[发明专利]胎儿染色体非整倍体多重数字PCR检测的引物、探针及其试剂盒和应用

说明书

本发明提供了一种胎儿染色体非整倍体多重数字PCR检测的引物、探针及其试剂盒和应用，包括用于检测第21、18、13号染色体非整倍体的引物和探针。本发明克服了NGS技术平台耗时长、成本高和技术操作要求高，以及常规多重数字PCR需要设计和使用多条检测探针导致的成本高，设计难度高等缺点；本发明可使用但不限于使用孕周5～8周的宫颈脱落细胞或其他含有胎儿DNA的样本，避免有创取样导致的流产情况，是一种操作简单、成本低、时效快且准确度高的试剂盒及检测方法，可用于多重数字PCR平台检测胎儿染色体拷贝数变异现象。

技术领域

本发明属于产前诊断技术领域，特别涉及一种胎儿染色体非整倍体PCR检测的引物、探针及其试剂盒和应用，尤其涉及一种胎儿染色体非整倍体多重数字PCR检测的引物、探针及其试剂盒和应用。

背景技术

在众多染色体异常疾病中，染色体非整倍体导致的残疾及生活障碍尤为明显。目前最常见的染色体疾病是21三体综合症(唐氏综合症)，其新生儿发病率为1/700-1/600。除唐氏综合症之外，13三体综合症(帕陶综合症)的活婴发病率为1/2000，女性多于男性，患儿母亲平均生育年龄为31岁。18三体综合症(爱德华氏综合症)的活婴发病率为1/4000，女性多见患者母亲平均生育年龄为34岁。目前，产前的胎儿非整倍检测，主要通过基于血清学检测的唐氏筛查进行初筛，风险较高的孕妇也可采用羊水穿刺方法获取细胞，进而采用细胞生物学的方法进行核型分析，这一流程被视为金标准，但因其有创性，对孕妇宫内感染、早产及流产存在一定的风险，限制其广泛应用于临床。此外，细胞遗传学诊断也存在耗时长、培养难度高以及不能检测较小的染色体结构畸变等缺点。因此，基于高通量测序的无创产前诊断技术(NIPT)开始在临床上开展应用，目前已被广泛用于高龄产妇的三体筛查及遗传病检测中；通过抽取孕妇血液，对血液中的游离DNA进行处理分析来判断染色体异常情况，其主要缺点在于需要专业的操作人员对样本进行复杂的建库操作，该操作容易导致信息丢失造成假阴性或假阳性的问题、NGS设备成本以及使用成本昂贵以及后续分析方式复杂等问题，具有检测成本较高，耗时较长，操作复杂需要专业的操作员等原因，也限制了其临床应用，目前只有比较专业的临床检验机构例如医学检验所等进行检测，普通临床实验室难以进行实验操作和数据分析。因此需要一种更简便、成本低廉的方法用于无创产前筛查领域。

数字PCR技术是通过将微量样品作大倍数稀释和分液，直至每个样品中所含有的待测分子数不会超过1个拷贝，再将所有样品在相同条件下进行PCR扩增，并对发生了扩增反应的样品逐个进行计数的一种技术。数字PCR是一种核酸分子绝对定量技术，可以DNA拷贝数进行精确定量分析。现有基于多重数字PCR平台的检测方案(例如，一种用于检测胎儿染色体非整倍体的试剂盒、引物和探针序列及检测方法-CN105695567B、一种从母体外周血检测胎儿非整倍体染色体的方法及其试剂盒-CN108342455A等)主要缺点在于部分方案设计检测靶标区域不足，需要通过增加样本投入量的方法提高检出率，以及设计方法基于常规PCR设计方案，即每个检测靶标区域需要一对引物和一条探针的方式，其缺点在于探针成本高。因而，期望能够提供一种基于多重数字PCR检测方法，可以非侵入性、高灵敏度、高准确性地鉴定胎儿染色体非整倍体的试剂盒和方法，以便于临床的推广引用。

发明内容

本发明的目的是提供一种胎儿染色体非整倍体多重数字PCR检测的引物、探针及其试剂盒和应用，克服了NGS技术平台耗时长、成本高和技术操作要求高，以及常规多重数字PCR需要设计和使用多条检测探针导致的成本高，设计难度高等缺点；本发明可使用但不限于使用孕周5～8周的宫颈脱落细胞或其他含有胎儿DNA的样本，避免有创取样导致的流产情况，是一种操作简单、成本低、时效快且准确度高的试剂盒及检测方法，可用于多重数字PCR平台检测胎儿染色体拷贝数变异现象。

为此，本发明技术方案如下：

第一方面，本发明提供一种胎儿染色体非整倍体多重数字PCR检测的引物和探针，包括：

用于检测第21号染色体非整倍体的Seq ID No.1-40所示核苷酸序列的引物和SeqID No.121所示核苷酸序列的探针；