[发明专利]一种与凡纳滨对虾抗副溶血弧菌感染相关的几丁质结合蛋白基因上的SNP标记及其应用

说明书

本发明公开了一种与凡纳滨对虾抗副溶血弧菌感染相关的几丁质结合蛋白基因上的SNP标记及其应用。所述的SNP标记位于如SEQ ID NO.1所示的凡纳滨对虾几丁质结合蛋白基因序列的501bp位点处，突变类型为T纯合、T/A杂合和A纯合，该标记的抗副溶血弧菌感染优势基因型为T纯合。本发明同时公开了利用上述标记进行抗副溶血弧菌感染性状标记辅助育种的应用方法。本发明提供了一种有效地开展凡纳滨对虾分子标记辅助抗副溶血弧菌感染性状遗传选育的方法，该方法效率高，操作简单，选育个体基因型稳定，不发生遗传分化，可显著加快抗病育种进展，对提高凡纳滨对虾抗病养殖具有重要指导意义。

技术领域

本发明属水产养殖生物技术领域，更具体地说，涉及基因单核苷酸多态性(SNP)的检测，特别涉及一种凡纳滨对虾几丁质结合蛋白基因上一个引起氨基酸序列改变产生的SNP分子标记，和其在抗副溶血弧菌感染对虾亲本、虾苗鉴定及抗病育种方面的应用。

背景技术

凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei，俗称南美白对虾)是世界和我国产量第一大养殖对虾主要种类，在满足人民优质蛋白食品需求方面具有重大作用。根据《2021中国渔业统计年鉴》，2020年我国凡纳滨对虾养殖年产量186万多吨，占全国对虾年产量的86％，虾苗生产量15000多亿尾，市场对良种的需求巨大。然而，近年来频繁暴发的细菌性病害给养殖生产造成了巨大的经济损失；另一方面，细菌性病害的流行和有效防控技术不足也造成了抗菌素的乱用和滥用，产生药物残留、环境污染、抗药性菌株蔓延等诸多负面影响。因此，从种质层面入手，深入发掘和利用凡纳滨对虾的抗菌种质，选育抗菌能力强的优良新品种和筛选抗菌能力强的苗种用于养殖生产，成为细菌性病害防控研发的重点和热点。

细菌病是危害最严重的病害之一，而弧菌病是对虾养殖过程中最为常见、危害最大的细菌性疾病。副溶血性弧菌(Vibrio parahaemolyticus)是人们发现最早的对虾弧菌病原，是凡纳滨对虾主要的条件致病菌。近年来对虾养殖中最为严重的疾病之一“急性肝胰腺坏死综合症(AHPND)”就是由携带毒力基因Pir A和Pir B的副溶血弧菌导致的。2009年首次报道在中国暴发凡纳滨对虾AHPND，随后在墨西哥、马拉西亚、泰国、菲律宾、越南、孟加拉国和美国相继暴发。具体症状为肝胰腺苍白，萎缩，脱落，空肠空胃，发病1-3天内病死率达到100％，给养殖生产造成了极大地损失。

由于坚硬表皮的限制，甲壳动物必须经过蜕皮才能发育和生长。凡纳滨对虾一生经历 35～37次蜕皮，每次蜕皮后免疫力下降，均是弧菌最容易入侵的时期。作为表皮组成成分的几丁质是和蛋白质以结合的形式存在，此蛋白即为几丁质结合蛋白(Chitinbinding protein， CBP)，是甲壳动物表皮中重要的结构性蛋白，该类蛋白一般含有特征性的结构域，与几丁质构成的复合物不仅为钙化作用提供有机支架，而且参与控制钙化的程度，对蜕皮后凡纳滨对虾的抗弧菌感染能力具有重要作用。

随着现代生物技术和遗传学技术在水产领域的快速转化，以性状相关功能基因为基础的分子标记技术成为水产遗传育种的关键技术之一。SNP作为一种遗传标记，具有发生频率高、能稳定遗传、易进行自动化检测等优点，并且在不同物种、不同品种间SNP分布都存在差异。而在水产动物种苗繁育和遗传育种中，SNP标记已运用多年，一些与生长、繁殖及抗病性状等相关的分子标记陆续被筛选到。本发明旨在通过发掘与凡纳滨对虾抗副溶血弧菌感染性状相关的SNP标记，并通过应用该标记建立一种用于凡纳滨对虾分子标记辅助抗病育种的方法。

发明内容

本发明的目的是提供一种与凡纳滨对虾抗副溶血弧菌感染性状相关的几丁质结合蛋白基因上的SNP标记及其应用，从而实现凡纳滨对虾的分子标记抗病育种。

本发明的第一个目的是提供一种与凡纳滨对虾抗副溶血弧菌感染性状相关的SNP分子标记。