[发明专利]用于预测肿瘤进展及预后的基因标志物组合、试剂盒及系统

说明书

本发明公开了用于预测肿瘤进展及预后的基因标志物组合，属于医学分子生物学领域。所述基因标志物组合包括S100A10、FOSL2、SPP1、CAV1、ANXA1、VIM、CD44、SERPINH1、LGALS3、CEBPB、ATF5和LGALS1中的至少一个基因。本发明还公开了基于所述基因标志物组合的试剂盒及系统。利用本发明，可以预测多种肿瘤的进展及预后，具有非常在的临床应用价值。

技术领域

本发明属于医学分子生物学领域，具体地，涉及用于预测肿瘤进展及预后的基因标志物组合、试剂盒及系统。

背景技术

胶质母细胞瘤(Glioblastoma，GBM)是成人中最常见的侵入性脑肿瘤。由于肿瘤的恶性进展，改善GBM的预后具有巨大的挑战性。标准治疗方案下，GBM患者的中位生存期约为15个月，然而，大多数患者在初次治疗后会在十个月内快速复发。

当前，已有技术构建了几种方法模型来探索GBM的发病和进展。例如，Ozawa等人分析了人类GBM数据，发现染色体改变可能是GBM的起因(Ozawa,Tatsuya,et al.Most humannon-GCIMP glioblastoma subtypes evolve from a common proneural-like precursorglioma.Cancer cell 26.2(2014):288-300.)。还有一些技术研究在纵向样本模型上探索了GBM的时空变化。GBM的进展是从成对的原发性和复发性样本中预测的，以上技术显示了由治疗驱动的GBM患者的基因组特征。

尽管已有技术加深了本领域对GBM进展的认知，增进了对治疗失败的理解，但其主要基于治疗后的基因组变化。总体来讲，目前仍缺少预测自然疾病进展过程中肿瘤细胞如何进展的合适模型和方法。

发明内容

为了解决上述技术问题中的至少一个，本发明通过获得肿瘤组织的RNA样本，通过全转录组高通量测序过得转录组测序，对下机数据进行预处理后，将数据对比至人类参考基因组上，进行表达定量分析，获得表达谱信息。进一步利用表达谱数据获得了能够用于预测肿瘤进展和/或预后的基因标志物组合。通过对多种肿瘤样本进行同样的分析，意外地获得了适用于多种肿瘤进展和/或预后的基因标志物组合，从而完成了本发明。

在本发明中，所述高通量全转录组测序(whole transcriptome resequencing)指一次对几十万到几百万条RNA分子进行序列测定。转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，主要包括mRNA和非编码RNA。转录组研究是基因功能及结构研究的基础和出发点，通过新一代高通量测序，能够全面快速地获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息，已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。

在本发明中，所述基因表达谱(gene expression profile)指构建处于某一特定状态下的细胞或组织的非偏性cDNA文库，通过大规模的cDNA测序，收集cDNA序列片段、定性、定量分析其mRNA群体组成，从而描绘该特定细胞或组织在特定状态下的基因表达种类和丰度信息，这样编制成的数据表就称为基因表达谱。

在本发明中，高通量测序获得的reads都是300-500bp的序列片段，无法直接进行下游。因此，需要将mRNA测序得到的reads与人类参考基因组进行比较，由此确定mRNA的序列片段来源于参考基因组上的哪个基因。

在本发明中，所述人类参考基因组是指2001年2月12日，由6国的科学家共同参与的国际人类基因组公布了人类基因组图谱及初步分析结果。目前，参考序列可以是人类基因组hg38、hg19或其它版本的序列。在本发明的实施方案中，所述人类参考基因组是指hg19。

本发明的采用的技术方案如下：