[发明专利]用于空间转录组测序的组织透化方法在审
| 申请号： | 202210138701.6 | 申请日： | 2022-02-15 |
| 公开（公告）号： | CN114540463A | 公开（公告）日： | 2022-05-27 |
| 发明（设计）人： | 郑洪坤;刘敏;张梦龙;刘晨阳 | 申请（专利权）人： | 北京百迈客生物科技有限公司 |
| 主分类号： | C12Q1/6806 | 分类号： | C12Q1/6806 |
| 代理公司： | 北京路浩知识产权代理有限公司 11002 | 代理人： | 黄爽 |
| 地址： | 101300 北京市顺义区南*** | 国省代码： | 北京;11 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 用于 空间 转录 组测序 组织 方法 | ||
1.用于空间转录组测序的组织透化方法，其特征在于，包括以下步骤：
(1)组织贴片、固定及染色：将新鲜冷冻组织切片贴于生物芯片指定区域，然后将芯片放入固定液中固定，并进行HE染色及扫描仪成像；
其中，所述生物芯片带有mRNA捕获探针；
(2)组织透化：将步骤(1)所得芯片放入组织透化液中孵育一段时间后，去除组织透化液；
其中，所述组织透化液的组成如下：组织透化原液60μl+0.1M HCl 5940μl；所述组织透化原液的配制方法为：将0.1g胃蛋白酶溶于1000μl无核酶水中；
(3)荧光cDNA合成：向芯片孔内加入含有荧光基团的cDNA合成试剂进行cDNA合成；
(4)组织移除：去除cDNA合成试剂，向芯片孔内加入组织移除液；
(5)荧光扫描成像。
2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤(1)中所述固定液为甲醇或甲醛；固定条件为：-20℃固定20-30min。
3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤(2)进行组织透化的温度为37℃。
4.根据权利要求1所述的，其特征在于，步骤(3)所述含有荧光基团的cDNA合成试剂的组成如下，按每孔计：5×反转录缓冲液20μl，200U/μl反转录酶5μl，10mM dNTPs 15μl，1mMCy3-dCTP 0.5μl，40U/μl RNaseOUT 5μl，无核酶水补齐至100μl。
5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，步骤(3)cDNA合成的条件为：42℃反应1.5h。
6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤(4)所述组织移除液的组成如下：20mg/ml蛋白酶K12.5μl和PKD缓冲液87.5μl。
7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，步骤(4)组织移除的条件为：56℃反应1h。
8.根据权利要求1-7任一项所述的方法，其特征在于，在进行荧光扫描成像之前，还包括对组织移除后的芯片进行梯度洗涤的步骤，具体如下：
1)用50℃预热的含0.1％SDS的2×SSC溶液冲洗芯片10-20次；
2)用0.2×SSC溶液冲洗芯片10-20次；
3)用0.1×SSC溶液冲洗芯片10-20次。
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