[发明专利]一种用于扩增黑棘鲷SNP分子标记的多态性引物及其应用

说明书

本发明公开了一种用于扩增黑棘鲷SNP分子标记的多态性引物，所述引物为引物对1‑引物对29，每对引物均包括上游引物和下游引物，所述引物对1‑引物对29的碱基序列依次如SEQ ID NO：1～58所示。还公开了引物在黑棘鲷遗传多样性分析中的应用以及上述SNP分子标记和引物的筛选方法。本发明首次在黑棘鲷上批量建立了具有丰富多态性的48个SNP分析标记，并筛选出了29对多态性引物，为黑棘鲷的家系鉴定、种群遗传结构、遗传育种，增殖放流等研究提供了高效的分析技术工具；本发明提供的黑棘鲷SNP分子标记及其多态性引物的筛选方法，简便、快捷、高效，节约了人力和成本。

技术领域

本发明属于鱼类遗传育种领域，具体涉及一种用于扩增黑棘鲷SNP分子标记的多态性引物。

背景技术

黑棘鲷(Acanthopagrus schlegelii)隶属于鱼纲Pisces、鲈形目Perciformes、鲷科Sparidae、棘鲷属Acanthopagrus，广泛分布于西太平洋区，包括中国、日本、韩国、朝鲜、俄罗斯、越南沿海。黑棘鲷为浅海底层鱼类，喜栖息在沙泥底或多岩礁海区，杂食性，是一种重要的经济鱼类。近年来，由于环境污染、过度捕捞等导致黑棘鲷自然种群严重衰退，种质严重退化等；同时黑棘鲷养殖群体的近亲繁殖、小规格亲本人工育苗等原因，导致黑棘鲷养殖种质严重退化，抗病力减弱，养殖性能下降等。以上问题严重制约了黑棘鲷养殖业的持续健康发展。

目前在黑棘鲷遗传育种方面开展的工作较少，梁君等人采用现场调查与理论推算相结合的方法对黑棘鲷增值放流的情况进行了详细研究。吴仁协等人.基于SLAF-seq技术的黑棘鲷微卫星标记可以为鲷科鱼类的种群遗传学分析提供标记来源。此外，还有学者筛选了少量与黑鲷生长相关的单核苷酸多态性(Single-nucleotide polymorphisms，SNPs)位点。目前随着测序技术的飞速发展，大量的SNP应用到水产动物，如鲷科鱼类的黄鳍棘鲷等。这些SNPs具有高多态性，分布广泛等众多优点，在鲷科鱼类遗传育种中具有广泛的应用前景。目前，尚未见黑棘鲷SNP位点筛选的报道。

发明内容

本发明第一个目的在于提供一种用于扩增黑棘鲷SNP分子标记的多态性引物，该引物能用于扩增黑棘鲷SNP分子标记。

本发明目的还在于提供上述的引物在黑棘鲷遗传多样性分析中的应用。

为实现上述第一目的，本发明采用以下技术方案：

一种用于扩增黑棘鲷SNP分子标记的多态性引物，所述引物为引物对1-引物对29，每对引物均包括上游引物和下游引物，所述引物对1-引物对29的碱基序列依次如SEQ IDNO：1～58所示。

所述引物对1-引物对29用于扩增的SNP分子标记为ASSNP1～ASSNP48，所述ASSNP1～ASSNP48的核苷酸序列依次如SEQ ID NO：59～106所示。

为实现上述第二目的，本发明采用以下技术方案：上述的引物在黑棘鲷遗传多样性分析中的应用。

遗传多样性分析时：选取最具多态性的29个引物对广东阳江的黑棘鲷野生群体进行遗传多样性分析。根据直接测序法得到相应位置的碱基，来确定基因型，之后使用Arlequin version3.5软件统计各标记在野生群体的等位基因数(N_A)，观测杂合度(H_O)，期望杂合度(H_E)，最小等位基因频率(Minor allele frequency，MAF)，并进行哈迪·温伯格平衡(HWE)检验；使用Fstat2.93计算各标记在各样本的遗传分化程度(FIS)；使用PIC_CALC0.6计算各样本的多态信息含量(Polymorphic informationcontent,PIC)，以此来描述黑棘鲷SNP分子标记多态性的特征。

本发明还提供了一种黑棘鲷SNP分子标记及其多态性引物的筛选方法，包括以下步骤：

(1)提取黑棘鲷样品的基因组DNA，建立测序文库；