[发明专利]用于预测帕金森病风险的生物标志物

说明书

本发明涉及一种鉴定受试者是否有发展为PD的风险、受试者是否患有PD或受试者是否需要针对PD的早期治疗性干预的方法，该方法包括检测从受试者获得的样品中选自由以下组成的组的一个或多个基因的基因座处的遗传变体的存在：SV2C、WBSCR17、PARK16、ITPKB、MCCC1、SNCA、FAM47E‑SCARB2、FYN、DLG2、LRRK2、RIT2及其组合；其中一个或多个遗传变体的存在鉴定出受试者有发展为PD的风险、受试者患有PD或受试者需要针对PD的早期治疗性干预。此外，本文描述了确定患有PD的受试者或有发展为PD的风险的受试者的预后的方法以及用于计算受试者发展为PD的多基因风险评分(PRS)的方法。此外，本文描述了用于PD的生物标志物和试剂盒。

相关申请的交叉引用

本申请要求于2020年2月5日提交的新加坡申请号10202001048U的优先权权益，其内容通过整体引用并入本文用于所有目的。

技术领域

本发明属于生物标志物领域，特别是与帕金森病相关的生物标志物及其方法和用途。

背景技术

帕金森病(Parkinson’s disease，PD)是全球最常见的与年龄相关的神经退行性疾病之一，2016年已导致全球超过200,000例死亡和320万例伤残调整寿命年。PD表现为以运动迟缓、姿势不稳、僵硬和静止性震颤(由黑质纹状体多巴胺能神经元和其他非多巴胺能结构丧失引起)为特征的低动力性运动障碍。目前，PD无法治愈，因为症状仅出现在疾病的晚期。已在家族性PD中鉴定出一些含有稀有致病变体的基因，这表明虽然遗传因素在PD发病机制中发挥作用，但它具有极强的异质性，并且受多种基因和途径的影响。这意味着种系遗传变体可以作为生命早期风险预测的稳定生物标志物。尽管在欧洲人群中进行的全基因组关联研究(genome-wide association studie，GWAS)的大规模荟萃分析(meta-analysis)已确定了几十个与PD发病机制有关的基因座并证实了家族性PD基因与散发性PD相关，然而，对于世界上人口最多且因此在全球PD患者中占很大一部分的亚洲人群，所进行的研究较为有限。

因此，对可用于诊断PD、预测风险和鉴定高危个体以进行早期监测和治疗性干预的生物标志物的鉴定非常重要。此外，还需要鉴定新的、有潜力的亚洲特异性生物标志物，以便在亚洲和欧洲的PD遗传风险之间进行稳健的比较。

发明内容

在一个方面，提供了一种鉴定受试者是否有发展为PD的风险、受试者是否患有PD或受试者是否需要针对PD的早期治疗性干预的方法，该方法包括：a.从受试者获取DNA样品；和b.检测样品中选自由以下组成的组的一个或多个基因的基因座处的遗传变体的存在：SV2C、WBSCR17、PARK16、ITPKB、MCCC1、SNCA、FAM47E-SCARB2、FYN、DLG2、LRRK2、RIT2及其组合；其中一个或多个遗传变体的存在鉴定出受试者有发展为PD的风险、受试者患有PD或受试者需要针对PD的早期治疗性干预。

在一个方面，提供了一种确定患有PD的受试者或有发展为PD的风险的受试者的预后的方法，该方法包括：a.从受试者获取DNA样品；和b.检测样品中选自由以下组成的组的一个或多个基因的基因座处的遗传变体的存在：SV2C、WBSCR17、PARK16、ITPKB、MCCC1、SNCA、FAM47E-SCARB2、FYN、DLG2、LRRK2、RIT2及其组合；其中一个或多个遗传变体的存在表明受试者具有不良预后。

在另一个方面，提供了一种计算受试者发展为PD的多基因风险评分(polygenicrisk score，PRS)的方法，该方法包括以下步骤：a.从受试者获取DNA样品；b.检测样品中选自由以下组成的组的一个或多个基因的基因座处的遗传变体的存在：SV2C、WBSCR17、PARK16、ITPKB、MCCC1、SNCA、FAM47E-SCARB2、FYN、DLG2、LRRK2、RIT2及其组合；和运行DNA的基因分型分析；以及c.测量步骤b中检测到的遗传变体的总数以计算受试者发展为PD的PRS。