[发明专利]在基质上使用具有间隙的挂锁对来自组织的基因进行空间测序的方法

权利要求书

1.获得包含至少一条m-RNA链的样品中的靶序列的空间定位和序列信息的方法，其包含以下步骤：

a. 提供具有能够与至少一条m-RNA链结合的数个间隔单元和具有至少一个基准标记物的表面

b. 向所述表面提供包含至少一条m-RNA链的样品，其中所述样品的至少一条m-RNA链与至少一个间隔单元结合，产生至少一种单链寡聚物

c. 拍摄所述表面的第一图像，以获得所述样品相对于所述基准标记物的空间信息

d. 将样品从表面移除

e. 将至少一种包含50 - 1000个核苷酸的寡核苷酸用其5’和3’末端与所述单链寡聚物的互补部分进行杂交，从而形成挂锁形状的结构，所述结构被连接以产生单链环状模板

f. 通过能够滚环扩增的聚合酶将单链环状模板扩增成数个DNA多联体，从而形成rolony

g. 获得所述rolony的序列信息

h. 将所述样品的空间信息与所述rolony的序列信息相联系。

2.根据权利要求1的方法，其特征在于所述间隔单元选自抗体、抗体的Fab片段、单链Fv(scFv)片段、二价单链抗体或双体抗体或适体。

3.根据权利要求1的方法，其特征在于所述间隔单元选自包含至少5个胸腺嘧啶(多聚-T)单分子的寡核苷酸，并且其中与至少一个间隔单元结合的所述单链寡聚物被逆转录成c-DNA链，以及其中所述mRNA链通过变性移除。

4.根据权利要求1至3任一项的方法，其特征在于将所述至少一种寡核苷酸与所述至少一种单链寡聚物的互补部分进行杂交，从而产生在所述寡核苷酸的5’和3’末端之间具有间隙的挂锁单元，并且用互补的核酸作为靶序列填补所述挂锁单元的间隙并连接它们以产生所述单链环状模板。

5.根据权利要求1至3任一项的方法，其特征在于将所述至少一种寡核苷酸与所述至少一种单链寡聚物的互补部分进行杂交，并连接所述寡核苷酸的5’和3’末端以产生所述单链环状模板，其中所述至少一种单链寡聚物的互补部分限定所述靶序列。

6.根据权利要求1至5任一项的方法，其特征在于所述间隔单元随机分布于基质上。

7.根据权利要求1至6任一项的方法，其特征在于所述样品在提供至所述表面后被透化。

8.根据权利要求1至7任一项的方法，其特征在于在步骤d)中，所述样品从表面上酶促或化学地移除。

9.根据权利要求1至8任一项的方法，其特征在于所述寡核苷酸包含用于能够滚环扩增的聚合酶的至少一个引物序列。

10.根据权利要求1至8任一项的方法，其特征在于通过引物寡核苷酸的连接向所述寡核苷酸提供用于能够滚环扩增的聚合酶的至少一个引物序列。

11.根据权利要求1的方法，其特征在于所述样品的空间定位和所测序rolony的空间定位相对于所述基准标记物的定位进行叠加。

12.根据权利要求1至11任一项的方法，其特征在于将所述样品提供至所述表面后，将所述样品进行染色以获得相对于所述基准标记物的空间定位。

13.根据权利要求1至12任一项的方法，其特征在于所述测序信息通过测序经合成方法获得。