[发明专利]一种猪SNP分子标记在猪乳头数性状筛选和猪育种中的应用

说明书

本发明公开了一种猪SNP分子标记在猪乳头数性状筛选和猪育种中的应用，其中所述乳头数性状为左侧乳头数性状、右侧乳头数性状和总乳头数性状；所述分子标记的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.1所示，在该序列的第356bp处存在一处CT碱基突变。本发明还提供了一种用于扩增上述分子标记的引物对以及利用上述分子标记进行选育的方法。本发明首次发掘了猪ENSSSCG00000002825基因中的一个SNP分子标记与猪的左侧乳头数性状、右侧乳头数性状和总乳头数性状相关，因此可用于猪标记辅助选择育种，即提供了猪ENSSSCG00000002825基因中一个SNP分子标记在猪乳头数性状的标记辅助育种的新用途，实现了对猪乳头数性状的早期筛选，筛选方法简单快速。

技术领域

本发明涉及猪分子标记技术领域，具体涉及一种猪SNP分子标记在猪乳头数性状筛选和猪选育中的应用。

背景技术

猪的繁殖性状是种猪选育的重要性状、是衡量猪场经济效益的重要组成部分。随着产仔数性状的不断提高，与泌乳力息息相关的乳头数性状越来越重要。乳头数是离散的可数性状，受多基因共同调控，其主效基因目前尚不明确。因此，寻找控制猪乳头数性状的关键分子遗传标记，并将其用于分子标记辅助育种，对提高猪的乳头数性状，增加经济效益具有重要意义。

用于MAS的分子标记包括蛋白质标记，微卫星标记，单核苷酸多态性(singlenucleotide polymorphism，SNP)标记等。SNP标记指由基因组单核苷酸变异引起的DNA序列多态性，包括碱基转换、颠换、单碱基插入或缺失等，被公认为是最新的第三代DNA分子标记。

ENSSSCG00000002825基因(Carboxylesterase 1)编码一种重要的羧酸酯酶，参与大量外源物质以及具有酯、硫酯或酰胺键的内源性底物的水解或酯交换。大量研究表明，该基因在人体中与酯类代谢、药物代谢过程相关，并可能在血脑屏障中发挥作用；而有关该基因对乳头数性状的影响还未见报道。

发明内容

本发明的目的在于克服上述技术不足，提供了一种猪SNP分子标记在猪乳头数性状筛选和猪育种中的应用，本发明发掘了ENSSSCG00000002825基因第二内含子中一SNP与猪乳头数性状关联，可作为猪乳头数性状筛选和猪选育的分子标记。

本发明的目的之一在于提供一种猪SNP分子标记在猪乳头数性状筛选和/或猪育种中的应用，其中所述乳头数性状为左侧乳头数性状、右侧乳头数性状和总乳头数；所述分子标记的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.1所示，在该序列的第356bp处存在一处CT碱基突变。该分子标记位于猪ENSSSCG00000002825基因第二内含子的部分序列中，该序列长度为417bp。

进一步的，序列SEQ ID NO.1中第356bp处的C或T碱基多态性位点，表现为CC、TC或TT三种基因型，其中T等位基因具有更高的加性效应。

本发明的目的之二在于提供一种用于扩增上述分子标记的引物对，包括：上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。

本发明的目的之三在于提供一种上述引物对在猪乳头数性状筛选和/或猪育种中的应用。

本发明的目的之四在于提供一种试剂盒，包括上述引物对，其上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。

本发明的目的之五在于提供一种猪乳头数性状筛选和/或猪选育的方法，包括如下步骤：

S1、提取猪的基因组DNA；

S2、以步骤S1得到的基因组DNA作为模板，采用如权利要求3所述的引物对进行PCR扩增，得到如权利要求1所述的分子标记并纯化；

S3、对步骤S2纯化后的分子标记进行测序分析，保留该序列第356bp处携带有T等位基因的个体，淘汰携带有C等位基因的个体。