[发明专利]单样本ceRNA竞争模块识别方法、装置、电子设备及存储介质在审
申请号: | 202210640908.3 | 申请日: | 2022-06-07 |
公开(公告)号: | CN115148291A | 公开(公告)日: | 2022-10-04 |
发明(设计)人: | 张俊鹏;孙少平;赵春文;李司婧;杨燕婷 | 申请(专利权)人: | 大理大学;玉溪市人民医院 |
主分类号: | G16B40/00 | 分类号: | G16B40/00;G16B35/20 |
代理公司: | 北京深川专利代理事务所(普通合伙) 16058 | 代理人: | 郑凯 |
地址: | 671003 云*** | 国省代码: | 云南;53 |
权利要求书: | 查看更多 | 说明书: | 查看更多 |
摘要: | |||
搜索关键词: | 样本 cerna 竞争 模块 识别 方法 装置 电子设备 存储 介质 | ||
1.一种单样本竞争性内源核糖核酸ceRNA竞争模块识别方法,其特征在于,包括:
根据匹配样本的微小核糖核酸miRNA表达谱数据、靶基因表达谱数据和先验的miRNA-靶基因的调控关系,识别得到多个第一ceRNA竞争模块;
敲除所述匹配样本的miRNA表达谱数据、靶基因表达谱数据和先验的miRNA-靶基因的调控关系中的目标样本;
根据敲除所述目标样本的匹配样本的miRNA表达谱数据、靶基因表达谱数据和先验的miRNA-靶基因的调控关系,识别得到多个第二ceRNA竞争模块;
根据每个所述第一ceRNA竞争模块和每个所述第二ceRNA竞争模块,通过差异模块分析,获取所述目标样本的ceRNA竞争模块。
2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述根据所述第一ceRNA竞争模块和所述第二ceRNA竞争模块,通过差异模块分析,获取所述目标样本的ceRNA竞争模块,包括:
计算每个所述第一ceRNA竞争模块和所述第二ceRNA竞争模块之间模块相似性;
根据所述模块相似性获取所述目标样本的ceRNA竞争模块,所述目标样本的ceRNA竞争模块包括所述第一ceRNA竞争模块和所述第二ceRNA竞争模块中的差异ceRNA竞争模块,所述差异ceRNA竞争模块包括与每个所述第二ceRNA竞争模块之间模块相似性均小于第一阈值的第一ceRNA竞争模块,和每个所述第一ceRNA竞争模块之间模块相似性均小于第二阈值的第二ceRNA竞争模块。
3.根据权利要求1或2所述的方法,其特征在于,所述根据匹配样本的miRNA表达谱数据、靶基因表达谱数据和先验的miRNA-靶基因的调控关系,识别得到多个第一ceRNA竞争模块,包括:
根据所述靶基因表达谱数据,通过聚类分析获取基因模块;
根据所述基因模块,所述miRNA表达谱数据和所述先验的miRNA-靶基因的调控关系,识别得到多个所述第一ceRNA竞争模块。
4.根据权利要求1或2所述的方法,其特征在于,根据敲除所述目标样本的匹配样本的miRNA表达谱数据、靶基因表达谱数据和先验的miRNA-靶基因的调控关系,识别得到多个第二ceRNA竞争模块,包括:
根据敲除所述目标样本的靶基因表达谱数据,通过聚类分析获取敲除所述目标样本的基因模块;
根据所述敲除所述目标样本的基因模块、miRNA表达谱数据和先验的miRNA-靶基因的调控关系,识别得到多个所述第二ceRNA竞争模块。
5.一种单样本ceRNA竞争模块识别装置,其特征在于,包括:
识别模块,用于根据匹配样本的微小核糖核酸miRNA表达谱数据、靶基因表达谱数据和先验的miRNA-靶基因的调控关系,识别得到多个第一ceRNA竞争模块;
敲除模块,用于敲除所述匹配样本的miRNA表达谱数据、靶基因表达谱数据和先验的miRNA-靶基因的调控关系中的目标样本;
所述识别模块,还用于根据敲除所述目标样本的匹配样本的miRNA表达谱数据、靶基因表达谱数据和先验的miRNA-靶基因的调控关系,识别得到多个第二ceRNA竞争模块;
分析模块,用于根据每个所述第一ceRNA竞争模块和每个所述第二ceRNA竞争模块,通过差异模块分析,获取所述目标样本的ceRNA竞争模块。
6.根据权利要求5所述的装置,其特征在于,所述分析模块,具体用于计算每个所述第一ceRNA竞争模块和所述第二ceRNA竞争模块之间模块相似性;
根据所述模块相似性获取所述目标样本的ceRNA竞争模块,所述目标样本的ceRNA竞争模块包括所述第一ceRNA竞争模块和所述第二ceRNA竞争模块中的差异ceRNA竞争模块,所述差异ceRNA竞争模块包括与每个所述第二ceRNA竞争模块之间模块相似性均小于第一阈值的第一ceRNA竞争模块,和每个所述第一ceRNA竞争模块之间模块相似性均小于第二阈值的第二ceRNA竞争模块。
该专利技术资料仅供研究查看技术是否侵权等信息,商用须获得专利权人授权。该专利全部权利属于大理大学;玉溪市人民医院,未经大理大学;玉溪市人民医院许可,擅自商用是侵权行为。如果您想购买此专利、获得商业授权和技术合作,请联系【客服】
本文链接:http://www.vipzhuanli.com/pat/books/202210640908.3/1.html,转载请声明来源钻瓜专利网。
- 一种基于miRNA靶基因预测以及相关表达分析进行ceRNA预测的方法
- 利用多数据平台发现长链非编码RNA分子标志物运用ceRNA机制的方法及系统和应用
- 一种竞争性内源RNA网络调控分析系统和方法
- 一种结直肠癌预后显著相关ceRNA调控网络的构建方法
- 一种调控高脂血症大鼠种植体周围骨整合的ceRNA调控网络及其应用
- ceRNA竞争模块识别方法、装置、电子设备及存储介质
- ENST00000606533的增强剂或抑制剂在制备治疗色素性皮肤病药物中的应用
- circ_0091223的增强剂或者抑制剂在制备治疗色素性皮肤病药物中的应用
- 通过ceRNA调控组合的表达量确定雷公藤多苷片治疗类风湿关节炎的个体有效性的系统
- 一种前列腺癌预后显著相关ceRNA调控网络的构建方法