[发明专利]用于诊断肺肠型腺癌的甲基化标志物

说明书

本发明公开了一种用于诊断肺肠型腺癌的甲基化标志物，属于生物医学领域。本发明通过对比肺肠型腺癌与结直肠癌肺转移的肿瘤组织的DNA甲基化测序结果，筛选出8个具有明显差异的甲基化区域，然后通过随机森林模型的方法，建立肺肠型腺癌甲基化预测模型，有效适用于对肺肠型腺癌与结直肠癌肺转移的鉴别诊断。本发明提供了一种准确、简便、经济的肺肠型腺癌筛查手段，为肺肠型腺癌个体化治疗方案选择、预后评估和延长生存期奠定了基础。

技术领域

本发明涉及生物医学领域，特别涉及一种用于诊断肺肠型腺癌的甲基化标志物。

背景技术

肺肠型腺癌(pulmonary enteric adenocarcinoma，PEAC)是一种罕见的原发性浸润性肺腺癌亚型，约占肺腺癌的0.6％。1991年，肺肠型腺癌首次被Tsao和Fraser描述，直到2011年才首次被国际肺癌研究协会(IASLC)、美国胸科学会(ATS)及欧洲呼吸学会(ERS)等学会纳入官方肺腺癌分类。2015年，世界卫生组织(WHO)提出肺肠型腺癌诊断标准，被定义为主要(50％)肠上皮样成分的原发性肺腺癌亚型，显示肠分化免疫组织化学(IHC)标志物或肠形态。2021年，WHO进一步明确肺肠型腺癌的IHC诊断标准，要求肠型腺癌的基本诊断标准包括至少一种肠道标志物(CDX-2、细胞角蛋白20(CK20)、HNF4α或MUC2)的表达，超过50％的肿瘤组织学类似于肠道形态，以及临床排除结直肠癌。理想情况下，可以包括甲状腺转录因子-1(TTF-1)或CK7的共表达。

由于肺肠型腺癌表现出肠道的组织病理特征，临床上它与结直肠癌肺转移(lungmetastatic colorectal cancer，lmCRC)十分容易混淆，对病理鉴别诊断极具挑战。对于肠型腺癌患者，若确诊时分期较早，仍有机会进行根治性治疗。相比之下，结直肠癌肺转移是一种以姑息治疗为主的晚期疾病。因此，准确的病理诊断对于个体化治疗方案选择、预后评估和延长生存期至关重要。目前，肺肠型腺癌与结直肠癌肺转移的鉴别诊断主要依靠临床病史、肿瘤部位和病理检查。典型肺腺癌IHC标志物TTF-1和CK7虽然可能有助于区分两者，但这些标志物的表达在肺肠型腺癌中经常丢失，同时也会在一小部分结直肠癌中呈阳性。相反肠道分化标志物，如CDX-2、CK20、MUC2和HNF4α等，也可能在肺肠型腺癌中表达。

DNA甲基化是基因表观遗传学修饰方式之一，其与癌症的发生发展密切相关，尤其是CpG岛区的启动子超甲基化可能会导致抑癌基因沉默，进而影响肿瘤进程。到目前为止，DNA甲基化几乎在所有癌症中均有发现，且发生在癌前或者癌症发展的早期阶段，较为稳定。且不同肿瘤呈现不同的DNA甲基化特征，具有组织特异性，可用于识别未知来源或病理相似的肿瘤亚型。因此，针对肿瘤组织的DNA甲基化特征开发出肺肠型腺癌的诊断标志物，用于区分肺肠型腺癌与结直肠癌肺转移具有临床重要意义。

发明内容

本发明为了解决现有技术中肺肠型腺癌诊断困难，缺少鉴别诊断生物标志物的问题，提供一种用于诊断肺肠型腺癌的甲基化标志物。

第一方面，本发明提供一种差异甲基化区域组，是采用以下技术方案得以实现的。

一种差异甲基化区域组，包括以下差异甲基化区域，所述差异甲基化区域在基因组上的位置为：chr2:10445001-10445100，chr6:10555801-10556300，chr7:27178801-27179600，chr17:46707701-46707900，chr17:63554501-63554600，chr17:46697501-46697700，chr19:30162701-30162800，chr21:40195001-40195200。

上述差异甲基化区域在基因组上的位置(物理位置)基于人类全基因组序列(版本号为hg19)比对确定。以上差异甲基化区域内甲基化位点的甲基化程度在肠型腺癌和结直肠癌肺转移中存在显著差异。

第二方面，本发明提供一种差异甲基化区域组的应用，是采用以下技术方案得以实现的。