[发明专利]一种适于数字PCR定量检测肺癌相关基因甲基化的引物探针组合、试剂盒及检测方法

说明书

本公开提供一种适于数字PCR定量检测肺癌相关基因甲基化的引物探针组合、试剂盒及检测方法，引物探针组合包括检测SHOX2、PTGER4以及RASSF1A基因甲基化的引物对和探针；检测SHOX2基因甲基化的引物对序列为SEQ ID NO.1‑2、SEQ ID NO.3‑4、SEQ ID NO.5‑6、SEQ ID NO.7‑8、SEQ IDNO.9‑10中的一对，探针序列为SEQ ID NO.11‑15中的一个；检测PTGER4基因甲基化的引物对序列为SEQ ID NO.16‑17、SEQ ID NO.18‑19、SEQ IDNO.20‑21、SEQ ID NO.22‑23、SEQ ID NO.24‑25、SEQ ID NO.26‑27中的一对，探针序列为SEQ ID NO.28‑33中的一个；检测RASSF1A基因甲基化的引物对序列为SEQ ID NO.34‑35、SEQ ID NO.36‑37、SEQ ID NO.38‑39、SEQ IDNO.40‑41、SEQ ID NO.42‑43、SEQ ID NO.44‑45、SEQ ID NO.46‑47、SEQ IDNO.48‑49中的一对，探针序列为SEQ ID NO.50‑57中的一个。引物探针组合的设计结合数字PCR检测系统，在早期肺癌中，即使靶标浓度极低，本方案也能表现出优异的灵敏度和精确度。

技术领域

本公开涉及生物技术领域，尤其涉及一种适于数字PCR定量检测肺癌相关基因甲基化的引物探针组合、试剂盒及检测方法。

背景技术

肺癌是起源于肺部支气管黏膜或腺体的恶性肿瘤，发病率和死亡率增长最快，是人群健康和生命威胁最大的恶性肿瘤之一。近50年来许多国家都报道肺癌的发病率和死亡率均明显增高。

目前，肺癌以及其它各种癌症的发病率急剧上升，虽然传统病理检查仍是各种肿瘤诊断的金标准，但是由于肺癌早期缺乏典型症状，传统病理在这些情况下已不能满足临床诊断早期、准确、快速的需求。因此采用新的手段进行肺癌的早期诊断，具有重要意义，只有在病变早期尽早发现，才能提前采取有效的干预手段。

基因甲基化是指DNA分子上CpG双核苷中的胞嘧啶(C)在酶的作用下选择性地添加甲基形成5'-甲基胞嘧啶的过程。CpG双核苷常位于基因转录调控区附近，其甲基化能引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性等发生改变，从而调控基因的转录和表达。基因甲基化异常是肿瘤发生最常见的表观遗传变化之一，肿瘤的发生表现为基因组整体甲基化水平降低(癌基因)和CpG岛局部甲基化水平的异常升高(抑癌基因)，基因甲基化可以作为肺癌筛查的分子标志物。

但是分子标志物出现在疾病发生的早期含量较低，所以迫切需要一种在低含量样品中具有高精确度检测效能的检测方法。

发明内容

本公开提供了一种适于数字PCR定量检测肺癌相关基因甲基化的引物探针组合、试剂盒及检测方法，以解决现有技术中存在的在低含量样品中不具有高精确度检测效能的技术问题。

根据本公开的第一方面，提供了一种适于数字PCR定量检测肺癌相关基因甲基化的引物探针组合，所述引物探针组合包括检测SHOX2基因、PTGER4基因以及RASSF1A基因甲基化的引物对和探针；所述引物对和所述探针适用于数字PCR；

用于检测SHOX2基因甲基化的引物对序列为序列表SEQ ID NO.1-2所示、序列表SEQ ID NO.3-4所示、序列表SEQ ID NO.5-6所示、序列表SEQ ID NO.7-8所示、序列表SEQID NO.9-10所示中的一对；用于检测SHOX2基因甲基化的探针序列为序列表SEQ ID NO.11-15中的一个；

用于检测PTGER4基因甲基化的引物对序列为序列表SEQ ID NO.16-17所示、序列表SEQ ID NO.18-19所示、序列表SEQ ID NO.20-21所示、序列表SEQ ID NO.22-23所示、序列表SEQ ID NO.24-25所示、序列表SEQ ID NO.26-27所示中的一对；用于检测PTGER4基因甲基化的探针序列为序列表SEQ ID NO.28-33中的一个；