[发明专利]一种基于多组学数据进行功能富集分析的分析方法、装置及应用在审

专利信息
申请号: 202210777166.9 申请日: 2022-06-30
公开(公告)号: CN115148294A 公开(公告)日: 2022-10-04
发明(设计)人: 骆孟;赵建华;马佳文 申请(专利权)人: 上海美吉生物医药科技有限公司
主分类号: G16B50/30 分类号: G16B50/30;G16B50/10;G16B45/00
代理公司: 上海光华专利事务所(普通合伙) 31219 代理人: 许亦琳;余明伟
地址: 201321 上海市浦东新区中国(上海)*** 国省代码: 上海;31
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摘要:
搜索关键词: 一种 基于 多组学 数据 进行 功能 富集 分析 方法 装置 应用
【权利要求书】:

1.一种基于多组学数据进行功能富集分析的分析方法,至少包括如下步骤:

步骤S1-1,获取输入数据和待分析对象的富集目标集合数据;所述输入数据包括待分析对象的物种名称及注释信息;

步骤S1-2,根据输入数据构建待分析对象的物种OrgDb数据库;

步骤S2,根据待分析对象的富集目标集合数据及所述的物种OrgDb数据库的数据,利用至少一个富集分析算法对待分析对象进行富集分析;

步骤S3,对富集分析的结果进行整理及可视化展示。

2.如权利要求1所述的基于多组学数据进行功能富集分析的分析方法,其特征在于,所述注释信息为物种基因的GO注释和/或KEGG注释。

3.如权利要求1所述的基于多组学数据进行功能富集分析的分析方法,其特征在于,步骤S2中,所述富集分析算法选自GO富集分析、KEGG富集分析、DO富集分析、Reactomepathway analysis富集分析以及GSEA富集分析算法中的一种或多种。

4.如权利要求1所述的基于多组学数据进行功能富集分析的分析方法,其特征在于,所述富集目标集合数据的来源选自以下至少之一:待分析对象的差异表达的基因列表、待分析对象的WGCNA分析模块基因或者代谢物集合、待分析对象的差异代谢物集合或差异蛋白集合、待分析对象所属物种的KEGG的注释文件、或待分析对象所属物种在NCBI的TaxID。

5.如权利要求1所述的基于多组学数据进行功能富集分析的分析方法,其特征在于,步骤S3中,对富集结果进行整理包括如下步骤:利用输出结果整理算法将富集分析过程中生成的不同结果文件放入不同目录。

6.一种基于多组学数据进行功能富集分析的分析装置,至少包括如下模块:

数据获取模块,用于获取输入数据和待分析对象的富集目标集合数据;所述输入数据包括待分析对象的物种名称及注释信息;

OrgDb数据库构建模块,用于根据输入数据构建待分析对象的物种OrgDb数据库;

富集分析模块,用于根据待分析对象的富集目标集合数据及所述的物种OrgDb数据库的数据,利用至少一个富集分析算法对待分析对象进行富集分析;

结果输出模块,用于对富集分析的结果进行整理及可视化展示。

7.如权利要求6所述的基于多组学数据进行功能富集分析的分析装置,其特征在于,所述注释信息为物种基因的GO注释和/或KEGG注释。

8.如权利要求6所述的基于多组学数据进行功能富集分析的分析装置,其特征在于,富集分析模块中,所述富集分析算法选自GO富集分析、KEGG富集分析、DO富集分析、Reactomepathway analysis富集分析以及GSEA富集分析算法中的一种或多种。

9.如权利要求6所述的基于多组学数据进行功能富集分析的分析装置,其特征在于,所述富集目标集合数据的来源选自以下至少之一:待分析对象的差异表达的基因列表、待分析对象的WGCNA分析模块基因或者代谢物集合、待分析对象的差异代谢物集合或差异蛋白集合、待分析对象所属物种的KEGG的注释文件、或待分析对象所属物种在NCBI的TaxID。

10.如权利要求6所述的基于多组学数据进行功能富集分析的分析装置,其特征在于,结果输出模块中,包括结果整理子模块,用于利用输出结果整理算法将富集分析过程中生成的不同结果文件放入不同目录。

11.一种计算机可读存储介质,其上存储有计算机程序,其特征在于,该程序被处理器执行时实现权利要求1-5任一所述的基于多组学数据进行功能富集分析的分析方法。

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