[发明专利]一种基于ctDNA的筛选卵巢癌患者是否获益的药物的方法及其试剂盒在审
申请号: | 202211318302.4 | 申请日: | 2022-10-26 |
公开(公告)号: | CN115851938A | 公开(公告)日: | 2023-03-28 |
发明(设计)人: | 吴令英;焦宇辰;程海霞;梁磊磊 | 申请(专利权)人: | 中国医学科学院肿瘤医院 |
主分类号: | C12Q1/6886 | 分类号: | C12Q1/6886;G16B20/50;G16B20/20 |
代理公司: | 北京睿智保诚专利代理事务所(普通合伙) 11732 | 代理人: | 张宁 |
地址: | 100020 *** | 国省代码: | 北京;11 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 基于 ctdna 筛选 卵巢癌 患者 是否 获益 药物 方法 及其 试剂盒 | ||
1.一种基于ctDNA的筛选卵巢癌患者是否获益的药物的方法,其特征在于,包括如下步骤:
(1)将外周血分离得到血浆和血细胞,并提取血浆cfDNA和血细胞gDNA;
(2)建立血浆cfDNA的Raceseq文库和sWGS文库并测序,进行肿瘤知情分析和肿瘤非知情分析策略的检测,利用肿瘤知情分析的结果校正肿瘤非知情分析的生信算法得出Raceseq检出簇的个数和TP53突变频率最低值的截断值,用于判断检出TP53突变频率的可靠性;
(3)建立血细胞gDNA的MC文库并测序,除外胚系突变的影响;
(4)TP53突变频率=0或I-score≤14判断为ctDNA阴性,TP53判读结果权重优于I-score,否则,判断为ctDNA阳性;
(5)以ctDNA是否获益确认卵巢癌患者是否从当前治疗药物中获益。
2.如权利要求1所述的方法,其特征在于,所述Raceseq检出簇的个数>10时,TP53突变频率可靠。
3.如权利要求2所述的方法,其特征在于,所述拷贝数变异I-score≤14,为阴性。
4.如权利要求3所述的方法,其特征在于,所述ctDNA获益包括基线或治疗前和治疗期间ctDNA一直维持阴性;或基线ctDNA阳性,治疗过程中ctDNA水平相较基线下降幅度≥80%,并且在间隔至少四周的时间内进行二次确认ctDNA水平相较基线下降幅度依然≥80%。
5.如权利要求4所述的方法,其特征在于,所述ctDNA未获益包括基线ctDNA阴性,但在治疗期间保持ctDNA阳性;或基线ctDNA阳性,治疗期间ctDNA水平保持稳定或呈现增加趋势或下降不足80%,并且在间隔至少四周多的时间内进行二次确认依然是ctDNA水平保持稳定或呈现增加趋势或下降不足80%。
6.一种用于权利要求1~5任一项所述方法的基于ctDNA的筛选卵巢癌患者是否获益的药物的试剂盒。
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