[发明专利]一种基于病毒结构蛋白的生物活性成分筛选系统

说明书

本发明涉及一种基于病毒结构蛋白的生物活性成分筛选系统。为了缩短了抗病毒新药研发周期、降低了研发成本、提高了研发的成功率，本发明提供了一种新的基于病毒结构蛋白的生物活性成分筛选系统，包括：用于获取待筛选的生物活性成分的结构文件及信息的第一获取单元，用于根据所述信息将待筛选的生物活性成分的结构文件输入相应的分子对接模块的选择单元，用于获取病毒结构蛋白的结构文件的第二获取单元，用于将所述病毒结构蛋白的结构文件与待筛选的生物活性成分的结构文件匹配到同一分子对接模块的匹配单元，分子对接单元和可视化单元。本发明简化了病毒结构蛋白生物活性成分筛选步骤，提高了筛选的速度和效率，具有非常好的实际应用价值。

技术领域

本发明涉及计算机辅助药物设计领域，更具体地，涉及一种基于病毒结构蛋白的生物活性成分筛选系统、筛选方法、设备、系统、计算机可读存储介质。

背景技术

抗病毒药物的研发是一项复杂的系统工程，时间成本和研发成本极大，计算机辅助药物设计(CADD)是一种提高新药研发效率的有效方法，CADD与分子生物学等学科整合，在一定程度上缩短了新药研发周期、降低了研发成本、提高了研发的成功率。

但是传统的基于CADD进行病毒结构蛋白的生物活性成分筛选步骤包含复杂的结构文件处理，对结构文件的不同处理需要借助不同的软件，研发人员需要一一学习和研究这些软件，即使熟悉软件后，不同软件的分散运行，也将导致结构文件的处理上花费大量的时间，延缓项目研发进度。此外，大量的分子对接软件的出现，虽然是对分子对接技术的不断开拓，但是很多分子对接软件背后的原理不同，采用的方法不同，各有利弊，难以取舍，每种分子对接软件结果可能相差甚远，选择哪种才更适合自有项目，反而成为研发人员的难题。

发明内容

为了简化了病毒结构蛋白生物活性成分筛选步骤，提高了筛选的速度和效率，本发明提供了一种新的基于病毒结构蛋白的生物活性成分筛选系统、筛选方法、设备、系统、计算机可读存储介质。

本申请公开一种基于病毒结构蛋白的生物活性成分筛选系统，包括：

第一获取单元，用于获取待筛选的生物活性成分的结构文件及信息，所述信息包括生物活性成分的类别及大小；

选择单元，用于根据所述信息将待筛选的生物活性成分的结构文件输入相应的分子对接模块，所述分子对接模块包括蛋白-蛋白分子对接模块、蛋白-大核酸分子对接模块、蛋白-小核酸分子对接模块、蛋白-小分子分子对接模块；

第二获取单元，用于获取病毒结构蛋白的结构文件；

匹配单元，用于将所述病毒结构蛋白的结构文件与待筛选的生物活性成分的结构文件匹配到同一分子对接模块；

分子对接单元，用于将所述分子对接模块识别病毒结构蛋白的结合位点和待筛选的生物活性成分的三维构象，完成病毒蛋白与待筛选的生物活性成分结合及排序；

可视化单元，用于根据所述排序得到排名靠前的病毒蛋白与待筛选的生物活性成分结合后的复合物并进行三维可视化展示。

进一步，所述系统还包括蛋白结构预测单元，所述蛋白结构预测单元位于第二获取单元前，当原始输入文件是病毒结构蛋白的核酸序列或氨基酸序列时，所述蛋白结构预测单元用于将病毒结构蛋白的核酸序列或氨基酸序列生成病毒结构蛋白的结构文件，优选的，所述蛋白结构预测单元为alphafold软件。

本发明的目的在于提供一种基于病毒结构蛋白的生物活性成分筛选方法，包括：

获取待筛选的生物活性成分的结构文件及生物信息，所述生物信息包括生物活性成分的类别及大小；

根据所述生物信息将待筛选的生物活性成分的结构文件输入相应的分子对接模块，所述分子对接模块包括蛋白-蛋白分子对接模块、蛋白-大核酸分子对接模块、蛋白-小核酸分子对接模块、蛋白-小分子分子对接模块；

获取病毒结构蛋白的结构文件；