[发明专利]一种同时检测引起低色素性贫血STEAP3基因突变和eSNP的试剂盒

说明书

本发明属于分子诊断领域，具体涉及一种同时检测引起低色素性贫血STEAP3基因突变和eSNP的试剂盒。该试剂盒中包含由引物对1‑7组成的引物组，所述引物对1‑7的上下游引物核苷酸序列分别如SEQ ID NO:1‑14所示。该试剂盒可针对STEAP3基因编码区所有未知突变进行筛查，并同时可对STEAP3基因的eSNP进行分型，具有通量高、操作简单、速度快、成本低、闭管操作、灵敏度高且特异性强的优势。

技术领域

本发明属于分子诊断领域，具体涉及一种同时检测引起低色素性贫血STEAP3基因突变和eSNP的试剂盒。

背景技术

研究表明在中国南部地区，最为常见的导致先天性小细胞低色素贫血的遗传学因素为地中海贫血，其主要病因为HBA基因和/或HBB基因突变。但在临床诊断过程中，如果排除了地中海贫血基因突变，则还需要考虑其它基因变异所导致的低色素性贫血。

STEAP3基因是STEAP基因家族的成员之一，位于人类2号染色体上(2q14.2)，全长约42kb，在体内最常表达的转录本(NM_018234)所编码的mRNA全长为3915bp，分为6个外显子，前两个外显子和第三个外显子的前8bp共同剪接成5'UTR区，编码区由4个外显子(外显子3,4,5,6)组成，长1467bp，编码的肽链含488个氨基酸。STEAP3是红细胞内铁和铜离子的主要还原酶，并参与细胞对二者的摄入，铁离子摄入不足、代谢异常以及STEAP3基因功能性突变均可导致缺铁性贫血(缺铁性贫血属于低色素性贫血的常见类型)。例如，2005年Ohgami等人(Nature Genet.2005；37:1264-1269)通过Steap3基因敲出的小鼠证明Steap3基因的缺失可以导致小鼠低色素性贫血。2011年Grandchamp等人(Blood.2011；118:6660-6666)首次报道了一个巴基斯坦家系中的一个先天性低色素贫血患者，是由一个STEAP3无义突变(p.Cys100Ter)合并一个STEAP3低表达单倍体所导致，说明人类STEAP3基因的表达不足和突变可以导致铁过载型的低色素性贫血(OMIM：615234)。

已有研究表明STEAP3基因上的一些无义突变和错义突变可使STEAP3活性发生不同程度的下降，且STEAP3基因下游还存在一个单核苷酸多态性与STEAP3基因表达高低相关(eSNP：rs6721852)(Science.2015；348:648-660.http://www.gtexportal.org/home/gene/STEAP3)，rs6721852的TT/TC/CC三种基因型分别对应STEAP3基因表达的高/中/低。

由于目前仍缺乏有效的临床检测方法同时对STEAP3基因进行突变筛查和eSNP进行分型，难以对低色素性贫血的患病风险进行预测。因此，本发明希望提出一种能同时检测STEAP3基因突变和eSNP的试剂盒，以满足实际需求。

发明内容

本发明旨在至少解决上述现有技术中存在的技术问题之一。为此，本发明提出一种同时检测引起低色素性贫血STEAP3基因突变和eSNP的试剂盒。该试剂盒可针对STEAP3基因编码区所有未知突变进行筛查，并同时可对STEAP3基因的eSNP进行分型，具有通量高、操作简单、速度快、成本低、闭管操作、灵敏度高且特异性强的优势。

本发明提出一种同时检测引起低色素性贫血STEAP3基因突变和eSNP的引物组，包括引物对1-7；

所述引物对1的上下游引物核苷酸序列如SEQ ID NO:1-2所示；所述引物对2的上下游引物核苷酸序列如SEQ ID NO:3-4所示；所述引物对3的上下游引物核苷酸序列如SEQID NO:5-6所示；所述引物对4的上下游引物核苷酸序列如SEQ ID NO:7-8所示；所述引物对5的上下游引物核苷酸序列如SEQ ID NO:9-10所示；所述引物对6的上下游引物核苷酸序列如SEQ ID NO:11-12所示；所述引物对7的上下游引物核苷酸序列如SEQ ID NO:13-14所示。