[发明专利]嗜热链球菌CICC 6038菌株的鉴定方法及其引物、试剂盒和应用

权利要求书

1.如SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列在鉴定嗜热链球菌CICC 6038菌株中的应用。

2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列上的第208位、第537位的碱基为多态性位点。

3.一种嗜热链球菌CICC 6038菌株的鉴定方法，其特征在于，至少包括以下步骤：

S1、提取待测菌株的基因组DNA；

S2、针对SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列设计引物，所述引物的目的扩增产物覆盖至少一个SEQ ID NO:1的多态性位点；

S3、利用所述引物对所述基因组DNA进行扩增，获得实际扩增产物；

S4、如所述实际扩增产物与所述目的扩增产物的长度不一致，则所述待测菌株鉴定为非嗜热链球菌CICC 6038；

S5、如所述实际扩增产物与所述目的扩增产物的长度一致，对所述实际扩增产物进行测序，并与SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列进行对比：

如所述实际扩增产物多态性位点的碱基与SEQ ID NO:1相同，所述待测菌株鉴定为嗜热链球菌CICC 6038；

如所述实际扩增产物多态性位点的碱基与SEQ ID NO:1不同，所述待测菌株鉴定为非嗜热链球菌CICC 6038。

4.根据权利要求3所述的鉴定方法，其特征在于，至少包括以下步骤：

S1、提取待测菌株的基因组DNA；

S2、针对SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列设计引物，在使用一对引物的情况下，所述引物的目的扩增产物至少覆盖所述SEQ ID NO:1的第208位～第537位的碱基；所述目的扩增产物的长度为330bp～762bp；

S3、利用所述引物对所述基因组DNA进行扩增，获得实际扩增产物；

S4、如所述实际扩增产物与所述目的扩增产物的长度不一致，则所述待测菌株鉴定为非嗜热链球菌CICC 6038；

S5、如所述实际扩增产物与所述目的扩增产物的长度一致，对所述实际扩增产物进行测序，并与SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列进行对比：

如所述实际扩增产物在SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列的对应位置上第208位的碱基为T且第537位的碱基为C，所述待测菌株鉴定为嗜热链球菌CICC 6038；

如所述实际扩增产物在SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列的对应位置上第208位的碱基不为T或第537位的碱基不为C，所述待测菌株鉴定为非嗜热链球菌CICC 6038。

5.根据权利要求4所述的鉴定方法，其特征在于，在S2中，所述目的扩增产物的长度为400bp～600bp。

6.根据权利要求4所述的鉴定方法，其特征在于，在S2中，所述引物的目的扩增产物至少覆盖所述SEQ ID NO:1的第119位～第625位的碱基。

7.根据权利要求4所述的鉴定方法，其特征在于，所述引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3所示。

8.一种于鉴定嗜热链球菌CICC 6038菌株的试剂盒，其特征在于，应用SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列进行菌株鉴定，包括采用PCR技术和基因测序技术检测SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列上的多态性位点。

9.根据权利要求8所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒内包括核酸扩增试剂，所述核酸扩增试剂内至少含有如SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3所示的核苷酸序列的引物对。

10.一种用于鉴定嗜热链球菌CICC 6038菌株的引物，其核苷酸序列如SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3所示。