[发明专利]一种高效分离带有野生稻血缘的抗白叶枯病基因及其家族成员的方法

权利要求书

1.一种高效分离带有野生稻血缘的抗白叶枯病基因的方法，其特征在于，所述方法包括：

通过对元江普通野生稻渗入系双亲进行建库和高通量测序获得连续基因组，将所述连续基因组与参考基因组进行共线性分析，根据目的基因定位情况，筛选出所述抗白叶枯病基因的候选基因，根据所述候选基因设计引物进行PCR扩增、PCR产物直接测序和抗病功能分析，从而分离出带有野生稻血缘的抗白叶枯病基因。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述抗白叶枯病基因为Xa47(t)，所述基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.13所示；所述基因Xa47(t)的CDS序列如SEQ ID NO.14所示。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述元江普通野生稻渗入系双亲为元江普通野生稻和栽培稻合系35；所述参考基因组为日本晴基因组；所述目的基因定位和所述PCR扩增的模板为元江普通野生稻渗入系G252。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述引物为214QC-9F/R；所述214QC-9F的核苷酸序列如SEQ ID NO.11所示，所述214QC-9R的核苷酸序列如SEQ ID NO.12所示。

5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述抗病功能分析包括功能互补试验和基因编辑试验分析候选基因的抗病功能。

6.一种高效分离带有野生稻血缘的抗白叶枯病基因家族成员的方法，其特征在于，所述方法包括：

筛选获得含有Xa47(t)基因或其同源基因的元江普通野生稻渗入系材料；根据权利要求2所述Xa47(t)基因序列，获得来自元江普通野生稻和合系35中的Xa47(t)基因，分别命名为Xa47(t)^YP和Xa47(t)^HX；

利用引物对所述元江普通野生稻渗入系不同材料进行扩增、测序，得到4种Xa47(t)基因的基因型：Xa47(t)^G252、Xa47(t)^YP、Xa47(t)^HX以及Xa47(t)^L234；对由4种基因型编码得到的蛋白质进行相似性分析，从而确定其是否为带有野生稻血缘的抗白叶枯病基因家族成员。

7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，所述筛选的步骤包括：

利用Xa47(t)基因的共分离标记Hxjy-1对元江普通野生稻渗入系进行PCR扩增，得到扩增片段大小为167bp的渗入系，结合渗入系的抗病谱筛选出含有Xa47(t)基因或其同源基因的元江普通野生稻渗入系材料。

8.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，根据权利要求2所述的Xa47(t)基因序列，利用blast程序从元江普通野生稻和合系35基因组R13I14和Hxjy-14区段中进行检索，即获得来自元江普通野生稻和合系35中的Xa47(t)基因。

9.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，所述引物包括214QC-2F/R、48QC-9F/R和48QC-11F/R，所述214QC-2F的核苷酸序列如SEQ ID NO.17所示，所述214QC-2R的核苷酸序列如SEQ ID NO.18所示；所述48QC-9F的核苷酸序列如SEQ ID NO.19所示，所述48QC-9R的核苷酸序列如SEQ ID NO.20所示；所述48QC-11F的核苷酸序列如SEQ ID NO.21所示，所述48QC-11R的核苷酸序列如SEQ ID NO.22所示。

10.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，所述Xa47(t)^G252、Xa47(t)^YP、Xa47(t)^HX以及Xa47(t)^L234基因即以其供体材料进行命名的Xa47(t)基因；所述Xa47(t)^G252为权利要求2所述的Xa47(t)基因；所述Xa47(t)^YP基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.15所示；所述Xa47(t)^YP基因的CDS序列如SEQ ID NO.30所示；所述Xa47(t)^HX基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.16所示；所述Xa47(t)^HX基因的CDS序列如SEQ ID NO.32所示；所述Xa47(t)^L234基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.27所示；所述Xa47(t)^L234基因的CDS序列如SEQ ID NO.28所示。