[发明专利]一种基于ctDNA甲基化模式的癌种定位方法

说明书

本发明涉及ctDNA甲基化癌种定位技术领域，揭露了一种基于ctDNA甲基化模式的癌种定位方法，包括：从参考基因组中提取ctDNA序列，记为第一DNA序列，通过导向定位对所述第一DNA序列进行处理，获取ctDNA序列的第二DNA序列；对所述第一DNA序列与第二DNA序列进行数据预处理；对所述第二DNA序列进行癌种位置进行候选，确定所述第二DNA序列的唯一位置的序列与多个位置的序列，获得所述第二DNA序列的候选集合；通过比较所述第一DNA序列与第二DNA序列，对所述第二DNA序列的唯一位置的序列与多个位置的序列进行限制。本发明可解决现有方案中无法提高癌种定位准确率的技术问题。

技术领域

本发明涉及ctDNA甲基化癌种定位技术领域，尤其涉及一种基于ctDNA甲基化模式的癌种定位方法、装置、电子设备及计算机可读存储介质。

背景技术

癌症患者血浆或血清中的循环肿瘤DNA（ctDNA）为肿瘤的非侵入性取样提供了机会。这种“液体活检”允许对DNA进行拷贝数变异、特异性突变以及表观遗传改变的检测，并可以进行病情实时“跟踪”，从而指导和改善癌症患者的整个诊疗过程。与检测肿瘤特异性突变相比，ctDNA在特定基因区域的异常甲基化具有高度一致的特征，使得ctDNA甲基化检测更广泛地适用于肿瘤的诊断、监测，预测治疗反应和预后判断，但是现有的癌种定位技术无法提高癌种定位准确率。

发明内容

本发明提供一种基于ctDNA甲基化模式的癌种定位方法、装置、电子设备及计算机可读存储介质，其主要目的在于可解决现有方案中无法提高癌种定位准确率的技术问题。

为实现上述目的，本发明提供的一种基于ctDNA甲基化模式的癌种定位方法，所述方法包括：

从参考基因组中提取ctDNA序列，记为第一DNA序列，通过导向定位对所述第一DNA序列进行处理，获取ctDNA序列的第二DNA序列；

对所述第一DNA序列与第二DNA序列进行数据预处理；

对所述第二DNA序列进行癌种位置进行候选，确定所述第二DNA序列的唯一位置的序列与多个位置的序列，获得所述第二DNA序列的候选集合；

通过比较所述第一DNA序列与第二DNA序列，对所述第二DNA序列的唯一位置的序列与多个位置的序列进行限制，过滤所述第二DNA序列位于偏离区域的候选位置，获得所述第二DNA序列的过滤偏离候选集合；

通过所述过滤偏离候选集合确定所述第二DNA序列的最佳比对位置，对所述第二DNA序列的癌种位置进行定位。

优选地，所述通过导向定位对所述第一DNA序列进行处理，获取ctDNA序列的第二DNA序列，包括：

获取所述第一DNA序列的DNA链，将所述DNA链连接磷酸基团的一端记为5端，将所述DNA链的另一端记为3端；

对所述5端与3端进行导向定位，使所述3端的序列的保持不变，使所述5端的序列未甲基化的C转化成T，所述5端的序列甲基化的C保持不变；

获得所述ctDNA序列的第二DNA序列。

优选地，所述5端的序列甲基化，包括：是在甲基化结合蛋白和DNA甲基转移酶的作用下，由S-腺苷甲硫氨酸提供甲基，将DNA胞嘧啶5端碳原子上加入一个甲基基团，使之成为5甲基胞嘧啶。

优选地，所述对所述第一DNA序列与第二DNA序列进行数据预处理，包括：

确定所述第一DNA序列与第二DNA序列的ctDNA甲基化，根据碱基互补配对可知所述第一DNA序列与第二DNA序列的ctDNA甲基化形式为AGTG；

通过T4DNA聚合酶对所述第一DNA序列与第二DNA序列的ctDNA甲基化，寻找所述第一DNA序列与第二DNA序列的ctDNA甲基化，确定所述T4DNA聚合酶对所述第一DNA序列与第二DNA序列的ctDNA甲基化的处理边界；

对所述第一DNA序列与第二DNA序列的ctDNA甲基化进行预处理，以所述第一DNA序列与第二DNA序列最右端的TG为处理边界；