[发明专利]一种用于等位基因多态性分型的引物设计方法及其应用

权利要求书

1.一种用于等位基因多态性分型的引物设计方法，其特征在于，包括如下步骤：

S1、根据待检测目的基因序列，设计特异性引物序列和荧光探针序列；

S2、将一段和所述荧光探针序列完全或部分相同、并且和待检测目的基因序列不匹配的tag序列添加到所述特异性引物序列的内部，即可得到用于等位基因多态性分型的引物。

2.根据权利要求1所述的用于等位基因多态性分型的引物设计方法，其特征在于，所述tag序列在所述引物上的插入位点距离引物3＇末端不少于10个碱基，距离引物5＇末端不少于1个碱基。

3.根据权利要求1所述的用于等位基因多态性分型的引物设计方法，其特征在于，所述tag序列的长度为15～50个碱基。

4.根据权利要求1所述的用于等位基因多态性分型的引物设计方法，其特征在于，所述荧光探针为I型荧光探针，所述I型荧光探针的两端分别标记荧光基团和猝灭基团。

5.根据权利要求1所述的用于等位基因多态性分型的引物设计方法，其特征在于，所述荧光探针为II型荧光探针，所述II型荧光探针的5＇端为茎环结构，荧光基团和猝灭基团分别标记在茎端。

6.根据权利要求4所述的用于等位基因多态性分型的引物设计方法，其特征在于，所述tag序列和所述I型荧光探针的序列一致性不少于50％。

7.根据权利要求5所述的用于等位基因多态性分型的引物设计方法，其特征在于，所述tag序列和所述II型荧光探针的3＇端的序列一致性不少于50％。

8.一种用于等位基因多态性分型的引物，其特征在于，采用权利要求1～7任一项所述的用于等位基因多态性分型的引物设计方法设计得到。

9.一种用于等位基因多态性分型的引物设计系统，其特征在于，包括如下模块：

信息获取模块：用于获取待检测目的基因序列，然后根据待检测目的基因序列设计特异性引物序列和荧光探针序列；

引物设计模块：用于将一段和所述荧光探针序列完全或部分相同、并且和待检测目的基因序列不匹配的tag序列添加到所述特异性引物序列的内部，即可得到用于等位基因多态性分型的引物。

10.根据权利要求9所述的用于等位基因多态性分型的引物设计系统，其特征在于，所述引物设计模块还包括引物相关参数优化模块，所述引物相关参数优化模块用于对引物在模板上的位置、引物长度、退火温度、GC含量、tag序列选择、tag序列在引物上的插入位点进行优化。

11.一种用于等位基因多态性分型的检测体系，其特征在于，包括权利要求8所述的用于等位基因多态性分型的引物，所述引物应用于一个或多个AS-PCR产物的检测，所述检测体系还包括一条能够和所述引物配对的通用反向引物、荧光探针、缓冲体系、DNA聚合酶、dNTPs和待检测目的基因。

12.根据权利要求11所述的用于等位基因多态性分型的检测体系，其特征在于，所述tag序列在不同的所述引物内的插入位点和3＇末端碱基的距离可以相同或不同。

13.根据权利要求11所述的用于等位基因多态性分型的检测体系，其特征在于，不同的所述引物内的tag序列的长度可以相同或不同。

14.根据权利要求11所述的用于等位基因多态性分型的检测体系，其特征在于，所述引物位于多态性位点上游或多态性位点下游。

15.一种用于等位基因多态性分型的检测试剂盒，其特征在于，包括权利要求11～14任一项所述的用于等位基因多态性分型的检测体系。