[发明专利]一种基于MLPA-NGS方法检测特纳综合征的试剂盒及其使用方法和应用

说明书

本发明公开了一种基于MLPA‑NGS方法检测特纳综合征的试剂盒及其使用方法和应用，所述试剂盒包括用于检测探针所结合的DNA位置的拷贝数情况的CNV探针、用于给出探针在DNA上杂交位置的SNP基因型的SNP探针和用于扩增连接后的探针的带有index序列的通用引物；每对探针均设置用于区分的特征性序列，以对测序结果进行各探针的reads数分析，从而分析SNP分型、样本的测序质量、核心家系亲子关系、X染色体父母来源、X染色体相对拷贝数以及X染色体嵌合体的父母来源。上述试剂盒的MLPA‑NGS方法，检测信息量大，对X染色体拷贝数可达到SNP芯片的效果，对于X染色体父母来源的分析可达到STR的效果，灵敏度高，操作简便，便于大规模推广。

技术领域

本发明涉及生物基因技术领域，尤其涉及一种基于MLPA-NGS方法检测特纳综合征的试剂盒及其使用方法和应用。

背景技术

特纳综合征(Turner Syndrome，TS)是一种由于1条或部分X染色体的缺失导致基因剂量不足的染色体病，女性患病率约为1/2500。TS染色体核型由单体型、嵌合型、X染色体结构异常、含Y染色体核型构成。患者多数的临床表型为身材矮小、骨骼发育的异常、肾脏心脏的畸形，智力认知障碍、子宫或卵巢的发育异常、外生殖器发育异于常人、原发性闭经等症状。由于患者染色体核型组成的差别，其临床表现各有不同。在临床上，TS嵌合体的患者多因生长发育缓慢、女性患者闭经、月经不规律或成年后因不孕就诊时发现患有该病。一般而言，X染色体的缺失情况决定了表型，末端X染色体缺失通常与卵巢功能异常相关，近端Xq(如Xq13)缺失通常导致乳房发育不良、原发性闭经和性腺衰竭。Xq26-q28区域和Xq13.3-q21.1这两个区域都被认为包含卵巢决定簇基因，与卵巢功能早衰相关。

患有TS的群体中，有大约45％的患者的染色体核型为45,X，嵌合体约占20％-30％。X染色体来源于父亲(Xp)或母亲(Xm)，其临床表型及预后不同。目前国外已有很多研究证实X连锁基因有关的特征在Xm、Xp两类不同单体的TS患者身上有所区别。Van的研究指出对于TS患者Xm会促进选择性内脏脂肪聚集及血脂障碍；Chu发现Xm受试者心血管疾病的患病率相对来说较Xp组有所升高；Bishop发现TS患者Xp受试者有更明显受损的视觉空间记忆。X染色体来源不同，治疗效果也不同。例如，Hamelin在研究中发现生长激素治疗而引起的身高增长幅度在TS单体Xm患者中更大。前期研究也发现X染色体来源不同临床表现轻重不同，因此改进了X-STR技术，联合核型分析用于检测TS患者染色体核型的类型及来源，不但提高了诊断疾病率，明确了病因，而且为指导疾病的预防、治疗及预后提供了科学依据，具有一定的前瞻意义。

TS嵌合体是根据第二个细胞系是否含有全部或部分X染色体进行分类的，45,X/46,XiXq、45,X/46,XX、45,X/47,XXX、45,X/46,X,del(Xp)是比较常见的嵌合体类型。不同细胞系的组织特异性表达，含有46,XX、47,XXX、46,XY细胞系的嵌合体患者临床异常表型可能有所改善。TS患者中单纯的45,X更可能出现先天性淋巴水肿，嵌合体型的45,X/46,XX以及45,X/47,XXX出现自发性月经及怀孕较为常见，45,X/46,XX的患者身高比其他TS患者略高一些。多数TS患者拥有正常的智力，然而小环状X染色体的患者智力发育迟缓的风险增加；由于小环状染色体失活，这些患者可能具有严重的典型S表型，环状染色体增加了精神发育迟缓及非典型表型的风险。大多数TS妇女由于原发性卵巢功能衰竭而不孕，然而，约5％经历了自发性妊娠，且自发性怀孕的大多数病例为嵌合体。许多研究表明，TS患者的妊娠发生流产，死胎和畸形婴儿的风险增加。

在国内，TS绝大部分都是通过染色体核型分析辅助诊断的，其误诊率及漏诊率较高。在国际上，除了通过核型分析辅助诊断外，也使用包括诸如芯片技术、MLPA技术、微卫星分析技术、FISH技术等辅助诊断。这些诊断方案在一定程度上提高了诊断率，但也存在各种类型的缺陷，仅对核型分析起一定的补充作用。因此，尝试性地开发一些新的检测方法，准确地给出X染色体的相关信息，可作为协助医生进行临床诊断的辅助工具。

发明内容