[发明专利]一种FYCO1-ALK融合基因及其检测试剂盒和应用

说明书

本发明涉及一种非小细胞肺癌FYCO1‑ALK融合基因及其检测试剂盒和应用，ALK基因的融合伴侣基因为FYCO1基因，基因融合突变发生于FYCO1基因的12号外显子与ALK基因的20号外显子之间；FYCO1‑ALK融合基因的序列如SEQ ID NO.1所示。其中，FYCO1基因位于3号染色体3p21.31上，位置45917903‑45995824，共23个外显子。ALK基因位于2号染色体2p23.2‑p23.1上，位置29190992‑29921589，共29个外显子。本发明通过高通量测序技术发现ALK基因新融合伴侣，设计特异性的FYCO1‑ALK融合基因以及内参HPRT1基因的上下游引物、Taqman探针，具有准确度高、特异性好、操作简便、检测快速等优点。

技术领域

本发明涉及一种非小细胞肺癌FYCO1-ALK融合基因及其检测试剂盒和应用，属于生物医学检测领域。

背景技术

肺癌是我国发病率和死亡率最高的恶性肿瘤，其中非小细胞肺癌(Non-SmallCell Lung Cancer，NSCLC)是肺癌中最常见的一个类型，大约有50%的NSCLC存在靶向药物相关的基因突变，最为常见的是表皮生长因子受体（Epidermal Growth Factor Receptor，EGFR）基因18号外显子的点突变和19号外显子的缺失突变以及间变性淋巴瘤激酶(Anaplastic Lymphoma Kinase，ALK)基因的融合突变。靶向药物具有副作用小、效果好的特性，可显著提高患者生存质量和生存期，尤其是ALK基因融合突变的患者，服用靶向药物后其疾病的无进展生存期（progression-free surviva，PFS）可达3-5年。因此如何快速、准确的检测出ALK基因融合突变，对于患者的治疗和生存显得十分重要。

ALK基因表达的蛋白位于细胞膜上，分为胞外受体区、跨膜区以及胞内激酶区，正常情况下经细胞外的配体将2个ALK蛋白偶联后激活胞内信号通路，促进细胞生长。当ALK基因发生融合后，无需配体，ALK蛋白胞内酪氨酸激酶可自行激活，导致该结构域的蛋白异常表达，引起ALK及其下游信号传导通路活化，进而促使细胞增殖不受控制形成肿瘤。ALK基因80%的融合伴侣基因为EML4，近些年通过二代测序技术不断发现了新的融合基因KIF5B、TGF、KLC1、PTPN3、STRN等。

FYCO1 基因位于3号染色体上，长度为79kb包含18个外显子，编码1478个氨基酸，编码FYCO1蛋白相对分子质量为167 000 Da，在多种组织中均有表达，研究表明FYCO1基因突变是导致常染色体隐性遗传性白内障的主要原因。

通过免疫组织化学(Immunohistochemistry，IHC)、荧光原位杂交(Fluorescencein situ hybridization，FISH)及反转录聚合酶链反应(RT-PCR)等常规检测方法，可以实现ALK基因部分融合突变类型的检测。但是IHC检测方法，特异性较差；FISH方法检测ALK，灵敏度较低；RT-PCR仅能检测已知的ALK融合基因。目前高通量测序是唯一可以明确未知融合突变的检测方法，但是该技术本高、费用昂贵、检测周期长，对于设备和实验室的面积要求苛刻，目前只有少数大型综合医院开展，对于大多数患者来说不是首选的检测方法。

针对已知的融合位点设计特异性的PCR引物组合，利用荧光定量PCR技术，是检测基因融合突变最便捷、经济的方法。因此，发现新的致病融合位点，进而设计PCR引物及探针将有利于提高肺癌ALK基因融合突变的检测范围和水平，让更多的患者受益。

发明内容

针对现有技术的不足，本发明的第一个目的是提供一种非小细胞肺癌的新的融合基因FYCO1-ALK。

本发明的第二个目的是提供融合基因FYCO1-ALK在治疗非小细胞肺癌中的应用。

本发明的第三个目的是提供一种检测FYCO1-ALK融合基因的检测试剂盒。

为了实现上述目的，本发明所采用的技术方案是：