[发明专利]一种江黄颡鱼性别相关SNP分子标记及其应用

权利要求书

1.一种江黄颡鱼性别相关SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记为SEQ ID NO.1所示序列自5’端起第100、101位碱基，分别是TC或AT。

2.根据权利要求1所述的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记为TC/AT杂合基因型的个体为雄性江黄颡鱼，所述SNP分子标为TC纯合基因型的个体为雌性江黄颡鱼。

3.一组用于扩增权利要求1或2所述SNP分子标记SEQ ID NO.1序列的引物对，其特征在于，所述引物对的序列如下：

P1:如SEQ ID NO.2所示；

P2:如SEQ ID NO.3所示。

4.一种鉴定江黄颡鱼遗传性别的方法，其特征在于，包括以下步骤：

提取江黄颡鱼待检样本基因组DNA；

以权利要求3所述的引物进行PCR扩增，得到PCR产物；

对所述PCR产物进行分组后，获得分离曲线，从而鉴定江黄颡鱼雌、雄性别。

5.一种检测如权利要求1或2所述的SNP标记的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包含权利要求3所述引物以及其他用于扩增所述SNP标记的试剂。

6.权利要求1或2所述SNP分子标记的筛选方法，其特征在于，所述筛选方法包括以下步骤：

获得原始序列集，所述原始序列集是对DNA样本的进行全基因组测序得到的原始序列集合构成，所述DNA样本包括雄性混合池、雌性混合池、8个雄性单样本和8个雌性单样本；

获得参考序列，所述参考序列是将所述原始序列分别进行过滤和电子酶切以得到分别与所述雄性混合池、所述雌性混合池、所述8个雄性单样本和所述8个雌性单样本对应的酶切片段集，挑选具有数量较多的特异片段的雄性单样本或中雌性单样本对应的酶切片段集进行串联，即为参考序列；

获得候选SNPs，将所述参考序列与来源于所述雄性混合池的酶切片段集或来源于所述雌性混合池的酶切片段集与所述参考序列比对，从对应的酶切数据集中得到与参考序列不一致具有单核苷酸多态性位点的序列，以作为候选SNPs；以及

获得与与江黄颡鱼性别相关SNP分子标记。

7.根据权利要求6所述的筛选方法，其特征在于，获得参考序列的步骤具体包括：

将所述原始序列集过滤以得到过滤序列集；

将所述过滤序列集进行电子酶切以得到酶切片段集，所述酶切片段集包括来源于所述雄性混合池的第一酶切片段集、来源于所述雌性混合池的第二酶切片段集、来源于所述8个雄性单样本的8个第三酶切片段集以及来源于所述8个雌性单样本的8个第四酶切片段集；

进行第一比对，是将所述第一酶切片段集与所述第二酶切片段集进行比对，以获得仅存在于所述第一酶切片段集的第一特异片段以及仅存在于所述第二酶切片段集的第二特异片段；

进行第二比对，是比较所述第三酶切片段集中包含的所述第一特异化片段的数量与在所述第四酶切片段集中包含的所述第二特异化片段的数量大小：

若第一特异片段在第三酶切片段集中出现的数量大于第二特异片段的数量，则对随机挑选1个雄性单样本对应的过滤序列集中的全部过滤序列进行串联，以作为参考序列；反之，则对随机挑选1个雌性单样本对应的过滤序列集中的全部过滤序列进行串联，以作为参考序列。

8.根据权利要求7所述的筛选方法，其特征在于，获得候选SNPs的步骤具体包括：

进行第三比对，将所述参考序列与所述第一酶切片段集或所述第二酶切片段集进行比对，从所述第二酶切片段集或第一酶切片段集中得到与参考序列不一致的具有SNPs的序列，以作为候选SNPs。