[发明专利]一种基于ctDNA的筛选卵巢癌患者是否获益的药物的方法及其试剂盒在审

专利信息
申请号: 202211318302.4 申请日: 2022-10-26
公开(公告)号: CN115851938A 公开(公告)日: 2023-03-28
发明(设计)人: 吴令英;焦宇辰;程海霞;梁磊磊 申请(专利权)人: 中国医学科学院肿瘤医院
主分类号: C12Q1/6886 分类号: C12Q1/6886;G16B20/50;G16B20/20
代理公司: 北京睿智保诚专利代理事务所(普通合伙) 11732 代理人: 张宁
地址: 100020 *** 国省代码: 北京;11
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摘要:
搜索关键词: 一种 基于 ctdna 筛选 卵巢癌 患者 是否 获益 药物 方法 及其 试剂盒
【权利要求书】:

1.一种基于ctDNA的筛选卵巢癌患者是否获益的药物的方法,其特征在于,包括如下步骤:

(1)将外周血分离得到血浆和血细胞,并提取血浆cfDNA和血细胞gDNA;

(2)建立血浆cfDNA的Raceseq文库和sWGS文库并测序,进行肿瘤知情分析和肿瘤非知情分析策略的检测,利用肿瘤知情分析的结果校正肿瘤非知情分析的生信算法得出Raceseq检出簇的个数和TP53突变频率最低值的截断值,用于判断检出TP53突变频率的可靠性;

(3)建立血细胞gDNA的MC文库并测序,除外胚系突变的影响;

(4)TP53突变频率=0或I-score≤14判断为ctDNA阴性,TP53判读结果权重优于I-score,否则,判断为ctDNA阳性;

(5)以ctDNA是否获益确认卵巢癌患者是否从当前治疗药物中获益。

2.如权利要求1所述的方法,其特征在于,所述Raceseq检出簇的个数>10时,TP53突变频率可靠。

3.如权利要求2所述的方法,其特征在于,所述拷贝数变异I-score≤14,为阴性。

4.如权利要求3所述的方法,其特征在于,所述ctDNA获益包括基线或治疗前和治疗期间ctDNA一直维持阴性;或基线ctDNA阳性,治疗过程中ctDNA水平相较基线下降幅度≥80%,并且在间隔至少四周的时间内进行二次确认ctDNA水平相较基线下降幅度依然≥80%。

5.如权利要求4所述的方法,其特征在于,所述ctDNA未获益包括基线ctDNA阴性,但在治疗期间保持ctDNA阳性;或基线ctDNA阳性,治疗期间ctDNA水平保持稳定或呈现增加趋势或下降不足80%,并且在间隔至少四周多的时间内进行二次确认依然是ctDNA水平保持稳定或呈现增加趋势或下降不足80%。

6.一种用于权利要求1~5任一项所述方法的基于ctDNA的筛选卵巢癌患者是否获益的药物的试剂盒。

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