[发明专利]用于检测CHIKV、DENV、ZIKV分型区基因组的引物组合及检测方法

说明书

本发明公开了一种用于检测CHIKV、DENV、ZIKV分型区基因组的引物组合，其包括用于CHIKV、DENV、ZIKV RNA逆转录的特异性引物、扩增分型区基因组的引物，采用该引物组合，利用逆转录和多重PCR对靶基因进行扩增后，在二代测序平台的基础上，构建用于检测CHIKV、DENV、ZIKV分型区基因组及突变位点的二代测序技术，该方法具有适用性广、通量高、准确性好、灵敏性高，一次可检测出多个样本的优点，为CHIKV、DENV、ZIKV基因组的深度分析提供了便捷方法，对流行病学研究及临床早期分子诊断等具有重要意义。

技术领域

本发明属于生物技术领域，涉及一种检测CHIKV、DENV、ZIKV分型区基因组的引物组合，利用二代测序技术检测CHIKV、DENV、ZIKV分型区基因组及突变位点。

背景技术

虫媒病毒是指传播媒介为节肢动物的一类病毒，其最主要的传播媒介为蚊、蜱、白蛉或蠓等，与人类疾病相关的大部分虫媒病毒传播是靠被感染的节肢动物叮咬人体实现的，大部分由虫媒病毒造成的疾病均属于人畜共患病，主要是脊椎动物感染。临床上，虫媒病毒感染是急性的，最常见的是无症状（60-80%的患者）或引发流感样症状，导致轻度至严重发热，并且根据病毒的不同，可伴有皮疹、结膜炎、肌痛和头痛，极少数情况下，虫媒病毒感染会出现严重症状，如出血热和神经系统疾病。在某些情况下，虫媒病毒感染后会出现持续数周至数年的长期后遗症。

可导致人类患病的虫媒病毒有很多，它们大多集中分布在披膜病毒科，黄病毒科和布尼亚病毒科，此外，在弹状病毒科，正粘病毒科和呼肠孤病毒科也有分布。基孔肯亚病毒（Chikungunya virus，CHIKV）属于披膜病毒科甲病毒属，在系统发育上分亚洲基因型、西非基因型和中东南部非洲基因型；登革病毒（Dengue virus，DENV）属于黄病毒科黄病毒属，根据系统发育分析和抗原表位分析DENV被分为四种血清型；寨卡病毒（Zika virus，ZIKV）属于黄病毒科黄病毒属，ZIKV毒株主要分为非洲谱系和亚洲谱系两大谱系。虫媒病毒人畜共患，流行广，传播快，传播方法隐匿，流行趋势难以预测，临床症状相似，区分病毒感染尤为重要，对常见虫媒病毒基因组的检测不仅可以作为临床判断病毒感染的依据，还能对病毒样本进行流行病学和变异位点突变等分析，对于指导临床治疗、虫媒疾病防控和病毒研究具有重要意义。目前关于虫媒病毒的研究主要集中在快速检测、疫苗和药物等方面。快速检测主要使用荧光定量PCR核酸检测和血清抗体检测的方法，其存在用时短，检测方便，诊断准确等优点。为了更加深入的探究虫媒病毒的基因序列等特征，目前有很多关于虫媒病毒部分区段的一代测序的研究，而关于虫媒病毒基因组序列二代测序的研究较少。

目前虫媒病毒PCR基因序列的测定主要还是使用Sanger技术。Sanger测序技术以其操作简单、测序片段长等优点被广泛应用。但同时，Sanger法作为一代测序技术，其通量低、价格高、效率低、依赖于电泳分离技术，且只能检测20%~30%以上的准种，满足不了深度分析数据要求。

二代测序（Next-generation sequencing，NGS）是检测和发现病毒的新手段，过去10年间，已经有学者运用二代测序技术对节肢动物中的病毒进行监测。Illumina测序平台是目前市面上应用最广泛的二代测序平台，因其测序错误率低，适用于宏基因组测序和全基因组测序，应用领域广泛，具有通量高、用时短、经济、灵敏性好、准确率高等特点。

发明内容

本发明利用分型区基因组扩增和二代测序技术，提供了一种用于检测CHIKV、DENV、ZIKV分型区基因组的引物组合，该引物组合包括包括用于CHIKV、DENV、ZIKV RNA逆转录的特异性引物、扩增分型区基因组的引物；本发明对虫媒病毒流行病学研究及临床早期分子诊断等具有重要意义。