对阿尔法突变株、贝塔突变株、伽马突变株、奥密克戎突变株上的主要突变进行鉴定，并通过位点组合检测进行突变株类型的初步筛查确认，使得不同突变位点能够得到区别对待，从而使得治疗和预防更效率。本发明的组合物，结合荧光探针法，同时检测5个靶标，其成本低，通量高，并且操作简便，用时短。

相关申请的交叉引用

本申请要求申请日为2021年12月09日，申请号为202111500433.X，题名为“检测SARS-CoV-2突变位点的组合物、试剂盒、方法及其用途”的中国专利申请的优先权，其全部内容通过引用并入本文。

技术领域

本发明属于分子生物学检测领域；具体地，涉及SARS-CoV-2的检测；更具体地，涉及SARS-CoV-2突变株的主要突变位点的检测。

背景技术

作为一种RNA病毒，新冠病毒最大的特点之一就是容易变异，从变异株阿尔法(Alpha B.1.1.7)到贝塔(Beta B.1.351)，再到伽玛(Gamma P.1)和德尔塔(DeltaB.1.617.2)，每次变异，新冠病毒都携带着更强的传播力。

SARS-CoV-2较易发生缺失(deletions)突变，这种突变多发生在S蛋白的重复缺失区(recurrent deletion regions,RDR)。SARS-CoV-2突变株也在世界多地相继出现。近几个月来，出现了几个引人注目的SARS-CoV-2突变株，如在英国出现的B.1.1.7突变株、巴西的P.1突变株和南非的B.1.351突变株(也称 501Y.V2)。B.1.1.7突变株于2020年12月出现在英国，之后播散到十几个国家；其基因组有17个突变，其中8个在S蛋白，传播能力显著增强。P.1突变株于 2020年中旬开始在巴西流行。B.1.351突变株于2020年12月出现在南非。这3 个突变株的共同特点是在S蛋白发生了多处突变，并迅速演化为优势流行株。作为抗体识别表位，RDRs的删除可能导致SARS-CoV-2抗体的结合特异性发生变化，使其发生抗原进化(antigenic evolution)，进而逃逸由突变前 SARS-CoV-2诱生的中和抗体。突变株的出现同时对我国疫情也产生了重大影响。据报道，2021年1月2日在广东省发现1例英国B.1.1.7亚型，该病毒基因组序列含有B.1.1.7亚型突变株的13个分支特异的氨基酸变异位点，其中包括对病毒感染能力有潜在重要影响的S蛋白N501Y，P681H突变和病毒免疫逃逸相关的S蛋白69-70缺失突变。1月6日在广东省发现1例501Y.V2南非突变株，除了与英国突变株B.1.1.7亚型有相同的N501Y突变外，不同之处在于还包含了对病毒感染能力有潜在重要影响的S蛋白E484K和K417N两个关键位点的突变。3月12日再次发现B.1.525尼日利亚突变株。2021年11月26日世界卫生组织紧急宣布南非发现了新的新冠新型变异毒株，并迅速列为最高级别“高关注变异株”，命名为Omi-cron(希腊字母命名)，中文译为“奥密克戎”。这些突变株正在迅速传播，并且逐级取代了传播的其他型别的新冠病毒。疫情防控面临巨大挑战，疫苗的研发也是迫在眉睫。其中有的突变株可能对现 SARS-CoV-2疫苗诱导的抗体产生抵抗力，影响检测试剂及疫苗的效果，故明确病毒的突变位点对病毒的流行病学分析及临床诊断治疗意义重大。

本领域需求一种能够准确鉴定新冠不同突变株的突变位点的试剂，并初步进行突变株型别的鉴别，以便针对性采取防疫和治疗措施，使得应对更为效率。同时，检测所需时间短，灵敏度高。

发明内容

有鉴于此，第一方面，本发明提供了一种能够检测SARS-CoV-2突变株的主要突变位点的组合物，并通过不同位点的检测结果组合判断鉴别突变株型别，所述组合物同时包括：

第一核酸组合物：