[发明专利]一种基于KASP技术的丝羽乌骨鸡玫瑰冠分子标记及其应用

说明书

本发明公开了一种基于KASP技术的丝羽乌骨鸡玫瑰冠分子标记及其应用，属于动物遗传育种技术及分子生物学领域。该分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，在SEQ ID NO：1所示序列第201bp处有一个G/T碱基突变。本发明发现鸡基因组7号染色体第21948753位发生G向T的点突变，对该SNP位点设计引物，获得的引物组可有效区分等位变异位点，并且通过DNA提取、PCR特异性扩增、KASP基因分型检测即可完成对丝羽乌骨鸡玫瑰冠的鉴定，利用本发明分子标记可筛选杂合玫瑰冠基因型，对丝羽乌骨鸡玫瑰冠辅助选择育种具有重要价值。

技术领域

本发明涉及动物遗传育种技术及分子生物学领域，特别是涉及一种基于KASP技术的丝羽乌骨鸡玫瑰冠分子标记及其应用。

背景技术

鸡冠外观的选择在家禽育种工作中是一项重要的任务，同时也是用于论证孟德尔遗传定律的经典案例。雌性鸡在择偶时相较于其他的装饰性状，主要看雄性的鸡冠，它们更偏向于具有较大颜色较深鸡冠的雄性鸡。

丝羽乌骨鸡外貌与其他鸡种有明显的不同，标准的丝羽乌骨鸡具有暗紫色的玫瑰冠、冠后生有绒球状的丝羽、耳叶现出蓝绿色彩、肉垂减小并生有胡须、胫部生胫羽、乌皮乌肉乌骨等十余个特点。故玫瑰冠不仅作为三种特殊冠型(豆冠、玫瑰冠和双冠)之一，更是丝羽乌骨鸡的标志性外观性状之一。但玫瑰冠为常染色体显性遗传，如何选择高效的方法剔除具有单冠等位基因的杂合子，是保证其玫瑰冠稳定遗传的重要问题。

KASP(竞争性等位基因特异性PCR Kompetitive Allele Specific PCR)技术是一种基于荧光信号的竞争性等位基因特异性PCR，是针对模板样品中的SNP(单核苷酸多态性，Single Nucleotide Polymorphisms)位点进行检测分型，可以够精确地进行双等位基因分型。其相较于传统的PCR具有通量高、成本低、效率高、准确度高、遗传稳定性好等优点。因此基于KASP技术鉴定丝羽乌骨鸡玫瑰冠的分子标记，用于筛选杂合玫瑰冠基因型，对丝羽乌骨鸡玫瑰冠辅助选择育种具有重要价值。

发明内容

本发明的目的是提供一种基于KASP技术的丝羽乌骨鸡玫瑰冠分子标记及其应用，以解决上述现有技术存在的问题，通过该分子标记可开展对丝羽乌骨鸡玫瑰冠的鉴定，筛选杂合玫瑰冠基因型，对丝羽乌骨鸡玫瑰冠辅助选择育种具有重要价值。

为实现上述目的，本发明提供了如下方案：

本发明提供一种与丝羽乌骨鸡玫瑰冠相关的分子标记，其核苷酸序列如SEQ IDNO：1所示。

进一步地，SEQ ID NO：1所示序列第201bp处有一个G/T碱基突变。

本发明还提供一种检测上述的分子标记的KASP引物组，包括核苷酸序列如SEQ IDNO:2所示的第一正向引物、核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示的第二正向引物和核苷酸序列如SEQ ID NO:4所示的反向引物。

进一步地，所述第一正向引物和所述第二正向引物5’端连接不同颜色的荧光基团；

所述第一正向引物连接HEX荧光基团，所述第二正向引物连接FAM荧光基团。

本发明还提供一种基于KASP技术检测丝羽乌骨鸡玫瑰冠基因分型的试剂盒，包括上述的KASP引物组。

本发明还提供一种鉴定丝羽乌骨鸡玫瑰冠基因型的方法，包括以下步骤：

(1)提取待测丝羽乌骨鸡的基因组DNA；

(2)利用上述KASP引物组进行PCR扩增，获取扩增产物；

(3)根据扩增产物的荧光信号鉴定待测丝羽乌骨鸡的玫瑰冠基因型；

若荧光信号为HEX，则鉴定待测丝羽乌骨鸡的玫瑰冠基因型为RR；若为FAM和HEX，则鉴定为Rr，若为FAM，则鉴定为rr。