[发明专利]嗜热链球菌CICC 6038菌株的鉴定方法及其引物、试剂盒和应用

说明书

本发明涉及微生物鉴定技术领域，尤其涉及一种嗜热链球菌CICC 6038菌株的鉴定方法及其引物、试剂盒和应用。本发明提出如SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列在用于鉴定嗜热链球菌CICC 6038菌株中的应用。本发明提出嗜热链球菌CICC 6038菌株的鉴定方法，提取待测菌株的基因组DNA，针对SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列设计引物，对基因组DNA进行扩增，通过对比实际扩增产物与目的扩增产物的长度，以及多态性位点碱基的情况判定嗜热链球菌CICC 6038菌株。本发明利用链球菌属的特有保守基因序列，提出了一种简单、快速的嗜热链球菌CICC 6038菌株鉴定方法。

技术领域

本发明涉及微生物鉴定技术领域，尤其涉及一种嗜热链球菌CICC 6038菌株的鉴定方法及其引物、试剂盒和应用。

背景技术

嗜热链球菌(Streptococcus thermophilus)细胞形态多为球形或者卵球形，成对或链状，无芽孢、无鞭毛、无运动性，单体直径通常在1μm以下，为革兰氏阳性菌。嗜热链球菌是最常用的天然发酵乳酸菌菌种之一，能够加速原料乳酸化，促进牛奶蛋白凝乳，具有抗氧化活性、调节肠道菌群、抑制病原微生物等益生特性，改善发酵乳制品的质地及风味从而提升其应用价值。

研究表明，与其他链球菌菌种相比，嗜热链球菌不具有致病性而具备良好的发酵特性。嗜热链球菌产酸、糖代谢、蛋白水解、产活性物质、后酸化等代谢特征在其菌株水平具有特异性，直接影响发酵乳制品的成本和质地。嗜热链球菌CICC 6038遗传性状稳定，乳酸代谢能力强，后酸化较弱，是一株极具开发潜力的优质发酵剂菌株。因此，快速、精准的“株”水平鉴定方法是嗜热链球菌CICC 6038菌株研究开发和商业化应用的重要技术保障，对其工业化生产具有重要的意义。

NCBI GenBank数据库中已收录超过200株嗜热链球菌的基因组数据。然而，大多数常用的微生物测序手段只能将微生物鉴定到种(species)水平，但嗜热链球菌不同分离株之间存在潜在的功能差异。因此，需要针对性地开发每一株目标菌株的专属性鉴定方法，实现其“株”水平的快速且精准的鉴定。

发明内容

为了解决上述技术问题，本发明提供了一种简单、快速鉴定嗜热链球菌CICC 6038菌株的方法及其引物、试剂盒和应用。

本发明提出如SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列在鉴定嗜热链球菌CICC 6038菌株中的应用。

可选的，SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列上的第208位、第537位的碱基为多态性位点。

本发明提出了一种嗜热链球菌CICC 6038菌株的鉴定方法，至少包括以下步骤：

S1、提取待测菌株的基因组DNA；

S2、针对SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列设计引物，引物的目的扩增产物覆盖至少一个SEQ ID NO:1的多态性位点；

S3、利用引物对基因组DNA进行扩增，获得实际扩增产物；

S4、如实际扩增产物与目的扩增产物的长度不一致，则待测菌株鉴定为非嗜热链球菌CICC 6038；

S5、如实际扩增产物与目的扩增产物的长度一致，对实际扩增产物进行测序，并与SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列进行对比：

如实际扩增产物多态性位点的碱基与SEQ ID NO:1相同，待测菌株鉴定为嗜热链球菌CICC 6038；

如实际扩增产物多态性位点的碱基与SEQ ID NO:1不同，待测菌株鉴定为非嗜热链球菌CICC 6038。

可选的，嗜热链球菌CICC 6038菌株的鉴定方法至少包括以下步骤：

S1、提取待测菌株的基因组DNA；