[发明专利]小麦远缘杂交后代渐渗系中发掘外源功能候选基因的方法

权利要求书

1.小麦远缘杂交后代渐渗系中发掘外源功能候选基因的方法，其特征在于，包括以下步骤：

A、获得小麦远缘杂交后代渐渗系和小麦受体的全基因组序列；

B、将小麦参考基因组序列和小麦近缘植物参考基因组序列作为参考序列，将小麦受体的reads以及渐渗系的reads分别与所述参考序列进行比对，挑选出覆盖度大于等于基因全长2/3且仅在小麦远缘杂交后代渐渗系与小麦近缘植物存在的基因，作为候选基因。

2.根据权利要求1所述小麦远缘杂交后代渐渗系中发掘外源功能候选基因的方法，其特征在于，还包括以下步骤：

C、将所述候选基因与小麦参考基因组序列进行对比得到两者的SNP差异，根据SNP差异位点开发分子标记，利用所述分子标记验证所述候选基因的可靠性。

3.根据权利要求1或2所述小麦远缘杂交后代渐渗系中发掘外源功能候选基因的方法，其特征在于，还包括以下步骤：

D、对筛选出的候选基因利用KEGG、GO、TO中的一个或几个进行功能注释。

4.根据权利要求1-3任一项所述小麦远缘杂交后代渐渗系中发掘外源功能候选基因的方法，其特征在于，步骤B中包括，利用BWA将小麦受体的reads以及渐渗系的reads分别与所述参考序列进行比对；

和/或，用hts-nim-tools软件筛选reads；

和/或，用IGV软件查看覆盖度。

5.小麦-冰草渐渗系中发掘外源功能候选基因的方法，其特征在于，利用权利要求1-4任一项所述小麦远缘杂交后代渐渗系中发掘外源功能候选基因的方法；

优选的，所述小麦-冰草渐渗系为普冰3504；

和/或，所述小麦受体为Fukuhokumugi；

和/或，所述小麦近缘植物为冰草Z559。

6.根据权利要求5所述小麦-冰草渐渗系中发掘外源功能候选基因的方法，其特征在于，步骤C中利用以下引物验证候选基因的可靠性：

7720-2_F:5′-GGTCACTCCCAACTTGTGCAG-3′，

7720-2_R:5′-GCATGCATTGTGCCTGCTA-3′；

或

501600-1_F:5′-TTCACCCAAGGAAACTGAAACAG-3′，

501600-1_R:5′-GCTCTTTCAGTGGGAAGCTGC-3′。

7.一种分子标记501600-1，其特征在于，扩增所述分子标记501600-1的引物为501600-1_F和501600-1_R。

8.权利要求7所述分子标记在分子标记辅助育种或小麦种质资源改良中的应用，其特征在于，所述分子标记辅助育种或小麦种质改良的目标为如下任一种或几种：

(1)增加小麦的小穗数；

(2)增加小麦的小穗粒数；

(3)增加小麦的穗粒数；

(4)提高小麦的结实性能；

(5)增加小麦的产量。

9.基因Ac3P01G501600.1，其特征在于，所述Ac3P01G501600.1的核苷酸序列为如下任一种：

(1).如SEQ ID NO 6所示；

(2).与SEQ ID NO 6限定的DNA序列杂交且编码具有相同功能的蛋白的DNA分子；

(3).与(1)或(2)中的DNA序列具有90％以上同源性且编码具有相同功能的蛋白的DNA分子。

10.权利要求9所述基因Ac3P01G501600.1在如下任一种或几种中的应用：

(1)增加小麦的小穗数；

(2)增加小麦的小穗粒数；

(3)增加小麦的穗粒数；

(4)提高小麦的结实性能；

(5)增加小麦的产量。