[发明专利]一种分析体细胞变异的方法及装置

权利要求书

1.一种分析体细胞变异的方法，其特征在于，包括：

变异所属基因分析步骤，包括确定目标变异所属基因类型以及基因分类，输出相关信息；

变异生物学意义和/或致癌性预测步骤，包括根据目标变异在数据库中的信息，输出生物学意义和/或致癌性信息；

变异生物学意义和/或致癌性预测步骤包括如下步骤中的至少一种：

A.根据目标变异在数据库中的信息，输出相关信息，具体地，查询目标变异在至少一种常见人群数据库中的信息，对于在常见人群数据库中高频的变异位点，将该类变异的生物学意义和致癌性分别标记为：生物学意义为Benign或Likely Benign，致癌性为No；如果目标变异在常见人群数据库中的突变频率＜频率阈值，则查询目标变异在至少一种肿瘤变异数据库中的信息，获得目标变异在该类不同数据库中的突变频率以及携带该目标变异的样本数，根据不同的值，分别赋予不同的分值；根据突变频率赋予分值V1，根据携带所述目标变异的样本数赋予分值计数为V2；

B.根据目标变异是否为定义的特殊变异类型，输出相关信息，具体地，确定目标变异是否为定义的特殊变异类型，对特殊变异列表区间内的目标变异，直接输出结果；对于特殊变异列表区间内的目标变异，直接输出如下结果：生物学意义为GOF或LOF，致癌性为Yes；

C.根据变异所属基因分析步骤获得的目标变异所属基因，以及目标变异类型，输出相关信息；若目标变异所属基因为GUS，则直接输出生物学意义为VUS，致癌性为Unkonw；若目标变异所属基因为AG或CG，目标变异类型为如下变异中的至少一种：无义突变、移码突变、经典+/-1 或 2剪接突变位点突变、起始密码子上的突变、拷贝数缺失、单个或多个外显子的缺失的变异，且目标变异所属基因分类为抑癌基因，则直接输出生物学意义为LOF，致癌性为Yes；若目标变异所属基因为原癌基因，则输出生物学意义为LOF，致癌性为Unknown；若目标变异所属基因分类为Unknown，则进入步骤D、E、F、G进行预测；若目标变异均不符合上述情况，目标变异类型为框内移码突变或stop-loss突变，则根据变异类型输出分值V3；

D.根据目标变异所属基因结构域，判断是否为重要结构域，并根据所属基因功能结构域位置输出分值V4；

E.根据目标变异是否为热点变异，输出分值V5；

F.根据目标变异周围区域变异或者同位点氨基酸变异的信息，输出分值V6；

G.使用至少一种软件预测目标变异的有害性，并根据软件预测得到的结果输出分值V7；

变异生物学意义和/或致癌性预测步骤中，如果步骤A~G中没有直接输出目标变异的生物学意义和/或致癌性信息，则根据步骤A~G输出的分值V1~V7，或者分值V1~V7中对应分值的加和，预测目标变异的生物学意义和/或致癌性。

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤A中，所述数据库包括常见人群数据库、肿瘤变异数据库、肿瘤变异知识数据库中的至少一种。

3.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述高频的变异位点包括突变频率≥频率阈值的变异位点。

4.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述频率阈值为1%。

5.如权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤A中，查询目标变异在至少一种肿瘤变异知识数据库中记载的信息，将所述目标变异在不同的肿瘤变异知识数据库中记载的信息进行比较，如果目标变异在不同数据库中均有记载，且结论一致，则直接输出目标变异在肿瘤变异知识数据库中的生物学意义和/或致癌性信息，并提供具体的肿瘤变异知识数据库信息。

6.如权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤C中，如果目标变异所属基因最后产生的蛋白终止在倒数第二个外显子50bp内，则排除目标变异的生物学意义为LOF，输出生物学意义为VUS，致癌性为Unknown。

7.如权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤D中，根据文献记载的基因重要结构域，确定结构域的染色体坐标区间，供后续查询目标变异是否落在重要结构域，并输出具体分值V4。