[发明专利]一种云上黑山羊SNP标记及其在鉴定云上黑山羊品种中的应用

权利要求书

1.一种云上黑山羊SNP标记在鉴定云上黑山羊品种中的应用，其特征在于，所述云上黑山羊SNP标记包括26个位点，各位点的位置及多态性如下：

3_116568146位于3号染色体第116568146位，其脱氧核苷酸为C或A；

4_27534255位于4号染色体第27534255位，其脱氧核苷酸为G或A；

5_27394846位于5号染色体第27394846位，其脱氧核苷酸为G或T；

5_96914121位于5号染色体第96914121位，其脱氧核苷酸为A或G；

5_112308839位于5号染色体第112308839位，其脱氧核苷酸为A或G；

7_480924位于7号染色体第480924位，其脱氧核苷酸为C或T；

7_19019153位于7号染色体第19019153位，其脱氧核苷酸为T或A；

7_67980454位于7号染色体第67980454位，其脱氧核苷酸为T或C；

9_4210890位于9号染色体第4210890位，其脱氧核苷酸为A或G；

9_6480114位于9号染色体第6480114位，其脱氧核苷酸为C或A；

9_19778462位于9号染色体第19778462位，其脱氧核苷酸为C或T；

11_52712411位于11号染色体第52712411位，其脱氧核苷酸为G或A；

13_72160967位于13号染色体第72160967位，其脱氧核苷酸为A或C；

15_1341438位于15号染色体第1341438位，其脱氧核苷酸为G或A；

15_35311828位于15号染色体第35311828位，其脱氧核苷酸为A或G；

21_9035839位于21号染色体第9035839位，其脱氧核苷酸为G或T；

21_26850780位于21号染色体第26850780位，其脱氧核苷酸为C或T；

23_33685044位于23号染色体第33685044位，其脱氧核苷酸为T或A；

23_34234088位于23号染色体第34234088位，其脱氧核苷酸为G或T；

23_35769794位于23号染色体第35769794位，其脱氧核苷酸为T或G；

24_5617052位于24号染色体第5617052位，其脱氧核苷酸为C或G；

24_7388496位于24号染色体第7388496位，其脱氧核苷酸为T或C；

24_37720766位于24号染色体第37720766位，其脱氧核苷酸为C或T；

24_60570385位于24号染色体第60570385位，其脱氧核苷酸为A或G；

28_14160630位于28号染色体第14160630位，其脱氧核苷酸为C或T；

28_43951753位于28号染色体第43951753位，其脱氧核苷酸为T或C；

上述SNP位点的物理位置是基于山羊全基因组标准序列而定，版本号为GCF_001704415.1_ARS1，所述版本号的标准序列记载在如下网址中https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/GCF_001704415.1；

所述应用为：检测待测羊基因组中上述26个SNP位点的分型结果，将所得26个SNP位点的分型结果带入以参考群数据构建的模型中，计算出每一个SNP位点的分型结果所对应的“是”和“非”的概率值，“是”表示“是云上黑山羊”，“非”表示“非云上黑山羊”，将26个SNP位点的概率值求和，获得“是”和“非”的总和鉴定概率值，若“是”的总和鉴定概率值大于“非”的总和鉴定概率值，则该待测羊鉴定为云上黑山羊；反之，若“是”的总和鉴定概率值小于“非”，则该待测羊鉴定为非云上黑山羊；

所述以参考群数据构建的模型是以经过表型鉴定的云上黑山羊和非云上黑山羊为参考群，检测所述26个SNP位点的分型结果，计算出参考群中的每个SNP位点的分型结果对应羊品种的概率值；

所述的以参考群数据构建的模型中的每个SNP位点的分型结果对应羊品种的概率值为P(A|B)取自然对数得到的数值，所述P(A|B)的计算公式为P(A|B)＝P(B|A)×P(A)/P(B)，其中，P(A)为参考群中该位点的该分型经表型鉴定为是云上黑山羊的概率，P(B)为参考群中该位点的该分型经表型鉴定为非云上黑山羊的概率，P(A|B)为以参考群数据构建的模型中该位点的该分型鉴定为云上黑山羊的概率值，P(B|A)是根据参考群的分型数据计算得出的系数值；

以参考群数据构建的模型之一为，所述26个位点的各分型在不同品种间出现的概率值如下：

2.根据权利要求1所述云上黑山羊SNP标记在鉴定云上黑山羊品种中的应用，其特征在于，检测待测羊基因组中所述26个SNP位点的分型结果的成套引物为扩增SNP位点的多重引物，所述扩增SNP位点的多重引物由以下序列1-78所示的单链DNA分子组成：