[发明专利]一种辅助选择水稻抗细菌性条斑病基因位点qBLS4.1的InDel分子标记及其应用

说明书

本发明提供了一种辅助选择水稻抗细菌性条斑病基因位点qBLS4.1的InDel分子标记及其应用，属于分子标记技术领域。本发明通过QTL‑Seq鉴定了与水稻抗细菌性条斑病相关的区域，然后开发新的InDel分子标记精细定位，获得位于分子标记C4MJ1和C4MJ3之间的抗细菌性条斑病基因位点qBLS4.1，分子标记C4MJ1和C4MJ3，存在位点qBLS4.1时扩增条带分别为217bp和313bp。使用本发明设计的InDel分子标记对水稻植株基因组进行扩增，通过电泳图便可检测植株是否含有抗水稻细菌性条斑病基因位点，可以预测其细菌性条斑病的抗性水平，可大大提高抗病水稻选育的育种效率。

技术领域

本发明属于分子标记技术领域，尤其涉及一种辅助选择水稻抗细菌性条斑病基因位点qBLS4.1的InDel分子标记及其应用。

背景技术

细菌性条斑病(Bacterial leaf streak(BLS)，简称细条病)是仅次于稻瘟病、纹枯病和白叶枯病的水稻第四大病害，是我国植物检疫的重要对象之一。该病由稻黄单胞菌稻生致病变种(Xanthomonas oryzae pv.oryzicola，XOC)引起，是我国南部稻作区及东南亚稻区的重要病害，会造成水稻产量损失，病情严重时高达20％-60％。发掘和研究新的水稻抗细条病基因，丰富优良抗病基因资源，对水稻抗细条病调控基因研究及分子育种乃至细条病的防治至关重要。

随着人们的关注，近年来抗细条病基因定位与克隆取得了一定进展，但相关研究依旧较少，水稻抗细条病分子育种任重道远。随着水稻细条病近年来的日益严重，对细条病的抗性基因研究急需加强，以应对细条病可能的大发生和流行。

发明内容

为了解决上述技术问题，本发明提供了一种辅助选择水稻抗细菌性条斑病基因位点qBLS4.1的InDel分子标记及其应用。本发明利用QTL-Seq技术初步鉴定与水稻细菌性条斑病抗性相关的候选区域，然后利用全基因组重测序数据开发的InDel分子标记对其进行标记分析，结合表型数据，获得抗细菌性条斑病基因位点qBLS4.1，其位于InDel分子标记C4MJ1和C4MJ3之间，分子标记 C4MJ1引物，存在位点qBLS4.1时扩增条带为217bp条带；分子标记C4MJ3 引物，存在位点qBLS4.1时扩增条带为313bp条带。使用本发明设计的InDel 分子标记对水稻植株基因组进行扩增，通过变性聚丙烯酰胺凝胶电泳图判断检测植株是否含有抗水稻细菌性条斑病基因位点，可以预测其水稻细菌性条斑病的抗性水平，可大大提高抗病水稻选育的育种效率。

为了实现上述目的，本发明采用了以下技术方案：

本发明提供了一种用于检测水稻抗细菌性条斑病位点qBLS4.1的特异性引物组合，具体序列如SEQ ID No.1～SEQ ID No.2所示或如SEQ ID No.3～SEQ ID No.4所示。

本发明还提供了一种用于检测水稻抗细菌性条斑病位点qBLS4.1的分子标记，所述分子标记为C4MJ1或C4MJ3；所述分子标记C4MJ1的引物序列如SEQ ID No.1～2所示；所述分子标记C4MJ3的引物序列如SEQ ID No.3～4所示。

本发明还提供了一种含有所述引物组合的试剂盒。

本发明还提供了一种所述引物组合或所述分子标记或所述试剂盒在水稻育种中的应用。

本发明还提供了一种所述引物组合或所述分子标记或所述试剂盒在快速筛选抗细菌性条斑病品种或者品系中的应用。

本发明还提供了一种水稻抗细菌性条斑病位点qBLS4.1的分子标记方法，用分子标记C4MJ1引物或分子标记C4MJ3引物扩增水稻品种或育种材料DNA，如果用分子标记C4MJ1引物能够扩增出217bp扩增片段或用分子标记C4MJ3 引物能够扩增出313bp扩增片段，则标志着水稻品种或育种材料中存在抗细菌性条斑病位点qBLS4.1；所述分子标记C4MJ1的引物序列如SEQ ID No.1～2所示；所述分子标记C4MJ3的引物序列如SEQ ID No.3～4所示。