[发明专利]一种用于扩增黑棘鲷SNP分子标记的多态性引物及其应用

权利要求书

1.一种用于扩增黑棘鲷SNP分子标记的多态性引物，所述引物为引物对1-引物对29，每对引物均包括上游引物和下游引物，所述引物对1-引物对29的碱基序列依次如SEQ ID NO：1～58所示。

2.根据权利要求1所述的引物，其特征是：所述引物对1-引物对29用于扩增的SNP分子标记为ASSNP1～ASSNP48，所述ASSNP1～ASSNP48的核苷酸序列依次如SEQ ID NO：59～106所示。

3.权利要求1所述的引物在黑棘鲷遗传多样性分析中的应用。

4.一种黑棘鲷SNP分子标记及其多态性引物的筛选方法，其特征是包括以下步骤：

(1)提取黑棘鲷样品的基因组DNA，建立测序文库；

(2)采用Illumina HiSeq测序平台进行简化基因组测序，获得黑棘鲷原始序列；

(3)将步骤(2)中获得的原始序列去除接头并进行质量过滤后获得高质量序列，使用Trinity软件对高质量序列进行从头组装，得到637,783,356bp黑棘鲷Clean Base；

(4)有效测序数据通过BWA软件比对到参考基因组，比对结果经SAMTOOLS去除重复；

(5)采用SAMTOOLS软件对若干样本进行群体SNP的检测，SAMTOOLS软件检测公共的SNP位点，经过滤后，获得高质量的SNP位点用于后续分析，对于所有的SNP位点，利用Primer5.0软件设计出21562对引物；

(6)提取黑棘鲷鳍条的DNA；

(7)选取步骤(5)中的特异性引物对步骤(6)中的DNA进行PCR扩增和测序；

(8)检测步骤(7)中PCR产物的多态性，筛选出权利要求1中的29对具有多态性位点的扩增引物，获得权利要求2中的48个黑棘鲷SNP分子标记。