[发明专利]一种基于ctDNA的筛选卵巢癌患者是否获益的药物的方法及其试剂盒

说明书

本发明提供了一种基于ctDNA的筛选卵巢癌患者是否获益的药物的方法及其试剂盒，属于药物筛选技术领域。本发明提供的方法，包括如下步骤：(1)将外周血分离得到血浆和血细胞，并提取血浆cfDNA和血细胞gDNA；(2)建立血浆cfDNA的MC文库、Raceseq文库和sWGS文库，建立血细胞gDNA的MC文库；(3)判断Raceseq检出簇的个数计算TP53突变频率，判断拷贝数变异；(4)以ctDNA是否获益确认卵巢癌患者是否从当前治疗药物中获益。本发明提供的一种基于ctDNA同时检测TP53突变和拷贝数变异的检测方法，旨在提高ctDNA检测技术的覆盖率和准确率，让更多的卵巢癌患者获益。

技术领域

本发明涉及药物筛选技术领域，尤其涉及一种基于ctDNA的筛选卵巢癌患者是否获益的药物的方法及其试剂盒。

背景技术

卵巢癌是全球女性第二致命的妇科癌症，约70％患者诊断时处于晚期。目前，约70％患者经过减瘤手术和铂-紫杉醇的一线化疗后达到临床缓解，但其中多数患者最终都会经历复发、化疗、再复发和再治疗的痛苦过程，进展为铂耐药，5年生存率低于42％。目前对于卵巢癌患者的诊治主要依靠影像学检查(CT、MRI或PET-CT)和血清标志物CA125，然而影像学检查不能全部精准测量淋巴结增大、腹膜增厚等隐匿病灶，加之以影像学检查为基础的实体瘤疗效准则(RECIST 1.1)需要综合评估靶病灶和非靶病灶，对专业知识的掌握及临床经验要求极高。CA125在卵巢癌应用中表现出较差的灵敏度，且CA125水平受腹腔穿刺术治疗的影响，而卵巢癌晚期患者常常伴有盆腹腔积液不可避免这一治疗方案。因此，迫切需要为卵巢癌患者找到一种高灵敏度且便捷易行的检测手段。

循环肿瘤DNA(circulating tumor DNA,ctDNA)是指由肿瘤细胞释放到血液中的一种游离DNA(cell free DNA,cfDNA)，ctDNA-MRD是一种基于ctDNA来检测血液中微小残留病灶(minimal residual disease，MRD)的非侵入性液体活检方法。MRD是指患者经根治性治疗后，影像学不能检测的微小残留病灶。基于ctDNA-MRD技术目前主要有肿瘤知情分析(tumor informed ctDNA assay,TICA)和肿瘤非知情分析(tumor uninformed ctDNAassay,TUCA)两种检测策略。TICA是根据患者肿瘤组织测序发现肿瘤体细胞突变，从中选取多个突变并设计引物为每一位患者进行个性化的ctDNA检测分析；TUCA是不依赖肿瘤组织，直接应用设计好的固定panel同时进行基于ctDNA突变及其他维度标志物的检测分析。相较于TUCA来说，TICA是检测ctDNA-MRD的可靠技术，可以检测到低至0.001％的肿瘤DNA，但高度依赖于实时肿瘤组织。TICA策略可以更加准确的评估卵巢癌患者体内的肿瘤负荷，但对于部分患者来说获取组织困难，不能进行TICA策略检测。

发明内容

本发明的目的在于提供一种高灵敏度、便捷易行、经济、无创的检测方法，即不依赖肿瘤组织，基于ctDNA同时检测TP53突变和拷贝数变异的TUCA策略，旨在提高ctDNA检测技术的覆盖率和准确率，让更多的卵巢癌患者获益。

为了实现上述发明目的，本发明提供以下技术方案：

本发明提供了一种基于ctDNA的筛选卵巢癌患者是否获益的药物的方法，包括如下步骤：

(1)将外周血分离得到血浆和血细胞，并提取血浆cfDNA和血细胞gDNA；

(2)建立血浆cfDNA的Raceseq文库和sWGS文库并测序，进行肿瘤知情分析和肿瘤非知情分析策略的检测，利用肿瘤知情分析的结果校正肿瘤非知情分析的生信算法得出Raceseq检出簇的个数和TP53突变频率最低值的截断值，用于判断检出TP53突变频率的可靠性；

(3)建立血细胞gDNA的MC文库并测序，除外胚系突变的影响；