[发明专利]检测SARS-CoV-2的组合物、试剂盒、方法及其用途

说明书

本发明属于分子生物学检测领域；具体地，涉及SARS‑CoV‑2的检测；更具体地，涉及检测SARS‑CoV‑2的组合物、试剂盒、方法及其用途。本发明提供了包含所述组合物的试剂盒，所述组合物的用途，以及用于检测SARS‑CoV‑2变异株并分型的方法。通过检测不同的特征功能变异位点，对奥密克戎和德尔塔变异株进行分型，从而在单管反应体系中同时实现SARS‑CoV‑2变异株分型的检测。使得不同毒株能够得到区别对待，从而使得治疗和预防更效率。本发明的组合物成本低，通量高，操作简便，结果读取过程通过扩增曲线Ct值即可以判定。检测全过程均在单管封闭条件下进行，避免了假阳性和环境污染。

技术领域

本发明属于分子生物学检测领域；具体地，涉及SARS-CoV-2的检测；更具体地，涉及SARS-CoV-2变异株奥密克戎（Omicron）BA.1、BA.2以及德尔塔（Delta）的检测。

背景技术

新型冠状病毒（2019-nCoV，SARS-CoV-2），在2020年2月11日国际病毒分类委员会将该病毒命名为SARS-CoV-2。冠状病毒是一个大型病毒家族，在此之前已知有6种可以感染到人类，如可引起感冒以及中东呼吸综合征（MERS）和严重急性呼吸综合征（SARS）等，而SARS-CoV-2是以前从未在人体中发现的冠状病毒新毒株，该病毒在分类学上属于冠状病毒科（Coronaviridae）冠状病毒属（Coronavirus）中的β类型冠状病毒，具有囊膜和刺突细胞学特征基因组为线性单股正链的RNA（(+)ssRNA）病毒。

据世界卫生组织官网显示，目前全世界已经发现数百种新冠病毒的变种，迄今为止，最新出现的奥密克戎变异株BA.1、BA.2同时具有前4个“需要关注”的变异株一些重要氨基酸突变位点，包括细胞受体亲和力、病毒复制能力和免疫逃逸能力增强的位点。突变的叠加可能降低部分抗体药物对奥密克戎变异株的保护效力。根据英国和丹麦的研究，BA.2的传染性比最初的Omicron变种BA.1高出约30%，而且更容易引发严重疾病，BA.2需要更密切的关注，而BA.1的传播速度也比Delta毒株增加70%多，除此之外，此前流行的Delta也仍需要极高的关注。而现有技术还未存在检测奥密克戎和德尔塔变异株以及区分BA.1、BA.2的试剂。

因此，本领域需求一种能够准确检测奥密克戎变异株以及德尔塔变异株的试剂，以便针对性采取防疫和治疗措施，使得应对更为效率。同时，检测所需时间短，灵敏度高。

发明内容

有鉴于此，第一方面，本发明提供了一种能够检测SARS-CoV-2变异株并分型的组合物，所述组合物同时包括：

第一核酸组合物：

如SEQ ID NO:1所示的突变T478K上游引物、如SEQ ID NO:2所示的突变T478K下游引物，和如SEQ ID NO:3所示的突变T478K探针；

第二核酸组合物：

如SEQ ID NO:4所示的突变HV69-70del上游引物、如SEQ ID NO:5所示的突变HV69-70del下游引物，和如SEQ ID NO:6所示的突变HV69-70del探针；

第三核酸组合物：

如SEQ ID NO:7所示的突变Q954H上游引物、如SEQ ID NO:8所示的突变Q954H下游引物，和如SEQ ID NO:9所示的突变Q954H探针；以及

第四核酸组合物：

如SEQ ID NO:10所示的突变L452R上游引物、如SEQ ID NO:11所示的突变L452R下游引物，和如SEQ ID NO:12所示的突变L452R探针。