[发明专利]单样本ceRNA竞争模块识别方法、装置、电子设备及存储介质

说明书

本发明提供一种单样本ceRNA竞争模块识别方法、装置、电子设备及存储介质，涉及基因识别技术领域。该单样本ceRNA竞争模块识别方法包括：根据匹配样本的miRNA表达谱数据、靶基因表达谱数据和先验的miRNA‑靶基因的调控关系，识别得到多个第一ceRNA竞争模块。敲除匹配样本的miRNA表达谱数据、靶基因表达谱数据和先验的miRNA‑靶基因的调控关系中的目标样本。根据敲除目标样本的匹配样本的miRNA表达谱数据、靶基因表达谱数据和先验的miRNA‑靶基因的调控关系，识别得到多个第二ceRNA竞争模块。根据每个第一ceRNA竞争模块和每个第二ceRNA竞争模块，通过差异模块分析，获取目标样本的ceRNA竞争模块。通过这个方法，可以获取到单样本精度下目标样本的ceRNA竞争模块。

技术领域

本发明涉及基因识别技术领域，具体而言，涉及一种单样本ceRNA竞争模块识别方法、装置、电子设备及存储介质。

背景技术

不同编码和非编码核糖核酸(RibonucleicAcid，RNA)转录本通过竞争性结合微小核糖核酸(MircoRNA，简称miRNA)应答原件(MicroRNA Response Elements，简称MREs)来调控miRNA的基因沉默功能，这些RNA转录本统称为竞争性内源RNA(Competing EndogenousRNA，简称ceRNA)。ceRNA往往通过聚集成簇或模块的模式来实现其生理和病理过程中的重要任务。ceRNA参与许多重要的生物过程，其参与的基因模块可能是细胞系统的重要组成成分。

现有技术识别ceRNA竞争模块的解决方法，通常的做法是基于转录组数据和先验miRNA-靶基因调控关系数据识别多样本精度水平下的ceRNA竞争模块。

由于每个生物样本存在异质性，多样本精度水平下的ceRNA竞争模块无法准确的表达每个生物样本的特质。因此，急需提供一种能够在单样本水平下识别ceRNA竞争模块的方法。

发明内容

本发明的目的在于，针对上述现有技术中的不足，提供一种单样本ceRNA竞争模块识别方法、装置、电子设备及存储介质，以获取单样本水平下的ceRNA竞争模块。

为实现上述目的，本发明实施例采用的技术方案如下：

第一方面，本发明实施例提供了一种单样本ceRNA竞争模块识别方法，包括：根据匹配样本的miRNA表达谱数据、靶基因表达谱数据和先验的miRNA-靶基因的调控关系，识别得到多个第一ceRNA竞争模块。敲除匹配样本的miRNA表达谱数据、靶基因表达谱数据和先验的miRNA-靶基因的调控关系中的目标样本。根据敲除目标样本的匹配样本的miRNA表达谱数据、靶基因表达谱数据和先验的miRNA-靶基因的调控关系，识别得到多个第二ceRNA竞争模块。根据每个第一ceRNA竞争模块和每个第二ceRNA竞争模块，通过差异模块分析，获取目标样本的ceRNA竞争模块。

一些实施方式中，根据第一ceRNA竞争模块和第二ceRNA竞争模块，通过差异模块分析，获取目标样本的ceRNA竞争模块，包括：计算每个第一ceRNA竞争模块和第二ceRNA竞争模块之间模块相似性。根据模块相似性获取目标样本的ceRNA竞争模块，目标样本的ceRNA竞争模块包括第一ceRNA竞争模块和第二ceRNA竞争模块中的差异ceRNA竞争模块，差异ceRNA竞争模块包括与每个第二ceRNA竞争模块之间模块相似性均小于第一阈值的第一ceRNA竞争模块，和每个第一ceRNA竞争模块之间模块相似性均小于第二阈值的第二ceRNA竞争模块。

一些实施方式中，根据匹配样本的miRNA表达谱数据、靶基因表达谱数据和先验的miRNA-靶基因的调控关系，识别得到多个第一ceRNA竞争模块，包括：根据靶基因表达谱数据，通过聚类分析获取基因模块。根据基因模块，miRNA表达谱数据和先验的miRNA-靶基因的调控关系，识别得到多个第一ceRNA竞争模块。