[发明专利]单样本ceRNA竞争模块识别方法、装置、电子设备及存储介质在审

专利信息
申请号: 202210640908.3 申请日: 2022-06-07
公开(公告)号: CN115148291A 公开(公告)日: 2022-10-04
发明(设计)人: 张俊鹏;孙少平;赵春文;李司婧;杨燕婷 申请(专利权)人: 大理大学;玉溪市人民医院
主分类号: G16B40/00 分类号: G16B40/00;G16B35/20
代理公司: 北京深川专利代理事务所(普通合伙) 16058 代理人: 郑凯
地址: 671003 云*** 国省代码: 云南;53
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摘要:
搜索关键词: 样本 cerna 竞争 模块 识别 方法 装置 电子设备 存储 介质
【权利要求书】:

1.一种单样本竞争性内源核糖核酸ceRNA竞争模块识别方法,其特征在于,包括:

根据匹配样本的微小核糖核酸miRNA表达谱数据、靶基因表达谱数据和先验的miRNA-靶基因的调控关系,识别得到多个第一ceRNA竞争模块;

敲除所述匹配样本的miRNA表达谱数据、靶基因表达谱数据和先验的miRNA-靶基因的调控关系中的目标样本;

根据敲除所述目标样本的匹配样本的miRNA表达谱数据、靶基因表达谱数据和先验的miRNA-靶基因的调控关系,识别得到多个第二ceRNA竞争模块;

根据每个所述第一ceRNA竞争模块和每个所述第二ceRNA竞争模块,通过差异模块分析,获取所述目标样本的ceRNA竞争模块。

2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述根据所述第一ceRNA竞争模块和所述第二ceRNA竞争模块,通过差异模块分析,获取所述目标样本的ceRNA竞争模块,包括:

计算每个所述第一ceRNA竞争模块和所述第二ceRNA竞争模块之间模块相似性;

根据所述模块相似性获取所述目标样本的ceRNA竞争模块,所述目标样本的ceRNA竞争模块包括所述第一ceRNA竞争模块和所述第二ceRNA竞争模块中的差异ceRNA竞争模块,所述差异ceRNA竞争模块包括与每个所述第二ceRNA竞争模块之间模块相似性均小于第一阈值的第一ceRNA竞争模块,和每个所述第一ceRNA竞争模块之间模块相似性均小于第二阈值的第二ceRNA竞争模块。

3.根据权利要求1或2所述的方法,其特征在于,所述根据匹配样本的miRNA表达谱数据、靶基因表达谱数据和先验的miRNA-靶基因的调控关系,识别得到多个第一ceRNA竞争模块,包括:

根据所述靶基因表达谱数据,通过聚类分析获取基因模块;

根据所述基因模块,所述miRNA表达谱数据和所述先验的miRNA-靶基因的调控关系,识别得到多个所述第一ceRNA竞争模块。

4.根据权利要求1或2所述的方法,其特征在于,根据敲除所述目标样本的匹配样本的miRNA表达谱数据、靶基因表达谱数据和先验的miRNA-靶基因的调控关系,识别得到多个第二ceRNA竞争模块,包括:

根据敲除所述目标样本的靶基因表达谱数据,通过聚类分析获取敲除所述目标样本的基因模块;

根据所述敲除所述目标样本的基因模块、miRNA表达谱数据和先验的miRNA-靶基因的调控关系,识别得到多个所述第二ceRNA竞争模块。

5.一种单样本ceRNA竞争模块识别装置,其特征在于,包括:

识别模块,用于根据匹配样本的微小核糖核酸miRNA表达谱数据、靶基因表达谱数据和先验的miRNA-靶基因的调控关系,识别得到多个第一ceRNA竞争模块;

敲除模块,用于敲除所述匹配样本的miRNA表达谱数据、靶基因表达谱数据和先验的miRNA-靶基因的调控关系中的目标样本;

所述识别模块,还用于根据敲除所述目标样本的匹配样本的miRNA表达谱数据、靶基因表达谱数据和先验的miRNA-靶基因的调控关系,识别得到多个第二ceRNA竞争模块;

分析模块,用于根据每个所述第一ceRNA竞争模块和每个所述第二ceRNA竞争模块,通过差异模块分析,获取所述目标样本的ceRNA竞争模块。

6.根据权利要求5所述的装置,其特征在于,所述分析模块,具体用于计算每个所述第一ceRNA竞争模块和所述第二ceRNA竞争模块之间模块相似性;

根据所述模块相似性获取所述目标样本的ceRNA竞争模块,所述目标样本的ceRNA竞争模块包括所述第一ceRNA竞争模块和所述第二ceRNA竞争模块中的差异ceRNA竞争模块,所述差异ceRNA竞争模块包括与每个所述第二ceRNA竞争模块之间模块相似性均小于第一阈值的第一ceRNA竞争模块,和每个所述第一ceRNA竞争模块之间模块相似性均小于第二阈值的第二ceRNA竞争模块。

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