[发明专利]一种基于ctDNA甲基化模式的癌种定位方法

权利要求书

1.一种基于ctDNA甲基化模式的癌种定位方法，其特征在于，所述方法包括：

从参考基因组中提取ctDNA序列，记为第一DNA序列，通过导向定位对所述第一DNA序列进行处理，获取ctDNA序列的第二DNA序列；

对所述第一DNA序列与第二DNA序列进行数据预处理；

对所述第二DNA序列进行癌种位置进行候选，确定所述第二DNA序列的唯一位置的序列与多个位置的序列，获得所述第二DNA序列的候选集合；

通过比较所述第一DNA序列与第二DNA序列，对所述第二DNA序列的唯一位置的序列与多个位置的序列进行限制，过滤所述第二DNA序列位于偏离区域的候选位置，获得所述第二DNA序列的过滤偏离候选集合；

通过所述过滤偏离候选集合确定所述第二DNA序列的最佳比对位置，对所述第二DNA序列的癌种位置进行定位。

2.如权利要求1所述的一种基于ctDNA甲基化模式的癌种定位方法，其特征在于，所述通过导向定位对所述第一DNA序列进行处理，获取ctDNA序列的第二DNA序列，包括：

获取所述第一DNA序列的DNA链，将所述DNA链连接磷酸基团的一端记为5端，将所述DNA链的另一端记为3端；

对所述5端与3端进行导向定位，使所述3端的序列的保持不变，使所述5端的序列未甲基化的C转化成T，所述5端的序列甲基化的C保持不变；

获得所述ctDNA序列的第二DNA序列。

3.如权利要求2所述的一种基于ctDNA甲基化模式的癌种定位方法，其特征在于，所述5端的序列甲基化，包括：是在甲基化结合蛋白和DNA甲基转移酶的作用下，由S-腺苷甲硫氨酸提供甲基，将DNA胞嘧啶5端碳原子上加入一个甲基基团，使之成为5甲基胞嘧啶。

4.如权利要求1所述的一种基于ctDNA甲基化模式的癌种定位方法，其特征在于，所述对所述第一DNA序列与第二DNA序列进行数据预处理，包括：

确定所述第一DNA序列与第二DNA序列的ctDNA甲基化，根据碱基互补配对可知所述第一DNA序列与第二DNA序列的ctDNA甲基化形式为AGTG；

通过T4DNA聚合酶对所述第一DNA序列与第二DNA序列的ctDNA甲基化，寻找所述第一DNA序列与第二DNA序列的ctDNA甲基化，确定所述T4DNA聚合酶对所述第一DNA序列与第二DNA序列的ctDNA甲基化的处理边界；

对所述第一DNA序列与第二DNA序列的ctDNA甲基化进行预处理，以所述第一DNA序列与第二DNA序列最右端的TG为处理边界；

将所述第一DNA序列与第二DNA序列最右端的TG的右侧序列保留下来，作为预处理后的第一DNA序列与第二DNA序列。

5.如权利要求4所述的一种基于ctDNA甲基化模式的癌种定位方法，其特征在于，所述T4DNA聚合酶用于保证第一DNA序列与所述参考基因组DNA片段一致。

6.如权利要求1所述的一种基于ctDNA甲基化模式的癌种定位方法，其特征在于，所述对所述第二DNA序列进行癌种位置进行候选，确定所述第二DNA序列的唯一位置的序列与多个位置的序列，包括：

将所述第二DNA序列的ctDNA甲基化与所述参考基因组进行比对；

将所述第二DNA序列的ctDNA甲基化与所述参考基因组能够确定的唯一位置的序列记为U；

将所述第二DNA序列的ctDNA甲基化与所述参考基因组比对到的多个位置的序列记为M。

7.如权利要求1所述的一种基于ctDNA甲基化模式的癌种定位方法，其特征在于，所述获得所述第二DNA序列的候选集合，包括：

将所述第二DNA序列的ctDNA甲基化比对到的多个位置的序列M集中处理；

将所述第二DNA序列的ctDNA甲基化比对到的多个位置序列的集合记为m；

根据所述第二DNA序列的ctDNA甲基化比对到的多个位置序列的集合获得所述第二DNA序列的候选集合，表达式为：

其中，为集合中的一条序列，为候选位置的个数，为第1至n候选位置的个数上的序列。