[发明专利]用于核酸扩增的组合物和方法

说明书

本申请提供了用于扩增和/或分析核酸的组合物和方法，所述方法包括：提供第一反应混合物以及第二反应混合物，第一和第二反应混合物分别包含靶分子的第一链和第一引物以及第一链的互补链和第二引物，所述第一和第二引物分别在对应于包含单核苷酸多态性(SNP)的该第一链的靶位点的位点包含嘌呤衍生物和在对应于包含SNP的该互补链的靶位点的位点包含嘧啶衍生物；分别延伸第一和第二引物以产生第一和第二产物；以及扩增第一和第二产物并然后确定其相对量；其中方法被配置为经由靶分子的扩增来检测靶分子处的SNP。

本申请是申请日为2015年11月18日，申请号为201580073992.3，发明名称为“用于核酸扩增的组合物和方法”的申请的分案申请。

交叉引用

本申请要求2014年11月20日提交的第62/082,534号美国临时专利申请、2014年11月20日提交的第62/082,538号美国临时专利申请和2014年11月20日提交的第62/082,541号美国临时专利申请的优先权，这些申请均通过引用以其全文并入本文以用于所有目的。

背景技术

核酸扩增方法允许扩增样品如生物样品中的核酸分子。核酸分子可以经由例如基于热循环的方法(例如，聚合酶链反应(PCR))或经由恒温方法来扩增。核酸扩增还可以用于制备核酸分子以供与核酸分析相关的许多应用中的后续分析，这些应用例如是检测靶核酸序列、检测样品中的罕见核酸分子/序列和/或制备用于测序反应的核酸分子。因此，由于核酸扩增对于广泛应用的适用性，对于可用于扩增核酸分子和/或可用于分析由核酸扩增生成的核酸分子的组合物和方法存在需要。

发明内容

本公开内容提供了用于核酸扩增及分析的探针、装置、引发(priming)寡核苷酸、组合物和方法。

本公开内容的一方面提供了具有互补于单链靶核酸分子的核酸序列的探针。该核酸序列可具有(i)至少一个可切割部分，(ii)可检测部分和(iii)猝灭剂。当探针不与该单链靶核酸分子杂交时，该猝灭剂可猝灭该可检测部分。

在一些实施方案中，所述探针可以是单链的。在一些实施方案中，该探针可能无法进行分子内杂交。在一些实施方案中，该探针可包含多个可切割部分。在一些实施方案中，可检测部分可以是荧光团。在一些实施方案中，该可检测部分可适合于在该探针与单链靶核酸分子杂交时提供可检测信号。

在一些实施方案中，所述至少一个可切割部分可以是核糖部分。此外，溶液可以含有探针并且可以包含例如碱性缓冲液。

在一些实施方案中，所述探针可以包含位于所述至少一个可切割部分侧翼的核苷酸序列A和核苷酸序列B。核苷酸序列A和核苷酸序列B可各自互补于单链靶核酸分子的一部分。在一些实施方案中，在探针与单链靶核酸分子杂交时，该可切割部分可以是可切割的。在一些实施方案中，该可切割部分可以是在碱性条件下可切割的和/或在不借助于酶的情况下可切割的。

在一些实施方案中，所述探针可适合于与单链靶核酸分子杂交，使得所述至少一个可切割部分位于相对于该单链靶核酸分子的单核苷酸多态性(SNP)位点处。在一些实施方案中，所述至少一个可切割部分相对于SNP位点处的核苷酸是互补的。

此外，所述探针可固定在包含基底例如固体基底的阵列上。该固体基底可包含选自金属、半金属、玻璃、聚合物、金属氧化物、氧化硅和氮化硅的材料。在一些实施方案中，该探针可固定在阵列的孔中。