[发明专利]一种抗凝全血法鉴定鸡性连锁矮小基因缺失突变基因型的分子检测方法及其应用

说明书

本发明公开了一种抗凝全血法鉴定鸡性连锁矮小基因缺失突变基因型的分子检测方法及其应用，属于分子生物技术。根据性连锁矮小基因缺失突变特征序列设计三条特异性引物：DW‑NOR‑F：GGCAGAAACCCCAAGTATG；DW‑MUT‑F：TGACGTGAACAGAAGTGCATGAC；DWDR：TCGGGACAGATCAAAGACAAT。利用该引物组合直接对血样裂解液进行PCR扩增反应，通过观察反应产物凝胶电泳条带就能鉴定鸡性连锁矮小基因缺失突变基因型。该方法无需进行基因组DNA的提取，操作简单，易于推广，降低了鸡性连锁矮小基因缺失突变分子检测的成本，有利于提高矮小鸡的相关品种选育工作效率。

技术领域

本发明涉及分子生物技术领域，特别是涉及一种抗凝全血法鉴定鸡性连锁矮小基因缺失突变基因型的分子检测方法及其应用。

背景技术

鸡性连锁矮小基因(Sex-linked dwarfgene,dw)定位在家鸡(Gallus gallusdomesticus)Z性染色体的生长激素受体基因(Growth hormone receptor，GHR)中。dw是一种隐性伴性基因突变，其实质是导致了GHR的表达异常，从而使鸡表现为矮脚表型。dw是目前已知的8种导致家鸡矮小表型的基因突变中，唯一一种对家鸡机体健康无害而对家鸡生产实践有利的。目前报导的dw突变主要有以下四种：(1)GHR编码序列外显子五335bp处碱基的TC突变；(2)GHR编码序列外显子五354bp处碱基的TC突变；(3)GHR编码序列外显子七679bp处碱基的TG突变；(4)GHR编码序列外显子十和3'UTR区的一段长达1773bp缺失突变。其中第一种的碱基替换突变和第四种缺失突变是导致我国黄羽肉鸡出现矮脚表型的最主要的原因。

目前对我国黄羽肉鸡的性连锁矮小基因型在群体中进行分子检测技术鉴定突变基因型的方法主要有两种，一种是通过Sanger一代测序进行基因型鉴定，另一种则是通过琼脂糖凝胶电泳进行基因型分型。在性连锁矮小鸡的群体选育中，使用琼脂糖凝胶电泳判定性连锁矮小基因缺失突变是选育性连锁矮小鸡的常见方法，虽然相较于Sanger一代测序而言成本较低，周期较短，但同时也存在着需要具有专业技能的技术人员和相关的专业配套设备的协助才可完成，例如需要对待检个体的基因组DNA进行提取。因此，对性连锁矮小基因缺失突变型检测的简单化成为了生产实践中的迫切需求。

发明内容

本发明的目的是提供一种抗凝全血法鉴定鸡性连锁矮小基因缺失突变基因型的分子检测方法及其应用，以解决上述现有技术存在的问题，利用本发明公开的引物对抗凝全血模板进行PCR扩增，经琼脂糖凝胶电泳分型后就能够鉴定鸡性连锁矮小基因缺失突变基因型，该方法操作简单，易于推广，并且对性连锁矮小鸡的育种选育提供理论基础和数据支持。

为实现上述目的，本发明提供了如下方案：

本发明提供一种抗凝全血法鉴定鸡性连锁矮小基因缺失突变基因型的引物组合，包括：

DW-NOR-F：GGCAGAAACCCCAAGTATG；

DW-MUT-F：TGACGTGAACAGAAGTGCATGAC；

DWDR：ATTGTCTTTGATCTGTCCCGA。

本发明还提供一种抗凝全血法鉴定鸡性连锁矮小基因缺失突变基因型的试剂盒，包含所述的引物组合。

本发明还一种抗凝全血法鉴定鸡性连锁矮小基因缺失突变基因型的方法，包括以下步骤：

以鸡抗凝全血裂解液为模板，利用所述的引物组合或所述的试剂盒进行PCR扩增反应，对扩增产物凝胶电泳后进行辨别，若电泳结果只出现一条484bp的条带，则为非性连锁矮小基因缺失突变纯合子，基因型为DD，若电泳结果只出现一条252bp条带，则为性连锁矮小基因缺失突变纯合子，基因型为dd，若电泳结果出现一条484bp条带和一条252bp条带，则为携带性连锁矮小基因缺失突变的杂合子，基因型为Dd。