[发明专利]一种单细胞水平检测HLA-I/II类基因表达分型和表达量的试剂盒及使用方法

说明书

本发明涉及一种单细胞水平检测HLA‑I/II类基因表达分型和表达量的试剂盒，包含以下内容：用于HLA‑I/II类基因捕获的HLA Target Mix1；用于HLA‑I/II类基因捕获的HLA Target Mix2；用于HLA‑I/II类基因捕获的PCR试剂；用于捕获后DNA文库构建的试剂。本发明还提供一种单细胞水平检测HLA‑I/II类基因表达分型和表达量的试剂盒使用方法：HLA‑I/II靶向第一次富集及纯化；HLA‑I/II靶向第一次富集及纯化所得产物的第二次富集及纯化；捕获文库构建。本发明的试剂盒及使用方法，使测序文库更有针对性，能充分展现每个细胞的HLA多态性及组合状态，方法简单，流程稳定。

技术领域

本发明属于基因测序领域，具体涉及一种单细胞水平检测HLA-I/II类基因表达分型和表达量的试剂盒及使用方法。

背景技术

测序法已经成为一种常规的实验技术，最近新一代测序技术的显著优势，主要有以下几种：大规模平行签名测序（Massively Parallel Signature Sequencing，MPSS)、高通量测序技术、聚合酶克隆（Polony Sequencing）、454焦磷酸测序（454 pyrosequencing）、Illumina (Solexa) sequencing、ABI SOLiD sequencing、离子半导体测序（Ionsemiconductor sequencing）、DNA纳米球测序（DNA nanoball sequencing）等。

大规模平行信号(MPSS， Brenner et al.2000)和焦磷酸测序法(也称454测序，Margulies et al.2005， Langaee and ronaghi2005)已经使测序技术发生了彻底的变革，它们可以同时对数百万个短序列读长进行测序。尽管面临着来自生物信息学方面的挑战，但是这些技术为探索更多生态学与进化问题提供了更多的机会，其中包括对生物多样性的分析( Venter etal.2004)。此外，二代测序技术是最不可能由于操作不当、缺失、稀有转录及克隆细菌不稳定的原因而产生错误的。技术进步使得这一方法变得不断可靠(Hamady etal.2008)，绝大多数的转录表达(包括那些表达量极少的转录本)都能够被精准地定量(StoloⅦitzky etal.2005)。随着序列读长的增加，454焦磷酸测序法的使用频率将大增，能进一步增加在非模式物种中鉴定基因的概率( Hudson2008)。由于测序的读长较短，这项技术最初只能用于已测序的模式物种。

高通量测序技术是对传统测序一次革命性的改变，一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定，因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generationsequencing)足见其划时代的改变，同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能，所以又被称为深度测序(deep sequencing)。高通量测序技术的诞生可以说是基因组学研究领域一个具有里程碑意义的事件。该技术使得核酸测序的单碱基成本与第一代测序技术相比急剧下降， 以人类基因组测序为例，上世纪末进行的人类基因组计划花费 30 亿美元解码了人类生命密码，而第二代测序使得人类基因组测序已进入万(美)元基因组时代。如此低廉的单碱基测序成本使得我们可以实施更多物种的基因组计划从而解密更多生物物种的基因组遗传密码。在已完成基因组序列测定的物种中，对该物种的其他品种进行大规模地全基因组重测序也成为了可能，同时，为研究人类基因组上复杂多态区域（如：VDJ、HLA等）提供有效工具。