[发明专利]用于核酸扩增的组合物和方法

权利要求书

1.一种方法，所述方法包含：

(a)提供第一反应混合物，所述第一反应混合物包含(i)靶DNA分子的第一链和(ii)第一引物，所述第一引物包含1)与所述第一链的一部分互补的第一已知序列，和2)在所述第一引物的第一位点处的嘌呤衍生物，所述第一位点对应于包含单核苷酸多态性(SNP)的第一核苷酸位点的所述第一链的第一靶位点；其中所述第一链的所述SNP的第一核苷酸位点中的碱基为嘧啶；

(b)提供第二反应混合物，所述第二反应混合物包含(i)所述靶DNA分子的所述第一链的互补链和(ii)第二引物，所述第二引物包含1)与所述互补链互补的第二已知序列，和2)在所述第二引物的第二位点处的嘧啶衍生物，所述第二位点对应于包含所述SNP的第二核苷酸位点的所述互补链的第二靶位点；其中所述第二链的所述SNP的第二核苷酸位点中的碱基为嘌呤；

(c)使所述第一反应混合物和所述第二反应混合物经历以下条件，所述条件使得所述第一引物在与所述第一链杂交时能够延伸以产生第一DNA产物，并且使得所述第二引物在与所述互补链杂交时能够延伸以产生第二DNA产物；其中所述第一产物和所述第二产物在包含所述第一引物和所述第二引物二者的区域是重叠的；以及

(d)用具有3’-5’外切核酸酶活性的DNA聚合酶，对所述第一DNA产物进行多于一个扩增循环以产生扩增的第一DNA产物，并且对所述第二DNA产物进行多于一个扩增循环以产生扩增的第二DNA产物；

(f)确定所述扩增的第一DNA产物和所述扩增的第二DNA产物的相对量；

其中所述方法被配置为经由所述靶DNA分子的扩增来检测所述靶DNA分子处的SNP。

2.一种用于检测靶DNA分子处的单核苷酸多态性(SNP)的组合物，所述组合物包含：

(a)第一反应混合物，所述第一反应混合物包含(i)所述靶DNA分子的第一链和(ii)第一引物，所述第一引物包含1)与所述第一链的一部分互补的第一已知序列，和2)在所述第一引物的第一位点处的嘌呤衍生物，所述第一位点对应于包含所述SNP的第一核苷酸位点的所述第一链的第一靶位点；其中所述第一链的所述SNP的第一核苷酸位点中的碱基为嘧啶；和

(b)第二反应混合物，所述第二反应混合物包含(i)所述靶DNA分子的所述第一链的互补链和(ii)第二引物，所述第二引物包含1)与所述互补链互补的第二已知序列，和2)在所述第二引物的第二位点处的嘧啶衍生物，所述第二位点对应于包含所述SNP的第二核苷酸位点的所述互补链的第二靶位点；其中所述第二链的所述SNP的第二核苷酸位点中的碱基为嘌呤；

其中在存在具有3’-5’外切核酸酶活性的DNA聚合酶的情况下，所述第一引物在与所述第一链杂交时能够延伸以产生第一DNA产物，并且所述第二引物在与所述互补链杂交时能够延伸以产生第二DNA产物。

3.根据权利要求1所述的方法，或权利要求2所述的组合物，其中所述第一链的嘧啶碱基是胞嘧啶碱基或胸腺嘧啶碱基，并且所述互补链的嘌呤碱基是腺嘌呤碱基或鸟嘌呤碱基。

4.根据权利要求1所述的方法，或权利要求2所述的组合物，其中所述嘌呤衍生物不是鸟嘌呤或不是腺嘌呤。

5.根据权利要求1所述的方法，或权利要求2所述的组合物，其中所述嘧啶衍生物不是胸腺嘧啶或不是胞嘧啶。

6.根据权利要求1所述的方法，或权利要求2所述的组合物，其中所述第一反应混合物和所述第二反应混合物在同一容器或单独的容器中。

7.根据权利要求1所述的方法，或权利要求2所述的组合物，其中借助具有3’-5’外切核酸酶活性的酶，所述嘌呤衍生物能够被腺嘌呤碱基或鸟嘌呤碱基代替，并且所述嘧啶衍生物能够被胞嘧啶碱基或胸腺嘧啶碱基代替。

8.根据权利要求1所述的方法，或权利要求2所述的组合物，其中与所述第二DNA产物相比，所述第一DNA产物的量较多表明在所述SNP的所述第一核苷酸位点处的嘌呤碱基的存在，所述嘌呤碱基与所述第一引物的嘌呤衍生物较不类似。